土地登記的產權具有嚴肅的法律意義，受到法律的保護。一切土地產權的流轉也都必須進行土地登記，否則土地產權的權利人就無法得到保證。在農村土地流轉過程中，貫徹登記原則的具體措施是建立健全土地權證製度。比如，集體土地所有權變動，依照土地登記所產生的地籍檔案作為判斷征用對象的依據，而不是隨意地確定土地所有權的主體；土地承包經營權的流轉，則表現為土地承包經營權證的流轉。對於一宗農戶需要對承包經營權流轉的承包地，農戶如何進行流轉操作，需要一個合理的程序來進行規範。首先由農戶之間或者集體與承包農戶之間，在平等互利基礎上，協商規定農地流轉的具體事項；在流轉雙方協商一致後，簽定書麵協議，明確雙方的權利義務、流轉土地的麵積、質量等級、流轉期限和起止日期、流轉土地的用途、流轉價格及支付方式等；流轉協議簽定後，須得到有關部門的審核並進行登記，按照協議實施土地的流轉；對流轉後的土地用途進行及時的監督。國家可以統一製訂和頒發農村土地流轉合同，農村土地流轉合同應納入合同法範疇，並在性質、基本條款、程序方麵標準化定型化，既要明確合同雙方當事人的權利、義務，又要重點規定合同雙方當事人的違約連帶責任。
（3）為促進農地資源的合理配置和集約利用，應當堅持農用地用途管理和耕地保護基本原則。農地大規模配置到非農產業是不可能提高農地生產效率的，農地承包經營權市場應該麵向農業和農民，而不是非農產業與非農人士。承包經營權的流轉應該在農業內部、在農民之間進行，使有願望和有能力經營農地的農民通過市場得到土地，不能將農地流向非農產業、由非農人士使用。應當允許農用地在不同的農業區域進行跨區域的流動，即一個地區的農民可以到另一個地區通過市場獲得土地，進行農業生產，有利於發達地區農民的資金以及先進的技術帶到欠發達地區，促進生產要素的跨區域流動與組合。如果允許非農人士進入農地產權市場，隻能在一定的範圍內以入股的方式對土地進行投資，獲得股權收益，而不能改變農地的用途。
（4）建立合理的農村土地產權流轉價格體係，切實保護農民利益。研究建立農村土地產權市場的運行機製，重點和難點是農用地承包經營權的價格機製。要給予集體土地主體完整的價格決定權，允許其根據市場自主確定土地價格。農民集體和農民對其擁有的土地所有權和承包經營權，應具有處置和土地價格決定的權利。我國的土地承包經營權流轉價格，應根據馬克思的地租理論、產權理論和土地價值理論，充分考慮土地資源特點和市場供求狀況予以確定，比較合理的是地租計量模式。農村農用土地的地租應包括農用地的承包經營收益與農民集體作為土地所有者的收益，土地承包經營權流轉價格近似於地租減去農民集體收益的餘額：P＝Q－F，P為土地使用權流轉價格；Q為地租；F為鄉村統籌提留。在市場經濟實踐中，土地承包經營權的出讓價格也可以通過拍賣的方式來確定。要實行公平地價製度，科學確定與國有土地使用權價格相協調的集體建設用地使用權的基準地價，由國土資源管理部門定期公布。可以委托具有地價評估資格的地價評估單位和評估師評估地價，並由土地行政主管部門審定。充分發揮價格的調控機能，由土地價格來調控市場供需，調配土地資源流動，以達到土地資源優化配置。