戰爭時期，國民政府大體上跟戰前一樣，沒有有效的政策，使有限的資金用於最緊要的需求。大部分經費用於購買戰略物資和資助官營企業，很難有多餘的財源資助民族工業。
在通貨膨脹的情況下，貨幣迅速貶值，低利放款就等於給企業補貼。所以，官營企業所需資金曆年都由國家銀行提供。1943年，四大銀行放給鋼鐵業貸款5億元，但資源委員會就分去了2.7億元，孔祥熙的興業公司拿走1.8億元，剩下歸民族工業的隻有5000萬元。當年重慶銀行業對商業的貸款占其放款量的96%，而民族工礦業的貸款合計還不到其放款量的1%。
好不容易有了些民營工業，政府不僅不支持，反而千方百計壓榨，甚至是令其倒閉而後快。像生鐵稅1941年為每噸1.28元，1942年便到了90元。工業酒精1943年的稅額是1939年的169倍。由於原料成本暴漲，下遊加工產業自然是手頭拮據，無力發展了。至於流通領域更是關卡林立、交易不暢，從重慶運貨到福建要過七八十個關卡，卡卡交錢，這條路在工商界人士中得了個西天路的美名。
持久的政策歧視終於導致了大後方的戰時工業危機。1943年，重慶的18家鐵廠倒閉了14家，4家鋼廠也倒了1家。機器廠維持經常開工的不到十分之一，四川工業一半以上的生產能力處於閑置狀態。於是，一方麵，國軍缺槍缺炮，另一方麵，國統區卻既不缺原料，又不缺工人，但工廠卻大批倒閉。1944年的鋼產量隻有1萬多噸，同期日本的產量接近1000萬噸，美國是8000多萬噸。
民族工業不振，生產普遍不能滿足消費者的需求，來自日本占領區的輸入品便成了大後方消費品的一個重要來源。
在抗戰之初，國民政府和日本雙方都禁止彼此的貿易往來。然而，到了1939年7月，隨著消費需求無情地增長，除少數緊缺物資外，重慶政府讓所有其他物資的貿易合法化。在1943年，政府甚至設立了一個官方商業機關“通濟隆”，孔祥熙、顧祝同、戴笠、杜月笙等軍政要員和大亨擔任董事，專門經營與淪陷區的物資貿易，把藥品、橡膠、棉紗、棉布等後方缺少的重要物資內運，以供戰時急需。
抗戰前，大亨杜月笙包攬了上海灘的鴉片生意，獲得了巨額利潤。此時他離開上海後沒有了收入，隻好又在鴉片方麵打主意，出麵組織“通濟隆”將四川的鴉片運往沿海地區，再賣到日本加工鴉片的工廠。當時，交通檢查、戰時貨物運輸等大權都操在戴笠手上，一般貨物隻要他點頭放行就沒有什麼障礙，但出口大宗毒品必須有財政部的證明文件才能通行，而孔祥熙和戴笠的關係不好，所以戴笠一直沒弄到文件。杜月笙得知後把一張500萬的支票給孔送去，第二天就從財政部拿回了相關手續。僅一批47噸的貨，戴笠就獲利5000萬美元，杜月笙也獲利相當。
就日本人而言，在整個戰爭期間一直都宣布這種貿易為非法，但私下裏也企圖參與。日本人掌握的戰爭資源也非常有限，缺少鋼鐵和有色金屬、桐油、豬鬃等戰略物資，軍火工業難以為繼，而中國產有色金屬的省份如江西、湖南基本上掌握在國軍手裏。日軍“登部隊”專門撥出4億中儲券作資本，成立了民華公司，與“通濟隆”進行易貨交易。