中國貨幣市場經過20餘年的發展盡管取得了一定的成效，但是從整個貨幣市場運作的有效性、融資工具種類規模和交易的活躍性以及貨幣市場的穩定性來看，仍然與西方發達市場經濟國家還存在差距。貨幣市場的廣度（通常以貨幣市場的交易量指標占GDP的比重為標誌）與深度（通常以一定數量的追加交易量對市場價格的影響程度來衡量）也沒有達到理想的水平，相對滯後的貨幣市場微觀環境在一定程度上仍製約著中央銀行貨幣政策工具在貨幣市場中的實施效果，這些問題均有待於進一步有針對性地加以完善與解決。具體來說，中國貨幣市場發展過程中的主要問題體現在以下四個方麵。
一、貨幣市場功能定位偏差、市場發展滯後
長期以來，在以促進經濟增長為首要目標、尚未明確實行市場經濟體製的改革初期，我國的金融研究主要關注於為國家經濟增長廣泛地動員資金，盡管貨幣市場能夠為與市場經濟相適應的宏觀調控的實施提供良好的市場環境，但是貨幣市場作為融通短期資金的市場並不能為廣泛動員儲蓄轉化為投資提供直接的支持，貨幣市場的發展受到明顯的忽視。
從我國貨幣市場和資本市場建立與發展的曆程來看，我國的貨幣市場建立在先，資本市場建立在後，貨幣市場的發展經曆了20年左右，而資本市場隻有一半的發展時間，但資本市場的發展速度卻遠遠超過了貨幣市場的速度。尤其是20世紀90年代以後，國家試圖通過股票市場實現國有企業投資主體的置換，結果使股票市場在短短幾年裏迅速發展。另外，由於中央財力的不斷減弱及不斷膨脹的財政赤字規模，加上國家用財政政策調控經濟運行啟動國內有效需求的增加，幾年間逐步形成了以債券、股票、基金為主體的多種證券形式並存、交易體係初步健全的全麵性資本市場體係。
與此同時，貨幣市場的發展卻相對滯後。在貨幣市場培育模式規劃之初，國家在市場發展取向上對貨幣市場的管製較多，因為擔心貨幣市場的發展可能會造成社會資金的轉移脫離出原有資金配置軌道引發信用欺詐、增大信用風險，所以國家在市場培育問題上非常慎重。當時的貨幣市場建設僅僅是圍繞著國有商業銀行短期頭寸調劑這個單一目的來進行，除了同業拆借市場和票據市場中的銀行承兌彙票貼現市場之外，明顯缺乏對其他子市場的引導、開發和支持。導致了貨幣市場滯後於資本市場發展局麵的形成。
雖然近些年來我國貨幣市場的發展速度非常快，並且已經初步形成了一個多元化的貨幣市場體係，但是從市場的構成體係、組織結構、市場條件、市場影響及功能發揮來看，貨幣市場的內在調節機製及相關功能仍然無法得到充分發揮，貨幣市場在中央銀行貨幣政策與資本市場間的橋梁作用較弱，影響了貨幣政策的傳導速度，貨幣政策工具實施的有效性較低。
二、整個貨幣市場體係發展失衡
在較長的一個時期我國貨幣市場體係發展呈現失衡特征，這使得貨幣市場對於整個經濟運行的影響力較為有限，主要表現在以下兩個方麵。
（一）統一市場與分割市場並存
從世界各國貨幣市場的發展曆史來看，貨幣市場的發展大都走過了一個由初級階段分割的子市場體係發展成為統一的市場體係的過程。統一的市場形成能夠打破市場資金自由流動的限製，當中央銀行實施貨幣政策時，貨幣供給量在全國能夠均衡的分布；在統一市場上形成的利率，所提供的是公開、明確的市場信號，可以引導投資者調整自己的經濟行為和金融決策，也有利於貨幣政策信號通過貨幣市場進行廣泛、真實、快速的傳導。
在我國的貨幣市場體係中，同業拆借市場是發展最快的，並在1996年實現了全國聯網交易，這是我國的同業拆借市場發展成為全國統一市場的重要標誌。但是與此同時，我國貨幣市場體係中仍有其他子市場存在分割的狀況。貨幣市場不同的子市場、子市場中不同局部市場上形成的資金價格（利率）存在相互的背離。在市場分割的情況下，貨幣市場中由市場形成的利率基本上難以真實地反映資金的供求關係，相應地使得貨幣市場各個子市場之間的利率缺乏內在的聯係。
例如，我國的債券交易市場就是分割市場狀態的典型。我國的國債市場分割成了三部分：即上海證券交易所和深圳交易所的債券交易市場、銀行櫃台市場和銀行間債券買斷與回購市場。
這三類市場因分割的存在幾乎沒有市場運行狀態的聯動性。例如在債券回購利率的變動上，即便是同時運行在上海和深圳證券交易市場的債券回購交易利率表現為一個市場利率走高時，而另一個市場利率卻並沒有明顯的變化；有時一個市場利率走勢平穩，而另一個市場利率卻大幅度走低。不同市場的債券利率走勢所存在的極大差異驗證了不同市場之間的極度分割性。
不僅如此，我國的銀行間債券市場和同業拆借市場之間也存在著一定程度的分割，它們的利率也很難作為對方定價的參照。
分割的市場使貨幣政策的操作影響麵難以擴大，貨幣政策難以通過市場的傳導全麵影響貨幣供求，中央銀行貨幣政策工具的操作被限製在一個相對狹小的空間內，不能產生對其他子市場的大範圍的輻射作用。
在這種情況下，中央銀行很難從割裂的市場中去尋求真實的市場信息供宏觀金融調控決策者參考，也很難從其中一個割裂的市場著手進行全麵的貨幣政策調控。
（二）充分發育市場與發育緩慢市場並存
一般說來，貨幣市場應有的政策功能發揮，是以貨幣市場規模大、運行規範、效率高為前提的。隻有這樣，貨幣市場才能夠迅速準確地反映經濟運行中的資金供求狀況變化，同時也能夠對中央銀行的調控措施及時作出反應，進而通過其廣泛的覆蓋麵和影響力將政策意圖傳遞到現實經濟運行中去。反之，貨幣市場發展水平低、規模小，會降低貨幣市場對於經濟運行的影響力，中央銀行貨幣政策工具實施的效果將受到約束和製約。
在我國貨幣市場構建初期，單個市場突進的特征明顯。因此有的學者認為，與其說中國的金融市場是由各個不同類型的資金市場組成，還不如說是以同業拆借市場為主體的集合。這句話在某種程度上反映出我國貨幣市場中同業拆借市場發展突出，而其他市場有的尚在發育，有的沒有發育，有的仍處在停滯萎縮狀態的典型特征。
從具體情況看，在貨幣市場的各個子市場中，銀行間同業拆借市場的發展最早也最為迅速。銀行間債券市場的規模隨著財政赤字的居高不下而得到較快發展，但是與中央銀行從事公開市場操作的要求相比，無論是在廣度、深度還是結構方麵均存在明顯的差距。在發達的市場經濟國家中，短期國債是作為最主要的貨幣市場工具，而我國情況則大不相同。我國雖然自1981年便開始發行國債，但是已發行的國債的期限絕大部分是中長期的。1994年我國首次發行了期限短於1年的國債，但其數額很小，隻發行了132.35億元，基本屬於試驗性質，1997年短期國債發行終止。