一、完善我國銀行間債券短期市場的製度和理論基礎建設
中國銀行間債券市場發展至今，最基礎的幾部規則已經基本形成，分別是《全國銀行間債券市場債券交易管理辦法》、《銀行間債券交易規則》、《銀行間債券交易結算規則》和《全國銀行間債券市場債券回購主協議》等。但是隨著市場規模和範圍的擴大，這種缺乏全局性和前瞻性的做法顯然已經嚴重滯後，當前需要建立根本性的、綜合性的上位規範來統領和指導各具體規範。具體來說應包括以下措施：
1.製訂和完善相關的法律法規，保證銀行間債券市場的規範、健康和可持續發展。鑒於目前國家法律、條例對該市場的支持較為滯後，可以考慮把銀行間債市納入《中華人民共和國證券法》的法律規範範疇，在證券法中明確這一債券場外市場的合法地位，加強政府強製性法規對場外債券交易的監管力度，尤其在信息披露、交易透明度等方麵。同時，還要考慮製定一個《債券場外市場管理法》，在不違反證券法的前提下，從較高層麵為市場搭建一個完整的框架，同時就目前相關法規進行梳理，對一些定義不清、規則模糊的條款進行調整和編改。
2.建立一套完整的市場準入退出機製。準入退出機製包括：一是為銀行間債券市場製定明確的準入標準，即規定各類不同企業必須達到一個什麼樣的最低要求才能夠申請進入，如規定成員應建立針對債券交易的內部管理製度，配備相應數目和素質的業務人員等。二是對於市場行為不規範、內部控製管理製度出現漏洞而不及時修訂以致發生嚴重違規操作或交易失誤、因業務人員主觀故意造成交易對手損失的市場成員采取暫停交易資格限期整改，直至取消銀行間債券市場成員資格。
3.完善信用評價機製。首先要大力培育針對於該市場的信用評級機構。在引進國際權威評級機構的競爭的同時，允許中外資中介服務機構合作或重組，逐步培養出一批具有國際聲譽的中國自己的大型評級公司。其次要建立債權人監控下的信用評級製度。改變目前由債券發行主體自行選擇信用評級機構的現狀，由投資者為發行主體選定評級機構，以降低發行主體與信用評級機構“串謀”的可能性，同時要按照獨立、公正、中介、監督的原則建立評級機構競爭淘汰的機製，以保證評級的客觀公正。再次，要落實信用評級機構的責任。各家資信評級機構應向監管部門提交所評級公司資信級別的依據報告，落實信用評級機構的責任追究製。
二、建立高效統一的市場管理機構
市場管理的優化首先在於具備一個信息掌握充分、措施齊全、運轉高效的管理機構。銀行間債券市場目前的多頭管理模式已逐漸不適應市場的發展，因此可以考慮對目前的管理體係進行重建。
1.對銀行間債券市場前後台交易係統進行升級改造，逐漸消除兩套係統之間的差異性，尤其利用目前券款對付（DVP，Delivery Versus Payment，即一手交錢，一手交貨）清算方式已開通的契機，使前後台成交通知單的形成同步，最終使兩套係統統一起來。
2.在交易係統統一的基礎上，對現有的兩個中介管理機構業務進行重組，將同業拆借中心所管轄的有關銀行間債券市場的業務向中央結算公司轉移，在中央結算公司內部新設一個機構負責對詢價交易過程和成交進行監控，最終對市場的日常管理統一到一個中介機構身上。
3.明確界定中國人民銀行與銀監會對銀行間債券市場的有關管理職能，避免交叉管理。可以考慮將我國證監會定位為債券市場的政府監管與執行主體，中國人民銀行與財政部僅負責國債政策與國債發行。由證監會下設專門債券市場監管部門，改變發改委、財政部、中國人民銀行與證監會等多家監管主體的權力分割局麵，減少因監管職能重疊與摩擦導致監管效率的降低。