1998年後，我國初步形成了從中央銀行到貨幣市場，到金融機構，再到企業的間接貨幣政策調控機製。但是，我國的貨幣政策傳導機製尚在建立階段，實際中仍存在許多問題，製約著我國貨幣政策傳導機製和貨幣政策有效性的發揮。主要包括：
一、貨幣市場的發展尚不完善
通常來說，一個有效率的貨幣市場應該是一個具有廣度、深度和彈性的市場，其市場容量大，信息流動迅速，交易成本低，交易活躍且持續，能吸引眾多的投資者和投機者參與。貨幣市場的效率程度對中央銀行貨幣政策宏觀調控的實施及其效果有著重要影響。這是因為：貨幣市場是中央銀行運用間接性貨幣政策工具調節基礎貨幣和金融機構流動性的重要場所，為中央銀行實現貨幣政策間接調控提供了基礎性的條件和傳導渠道；貨幣市場上形成的利率信號為中央銀行宏觀金融調控提供了監測指標和調控杠杆，為傳遞調控意圖提供了條件；貨幣市場的發展狀況影響著貨幣政策工具的選擇和實施效果。
因此，從各國貨幣政策實施的情況來看，貨幣政策效應的傳遞需要以金融市場作為依托，依賴金融市場與實物經濟的聯係，進一步使貨幣政策效應擴展到整個宏觀經濟中去。
反觀我國在進入改革開放過程之初，在以促進經濟增長為首要目標、尚未明確實行市場經濟體製的改革初期，金融市場的發展也受到明顯的忽視，貨幣市場發展的滯後已經越來越製約貨幣政策有效性的發揮。尤其在1998～2000年，當中央銀行取消長期計劃經濟條件下多年來沿用的信貸資金規模分配製度後，由於與市場經濟相適應的宏觀金融調控機製尚未建立，特別是由於缺乏一個比較發達的貨幣市場，中央銀行試圖擴張信用的政策努力在市場上難以找到合格的操作對象（三大政策工具效果受到影響），迫使中央銀行以“窗口指導”的方式在不同程度上恢複使用了信貸規模的管理。
二、適應現代市場經濟要求的企業製度和銀企關係亟待全麵建立
這主要表現在缺乏能適應市場經濟要求、具有財務硬約束、以利潤為導向的交易主體。例如，作為貨幣政策傳導過程中的參與主體，國有商業銀行仍處於商業化改革的進程中，以利潤為導向的經營動機尚未占據主導地位，這就弱化了在我國社會資金流動中占據主導地位的國有商業銀行積極參與、配合中央銀行宏觀調控的作用。
從產權的角度來分析，多年來，國有企業、銀行一直是政府機構的附屬物，銀行、企業的信用就是國家的信用。企業欠企業、企業欠銀行的債，實際上都是由政府來承擔。根本就沒有真正意義上的信用問題，企業也沒有獨立的信用。在體製轉軌時期，盡管強調責任明確、債權債務關係明晰，銀行企業從法律上要從政府的附屬物轉變為獨立的企業，但相當多的企業和銀行行為又是以政府支持為背景的。舊體製的慣性作用依然存在，企業間信用關係並沒有實質性的變化。這種靠“政府信用”支撐起來的信用關係包含了諸多虛假成分。