1991年10月，解放軍總後勤部買下南方製藥廠。1991年12月，總後勤部把深圳特區的35家企業進行整合，以南方製藥廠為核心企業組建“三九企業集團”，經營領域涉及醫藥、房地產、進出口貿易、汽車、電子、服裝、信托投資和股票證券等多個行業，並規定了三九集團的發展方向是成為跨行業、多功能、外向型發展的企業集團。我們可以看到，在三九集團初創時期就已確立下多元化的發展方向，而且這種決策導致的多元化經營實質上完全是行政命令的結果，三九集團沒有自主選擇的權利。這也就是為什麼趙新先會說：“我們的多元化經營是被迫的，不是自願的。”當時，解放軍總後勤部對三九集團的管理實行的是最為寬鬆的法人代表個人負責製。其具體方法是，解放軍總後勤部給趙新先充分放權，在組建企業集團的文件中明文確定隻管理趙新先一人，由他對企業全部資產的增值和安全負有全權和責任。在三九集團內，趙新先是總經理兼黨委書記，下麵不設副總經理，集團總部隻設黨務部、財務部和人事部三個機構，甚至連總經理辦公室主任崗位都沒有，趙新先直接管理五個秘書，分別處理相關具體事務。趙新先曾將這種管理設置得意地稱之為“一人機製”。所以，三九集團最初的多元化雖然是行政強製的，但很快管理企業的權力就完全交給了趙新先一個人。
三九的管理模式，在當時國內的所有國有企業中絕無僅有，是從前很難想象的。它突破了僵化的國營體製對企業的束縛，帶來的結果是真正的政企分開，從而解決了國有企業自改革開放以來始終難解的老大難問題。這是所有國有企業家們夢寐以求的製度設計。改革之初，國企經理們常常抱怨政府幹預太多，自己的能力無法施展，而趙新先憑著三九集團的獨特管理體製，讓自己長期合理合法地掙脫在束縛之外，使企業的成長始終牢牢地控製在自己的手中。在相當長的時間裏，三九集團一方麵享受國有企業的種種製度優勢；另一方麵又靠“三九機製”而保持自由成長的空間。所以，三九集團最初的多元化行為或許是行政直接幹預的結果，但其後不斷擴大的多元化經營戰略則是作為國有資產代理人的趙新先的決策。具體而言，三九集團自主的多元化經營可以分成三個階段：
第一階段：政府幹預與三九集團多元化探索（1989~1994年）。
1989年，由於中藥產品的科技含量和投資辦廠的成本不高，中藥行業的進入壁壘很低。為了規避風險，當時的南方製藥廠決定要發展多種經營，既要以一業為主，也要有東邊不亮西方亮的準備，因此決定走出藥品的範圍，實施多元化經營。此時三九的管理者認為多元化的經營既可以有效地分散經營風險，三九的品牌、管理機製等無形核心競爭能力又可以通過輸出得到最大限度的發揮，同時，企業通過涉足各個產業最快地獲得最新發展信息，集團可以在最短的時間內發現和介入新的經濟增長點。也就是說，三九的管理者之所以選擇多元化，無非就是為了規避風險和增加企業的績效。在這一階段，三九主要的多元化行動有：
首先，進入包裝印刷業。按照第二部分多元化的分類，這屬於垂直多元化經營。當時三九集團選擇包裝印刷業是希望既可以穩定藥品包裝的供貨渠道，保證質量的穩定性，同時由於深圳高檔次印刷廠的缺乏，建立印刷廠也可以滿足周邊地區客戶對高質量印刷的需求。正是基於以上的考慮，1989年南方製藥廠投資500萬人民幣，香港越秀公司投資100萬美元合資籌建了九星印刷廠。到1996年為止其社會訂單總量已占其產品總量的67%，利潤2000萬元。三九集團選擇與主業密切相關的、風險不大的包裝印刷業進行多元化嚐試，說明此時的管理層風險意識還是比較強的。
其次，進入西藥行業。1980年到1994年，西藥的生產量以每年16%的速度增長，而中藥的生產量每年的增長速度是10%，西藥的總產值占到了藥品行業總產值的79%。西藥巨大的市場容量和發展速度使三九集團於1992年投資興建了深圳九新藥業有限公司。1997年，九新公司的營業額達到了2.3億元，上繳利稅3780萬元。
再其次，進入房地產及汽車貿易市場。鄧小平南方談話後，房地產開發和汽車貿易變的風風火火。1993年南方藥廠將後勤部改為房地產部，後又注冊了三九物業公司、三九房地產開發公司和三家以汽車貿易為主的汽車公司。這時我們可以看到三九的多元化膽子已經越來越大了，開始進入非相關多元化行業。
接著進入酒店業。1993年，三九采取租賃經營的方式接管了成都珠峰大酒店。到1995年12月底三九集團在各地建立連鎖酒店達到18家，采取相同的品牌和經營模式經營。三九在酒店業的擴張速度是驚人的，充分表明了三九不斷加快多元化步伐的決心。
從第一階段三九集團的多元化發展看，除了早期進入包裝印刷業或許帶有政府幹預色彩外，在其他行業的拓展都是管理層決策的結果。
第二階段：市場製度缺失、企業危機與三九集團多元化快速發展（1994~1997年）。
由於“三九胃泰”被大量的仿製（由此可見市場製度的缺失），市場上粗製濫造的“三九胃泰”層出不窮，1994年“三九胃泰”被衛生部列為自費藥，這對三九集團是一個致命打擊，它的銷售一落千丈，藥廠的生存出現危機，也直接威脅到集團的生存，因為三九集團90%的利潤來自南方製藥廠。1995年初，三九企業集團召開了關於“麵向二十一世紀，重整發展戰略，第二次創業，把三九企業集團建成世界一流企業”大會，正式製定了把單純的產業型企業發展成為多種產業並舉的綜合性產業，把一個核心企業發展到兩個核心企業，把單純的產業型企業發展成為產業與金融相組合的高級組合型企業的新的集團發展戰略。此時總裁趙新先的想法就是：到資本市場上去充分利用風險，到風險最大的地方去運作並購。趙新先後來在憶起這段往事時又表示：“三九通過並購來進行多元化擴張是被逼的。”但是這種逼迫不是行政的逼迫，而是市場的逼迫。這和我們前文分析也是一致的。由於轉型經濟環境中市場製度的缺失，企業進行科技創新的動力有限，這樣企業到了一定階段就會感受到市場的壓力而必須千方百計擴大規模。
此時三九集團決定把南方製藥廠和三九汽車工業作為核心企業，把利潤在1億元以上的3~5個企業作為支柱企業，並發展利潤在5000萬元以上的骨幹企業5~8個。這期間，運用資本運營手段進入了汽車、農業、大食品、旅遊業。到1997年6月，共兼並企業41家，集團總資產也達到97億元。從三九集團的快速發展階段我們更可以看到，管理層當時是多麼急於拓展企業規模。正是在這段快速發展過程中，多元化經營中的一些問題不斷暴露出來：