（三）專項基金績效評價體係不健全
簡政放權並不意味著管理責任的完全下放和轉移。就專項資金而言，績效評價是責任管理的有效載體之一。因此，地方高校專項資金的使用績效需要省級乃至於中央層級的教育和財政部門進行監督審查。但在實際執行過程中，財務、審計部門對專項資金的監督審查更多地限於形式審查，對地方高校專項資金的績效評價大多流於形式，對資金的使用效益以及預算執行著力較少而對專項資金使用的投入及其分配規模關注較多。另外，受專項資金來源的複雜性、學校所處地區經濟發展水平的不均衡等影響，評價指標缺乏可量化性，績效評價標準難以統一，很難非常客觀地對專項資金發揮的社會效益和長遠影響作出科學準確的評估，難以製定出可操作的細則和措施。這些都大大限製了監督機製有效作用的發揮，製約了專項資金支出的使用績效。
（四）省級財政責任不明晰
截至目前，我國尚未形成完善的地方財政對高等教育投入的激勵約束機製，缺乏省級財政對高等教育投入統籌安排的責任界定。在地方高校專項資金項目上也是如此，它主要表現在管理責任和配套責任的缺失上。其一，省級財政對專項資金的管理責任不明確。目前專項資金由中央財政統一評審，省級財政部門主要負責組織項目的規劃、論證、審核以及資金的劃撥，對於專項資金的分配、使用和監督方麵的管理權限較小，管理責任不明晰。其二，省級財政的配套責任不明晰。專項資金要求省級財政給予配套資金支持，但由於沒有明確地方的配套比例，地方財政實際配套金額隨意性較大。中央財政投入多，地方財政配套少。同時，對於配套資金落實較好的省份缺乏行之有效的獎勵機製，不利於充分調動地方財政主動配套共建資金的積極性。
三、專項資金製度績效偏低的原因
（一）計劃導向的專項資金分配體製
與20世紀80年代以前高校經費由中央財政部門獨自承擔並以“戴帽下達”方式進行不同，20 世紀 90 年代末，隨著高校管理體製的改革和不斷完善，在支持地方高校發展的專項基金這一製度設計上，逐漸形成了中央和地方兩級管理、三級辦學的體製。雖然，專項資金投入和管理主體有所變化，將專項資金的投資和管理職能下劃給省級地方政府，有從一元到多元發展的趨勢，但不可否認的是這一體製依然存在計劃分配的影子。《中央財政支持地方高校發展專項資金管理辦法》第七條關於項目申請和審批中規定：省級財政部門指導地方高校編製建設規劃，規劃彙總報送財政部備案，財政部對各地報送資料進行審核後，確定並下達項目預算。由此可見，目前的中央政府財政支持地方高校的專項基金，是根據各高校的行政隸屬以及區位等關係來確定財政投入大小的配置。它表明專項基金投入體製依然是計劃主導，其模式還是由政府主導型的分配體製。顯而易見，這種政府主導下的高等教育財政投入的計劃分配體製的績效還有較大的提升空間。
（二）地方財政配套投入機製失衡
一般認為，教育屬於公共產品的範疇。雖然發展高等教育可以滿足地方政府在城市文化繁榮、經濟增長等方麵的發展訴求，但是作為一種地方性準公共產品，它天然地具有正外部效應。這是因為地方高校的受益範圍可能超出地方政府轄區的邊界，特別是欠發達地區的高校更是如此。隨著高校就業製度市場化改革趨勢的不斷深入，導致了畢業生向京、滬、廣、深等一線城市和東南沿海等經濟發達地區流入。因此，當欠發達地區的高等教育投入的收益外溢而其成本得不到相應補償時，作為理性經濟人的地方政府，為了獲得本地區利益最大化，減少對區域內地方高校的財政支持力度成為帕累托改進的優選項。
從本質上講，目前的專項資金這一教育財政轉移支付製度缺乏公平性②，更未考慮地方高等教育收益的溢出效應，忽視了地方高等教育收益與成本不對稱的矛盾。其結果將必然導致地方高等教育的財政供給達不到社會需求的最佳水平，在一定程度上限製了欠發達地區政府的財政支持地方高校發展的投入能力和積極性。這一問題的有效解決方法之一是跨地方政府間的教育成本收益的“內部化”。但是，相對於縱向的專項基金轉移支付而言，在發達地區和欠發達地區之間的橫向財政轉移支付製度，特別是教育經費的橫向轉移製度，還未有效建立起來。
（三）地方高校專項資金管理製度不完善
在製度保障層麵，雖然省級教育行政部門及相關高校製定了一些規章製度，一定程度上起到了提高專項資金管理使用績效的作用。但是在一些細則製度設計上還沒有得到進一步跟進，比如“專項資金激勵機製”、“專項資金管理辦法”、“基本信息的收集整理製度”、“項目跟蹤檢查管理製度”、“項目安全檢查製度”和“儲備項目調研、論證管理辦法”等；在組織保障上，為高效地完成學科建設等專項資金任務，相關高校尚未成立諸如發展項目建設工作領導小組、財務審計部門全程參加的經費管理等組織形式，因而造成對專項資金項目的管理不到位，降低了專項資金的使用效益；在隊伍製度建設方麵，某些地方高校的專項資金項目建設尚存在人員梯隊行政化、學曆和年齡結構不合理等影響專項資金使用效率的問題。
四、簡政放權視角下提升專項資金使用績效的對策與建議
基於簡政放權的總體思路，在進一步加強和完善中央財政對地方高校發展的資金支持力度、加大各級財政投入的同時，需要進一步建立和落實保障有力的地方高校項目管理新機製來加強項目管理。與此同時，切實發揮地方教育行政部門以及地方高校的積極性，探索在規劃、申請、審批、項目管理、效益評價等領域的製度化辦法，切實管好用好中央支持地方高校發展專項資金，以不斷提高專項資金使用績效、發揮項目對提升學校綜合實力的支持水平，促進高等教育區域間的協調發展。