祟禎十七年二月十八日，在遼陽過了十天之後，大明皇帝祟禎由東北執政府執政官楚鍾南親自帶兵迎至沈陽，並告諭天下：天子巡狩東北！至此，原本因為北京城破而亂紛紛一團的天下政局一時平靜了下來。眾人都把目光投向了自洪承疇伐清之後便平靜的不能再平靜，尤如一灘死水般的東北。尤其是南京一帶，自祟禎“失蹤”之後便亂哄哄一團，認為天子已崩，應當另立新主的鳳陽總督馬士英與南京六部的官員們也立即停止了一切爭執，原本還在為到底是立小福王朱由崧還是潞王朱常淓更合適的官員們都感到了一陣莫名的壓力。雖然大家都知道祟禎其實沒什麼本事，可是，人家是正統的天子，正統就有大義，如要東北方麵沒有撒謊，那麼，他們所作的一切都將成為一場空。尤其是祟禎隻是在北京失陷的時候失蹤，並沒有證據證明其已經駕崩，他們就這樣著急上火的打算擁立新帝，肯定會被許多人解釋為別有企圖。政治是沒有任何道理可講的。雖然馬士英、阮大铖等人還有意繼續立挺小福王登基，以期圖得更大的權位，但因為南京兵部尚書史可法等人都堅持要先行確認東北軍是否真的接到了祟禎之後再談此事，馬阮等人也沒有辦法。畢竟，雖然史可法的人緣並不是很好，位他們的力量卻不容忽視，尤其是沒有祟禎的旨意，史可法就仍然是南京兵部尚書，掌有南京方麵的兵權。這是任何人都不能忽視的。
而到了祟禎十七年三月初，江南名士黃宗羲、王夫之，還有先前被大明朝廷的官員們送到朝鮮的錢謙益等人被東北軍水師護送到了南京，出示了蓋有玉璽的祟禎親筆詔書，而因為同行的還有太子朱慈烺，不少南京的部院大臣都認識，於是，在史可法與東北軍水師的共同努力下，詔令得到了執行。錢謙益成為禮部尚，史可法成為兵部尚書兼東閣大學士，並統領劉澤清、黃得功、高傑、劉良佐以及左良玉諸部，準備北上討伐李自成。馬士英為都察院都禦使，兼領鳳陽軍務；阮大铖為兵部右侍郎……一幹重要官員都受到了封敕。至於小福王朱由崧與潞王朱常淓，還有先前因為私自招幕兵馬，意圖參加平定農民軍而被大明朝廷忌，被囚於鳳陽的唐王朱聿鍵，以及一些靠得近的宗室子弟，都被東北軍水師以祟禎的名義送往東北，理由是天下大亂，皇族調零，祟禎想要見一見親戚，詢問一下宗室們的情況。而黃宗羲與王夫之兩人則四麵聯絡各地士子，以自己的關係號召大家前往南京輔佐太子朱慈烺。不久，年青一代名士方以智、朱舜水、張明弼、陳貞慧、侯朝宗、吳應箕、冒襄等人紛至遝來，並俱被太子朱慈烺授予官職。但是，很不幸的是，冒襄等人因為新任兵部右侍郎阮大铖，以及江北四鎮之一的軍閥高傑（此人曾為李自成部將，後撬了李自成的老婆跑了）有仇，擔任官職之後，不僅沒有思索如何才能同心協力討伐李自成，反而一開始便相互攻訐，致使南京剛有轉機的局麵再次陷入了混亂之中。太子朱慈烺性子軟弱，沒有什麼經曆，無法駕禦全局，同時因為不了解情況而不知道如何處理手下的爭執，隻能不住的和稀泥，可這樣反而使得手下的爭執分歧越發嚴重。而錢謙益因為受到了楚鍾南的暗中指示，除了暗中不住將東北軍水師的勢力擴張開來，卻根本不打算摻入這些爭執，即使是朱慈烺等人請求，他也是百般推托，聲稱不敢亂來，以免引發更大的亂局。於是，錢謙益這種不作為式的暗中縱容，再加上另一重臣史可法也不擅處理人際關係，同時因為還要主持軍事，早已遠離南京前往揚州，如此一來，南京朝局漸由馬士英、阮大铖等人所控。馬士英內結宦官韓讚周、勳臣劉孔昭，外約黃得功、劉良佐、高傑還有劉澤清等統兵大將，並與阮大铖相互勾結，把持政權，開始迫害政敵。不久，冒襄等人便被抓捕入獄！而這種景象，也使得原本還心存熱血打算大幹一場的黃宗羲、王夫之、方以智、朱舜水等有識之士漸漸失望，南京城剛剛迸發出一點兒生氣的景象再次沉寂了下去。
而就在南京方麵不住整合各種權力的時候，李自成卻依然顧我的在北京享受生活。大將李岩逃回之後，不久便上書言四事，請求李自成整頓軍紀，最好還是搬出皇宮，不要著急登基。他的理由也很簡單，整頓軍紀是為了北京城的安寧，為的獲取民心，而搬出皇宮並且暫不登基，則是因為祟禎卻並未失德。這也就是說，大明這些年的混亂不堪，老百姓的生活困苦，責任並不能全都蓋到祟禎身上，所以，他們必須給予祟禎一定的尊重。就算想登基，也得等到真正抓到祟禎之後，以禪讓的形式進行。