杜杲雖然被理宗皇帝任命為吏部尚書，但並沒有讓他行使吏部尚書的任何權利，而是讓他以寶文閣學士官銜致仕，逝後又追贈開府儀同三司。
釣魚城大戰後的十幾年，蒙古皇帝忽必烈發誓要為長兄蒙哥報仇雪恨，誓殺宋理宗，血洗釣魚城。宋理宗聽後，嚇得要死，怕得要命，連忙召見武將孟珙，可孟珙卻說，釣魚城之戰並非是我孟珙指揮有方，而是他杜杲臨死前精心設計和安排的結果，宋理宗一聽，頓時氣得暈倒在地。
經過太醫的一番診治，理宗皇帝慢慢蘇醒過來，身旁的丞相賈似道建議：讓杜庶交出兵書，隻有《鬆經》方可抵禦蒙古的侵略，可令宋理宗和賈似道意想不到的是，杜庶不但交不出兵書《鬆經》，還一再推脫自己根本不懂兵書的秘密，理宗一氣之下，將杜庶關進監獄，杜庶恨悔交加，沒過多久便死在了監獄，其妻邢玫得知杜庶死在監獄，也毅然自殺，追夫離世。
見杜庶慘死監獄，靜寧公主難過地流下了熱淚，她知道舅舅和杲為了父皇收領養子一事隔閡不小，但他萬萬想不到的是，杜杲的兒子杜庶會死在舅舅的手上。她衝進皇宮質問父親後又大罵賈似道陷害忠臣，居心險惡，不得好死。
其實杜庶壓根兒沒有說謊，父親並不同意兒子學兵書《鬆經》，況且《鬆經》不是人人能夠學會的，而更要命的還是父親去世後不久的一日夏夜，富屯溪洪水猛漲，竟然將城關上碼頭藏有兵書《鬆經》的大樟樹連根拔起給衝走了，杜庶得知後，氣得當場吐血，興好是叔父杜民懂些醫術，否則，杜庶性命不保。
此後杜庶整日精神恍惚，恨自己沒有完成師傅雷道子的重托，悔自己一根筋，從沒想把兵書挪一挪。
且說，全真教在蒙哥為皇時一落千長。
1251－1252年間，蒙哥任命了一位道教首領和佛教國師作他的貼身隨從，前者是李誌常道士，後者是來自西土的那摩喇嘛。其初，李誌常最得蒙哥皇帝的恩寵。
1255年，蒙哥出席了在和林舉行的佛教僧侶那摩和一些道士展開的辯論會。1256年，在和林的宮中舉行了一次佛教會議。他對手下官員說：“一切宗教猶如手的五指。”對佛教徒，卻是這樣說：“佛門如掌，餘皆如指。”確實，在保持道士與佛教徒之間的平衡之後，蒙哥傾向了佛教，特別是在1255年辯論會之後，道士們被指控傳布偽經，歪曲佛教起源。全真道士和佛教僧侶的那場辯論，徹底改變了李誌常在蒙哥心中的位置。使全真教一落千丈，滑向了深淵、跌入了低穀，這是邱處機、尹誌平等人生前是怎麼也不會想不到的結果。
蒙古皇帝蒙哥1259年，帶兵攻打四川釣魚城時，中宋軍炮石而死，終年52歲。1259年11月，拖雷的幼子阿裏不哥在宗王等大多數蒙古正統派的支持下，於蒙古帝國首都和林通過“忽裏勒台”大會即帝位。與此同時，忽必烈與南宋議和後返回了開平府。
回到開平府後，忽必烈在漢人地主階級及部分蒙古宗王的支持下稱帝；4月，忽必烈設立中書省，總管國家政務；5月，忽必烈頒布《即位詔》法令，並建元中統。引起了阿裏不哥和蒙古正統派的強烈不滿，阿裏不哥與忽必烈隨即展開了四年的帝位戰爭。1264年阿裏不哥戰敗，忽必烈奪得蒙古的最高統治權。
忽必烈推行的“行漢法”主張，明顯違背了蒙古傳統，造成了許多蒙古貴族的不滿，他們拒絕歸附忽必烈，結果導致蒙古國的內亂。
阿裏不哥作為幼子，卻成為蒙古汗國本土上的統治者，並在蒙古都城和林紮營。作為蒙古地區的統治者，他準備在蒙古召開庫裏勒台，以確保他被舉為大汗。而忽必烈搶在他之前就行動了。他率軍從武昌北上，在中原的開平上都府（位於今察哈爾和熱河之間的多倫諾爾附近）建大本營，早些時候，他隻是在這兒建起了他的夏季駐地。1260年6月4日，在此被他的黨羽，和他的軍隊，擁立為大汗。當時的他44歲。
按成吉思汗的法律，這次倉卒選舉是非正式的、也是不合法的。按傳統，庫裏勒台應該在蒙古召開，會前應召集成吉思汗的四個兀魯思的代表們出席。阿裏不哥在蒙哥為帝時的丞相克烈部聶思托裏安、教徒學魯合的支持下，毫不躊躇地在和林悟取了大汗的稱號。在漢地，控製著陝西和四川的蒙軍將領們傾向於阿裏不哥一邊，但忽必烈不久就把這兩個省的軍隊爭取到他這一邊。忽必烈的副將們在甘州東部（甘肅境內）打敗了阿裏不哥軍，這次勝利鞏固了忽必烈在對蒙古統治下的大理、西夏、吐蕃、金國的所有權。忽必烈把他的優勢兵力向大蒙古汗國本土推進，他於1260年年底，在和林以南的翁金河畔度冬；而阿裏不哥朝葉尼塞河上遊撤退。接著忽必烈錯誤地設想戰爭已經結束，在和林留下一支普通軍隊後，回到中國。1261年年底，阿裏不哥卷土重來，驅逐了這支駐軍，並進軍迎戰忽必烈。在戈壁邊境上打了兩仗。第一仗忽必烈獲勝，然而；他再次錯誤地沒有追擊阿裏不哥，10天後打了第二仗，盡管戰鬥十分激烈，卻沒有決定性的勝負。