本病潛伏期一般在10～14天左右，起病急，患者主要表現發燒、劇烈頭痛、惡心、嘔吐、嗜睡不醒等症狀。可並發肺部感染，因患者神誌不清，呼吸道分泌物不易咳出，導致支氣管肺炎和肺不張。其次有枕骨後褥瘡、皮膚膿癤、口腔感染和敗血症等。根據病情輕重，流行性乙型腦炎可分為輕型、普通型、重型、暴發型四型：
輕型患者神誌始終清醒，隻是有不同程度的嗜睡，一般無抽搐（個別孩子患者因高熱而驚厥），體溫在38～39℃之間，多數在1周內恢複；普通型有意識障礙，如昏睡或淺昏迷，腹壁反射和提睾反射消失，可有短期的抽搐，體溫一般在40℃左右，病程約10天，無後遺症；重型患者神誌昏迷，並有反複或持續性抽搐，體溫持續在40℃以上，可出現中樞性呼吸衰竭，病程常在2周以上，恢複期往往有不同程度的精神異常和癱瘓等表現，部分病人留有後遺症。暴發型患者體溫迅速上升，呈高熱或過高熱，伴有反複或持續強烈抽搐，於1～2日內出現深昏迷，有瞳孔變化、腦疝和中樞性呼吸衰竭等表現，如不及時搶救，常因呼吸衰竭而殘廢死亡，幸存者都有嚴重後遺症。
流行性乙型腦炎患者應臥床休息，定時翻身側臥，受壓部位放置氣墊，2～4小時翻身拍背一次，保持呼吸道通暢，以防呼吸道並發症。在飲食上應為流質飲食，熱量每日不低於35～40千卡/千克，並注意補充維生素B、維生素C以及清涼飲料和葡萄糖液。對昏迷病人，應注意口腔、皮膚清潔護理，應用牙墊或開口器，防止舌咬傷。
簡易食療方：
蓮花粥
材料：蓮花6克，粳米50克。
做法：蓮花放於背陰處陰平，研成細采備用。將粳米按常規煮佗粥，待粥好時，撒入花末調勻，再煮沸取下。
用法：空腹食用。每日1～2次。
功效：清心散熱。適用於小兒腦炎熱盛神昏。
玉米雪梨糖
材料：生石膏60克，細生地20克，雪梨4隻，鮮藕節30克，鮮荷葉半張，冰糖適量。
做法：先將生地、鮮藕、鮮荷葉等洗淨，與石膏加適量水共煎取汁，去渣，約得汁1碗。將雪梨削皮，榨取梨汁，或搗爛後加少量水煮片刻取汁水，再倒入前碗中和勻，將冰糖溶化後調入即成。
用法：日分數次，溫熱緩用。
功效：清氣涼營。對於小兒乙腦急性期有較好的療效。
青蒿綠豆粥
材料：青蒿5克，西瓜翠衣60克，鮮荷葉適量，綠豆30克，赤伏苓12克。
做法：將青蒿（或鮮用絞汁）、西瓜翠衣、赤伏苓入鍋內共煎取汁（不宜久煎），去渣。將綠豆淘洗淨後，與荷葉同煮為稀粥。待粥將成，入以上藥汁再稍煮即成。
用法：綠豆與湯液一並緩緩服用。
功效：清熱解毒，辛涼透表。適用於小兒乙腦急性期。
導赤清心粥
材料：生地黃汁50毫升，連心麥冬6克，蓮子芯3克，竹葉卷心20支，燈芯2支，雪梨1隻，粳米25克，砂糖適量。
做法：將麥冬、蓮子芯、竹葉卷心、燈芯煎取濃汁，將雪梨去皮絞汁，然後將粳米煮粥，沸後放入生地黃汁、藥汁及梨汁。粥熟後再調入砂糖即可。
用法：每日食2～3次。
功效：養陰清心。適用於小兒乙腦的恢複期食療。
防治小知識：
★接種乙腦疫苗發熱家長切忌亂用藥
小兒周歲前通常要接種乙腦疫苗，該疫苗通常會產生發熱反應。小兒接種乙腦疫苗產生發熱反應屬正常現象。
在孩子發熱時，家長不要自作主張給孩子服用抗生素類藥，因為抗生素類藥可能會與疫苗產生反應，影響疫苗接種效果。
但是，家長不能大意，應當隨時掌握孩子的發熱溫度。如果溫度在38攝氏度以下，可以讓孩子多喝水來達到降溫目的。如果達到38攝氏度以上，應當及時到醫院就醫，以免孩子燒成肺炎。
★小兒流行性乙型腦炎恢複期的康複按摩護理
頭頸部按摩：在頭部運動區，感覺區及督脈使用點揉和拇指推法，從大椎推到印堂，從百會推到太陽反複6～10次，以不破為度，出現紅潤為佳。然後點揉百會、風池、頭維、人中等穴，尤其注意施重手法點揉啞門、風府兩穴，並在頭頸部進行抓揉，拍打等常規按摩手法進行治療。
四肢按摩：按摩力量從輕開始，逐步增強，循序漸進，多用被動按摩手法活動諸關節，使強直肢體逐步舒展。
肢體功能鍛煉：要隨時把患兒肢體置於功能位置，預防關節畸形，肢體各關節被動運動，上肢關節運動自指端開，一手握住患兒拇指遠端第一指節，另一手握住拇指第二指節做屈伸動作。用同樣的方法做拇指、掌指關節的屈、伸環動作，其餘四指以此類推做同樣的被動運動，每個關節做十餘次。注意不能跨關節活動。腕關節、肘關節各做屈伸動作。肩關節做前屈、外展、後伸、內收運動，用上肢被動運動同樣的方法進行下肢關節被動運動，每個動作做十餘次。家長每日上、下午、晚睡前各做一次肢體關節的被動運動，被動運動應有節律，切忌簡單粗暴，蠻力對抗，避免關節受損、骨折。