順治二年五月初十，南京城裏已是處於失控的狀態。連日來警報迭至，先時傳明鎮海伯鄭鴻逵等以舟師大軍馳援至南京附近，駐守於瓜洲、儀真和清軍相抗，讓城中軍民的情緒為之一振。因為南京的官員早就知道鄭鴻逵和其兄長鄭芝龍在江浙和福建一帶雄踞多年，擁有艦船幾千艘，兵將數十萬，而他們的艦船長年橫行於海上，對擅長於海戰的西夷荷蘭都屢戰屢勝，每艘艦船上都裝備有數尊紅夷大炮和數十尊佛朗機炮，火力大得驚人。有這樣的大軍協防南京，南京的軍民自然是放心不少。但緊接著就傳來鄭鴻逵大軍遭到清軍水師偷襲而敗往通州的消息，這壞消息幾乎完全摧垮了人們的意誌，以至於城內開始大亂。而當清軍已達鎮江的消息傳來後，街麵上更是出現了許多的搶劫事件，一些明軍也參與了其中。
這日夜裏，已如熱鍋上螞蟻的朱由崧令太監韓讚周將馬士英和阮大铖急招至宮內禦書房。當馬士英和阮大铖見到頭發淩亂，正在書房裏來回走動的皇上時，所有的僥幸和希望都化為了烏有。
見馬士英阮大铖正要叩拜，朱由崧不耐煩地擺手製止，而後走至二人跟前，用一雙急切的眼睛盯著馬士英問道：“現今清軍已至鎮江，守和已無一可言，朕決意禦駕親征，濟則可保社稷，不濟亦可全身。你等看是遠往雲貴，還是近去武林？”
馬士英一聽此話，頓時感到從南京脫身而走的良機已到，連忙跪下啟奏道：“皇上聖明。皇上若是禦駕親征，依臣所見，此事萬不可張揚。現忻城伯提督南京，軍權盡在其手，然臣觀趙之龍已顯降清之意，若將親征之事告知於他，恐皇上走之不成。不若密帶皇眷和絕少文武向往蕪湖，那靖南伯黃得功一片忠心，可保陛下無虞，屆時他事再為謀之。”
朱由崧覺得馬士英的主意不錯，於是趕緊叫王世禮和韓讚周傳下密令。至二鼓時分，朱由崧束裝跨鞍，攜太後、姚妃等內眷，隨著馬士英阮大铖等和百餘名禦林軍，偷偷從通濟門出得南京，徑奔蕪湖而去。
那馬士英雖說貪賄弄權，倒也長著一雙識人之眼。忻城伯趙之龍在清軍攻破揚州後，果不其然地就謀劃著降清之事，但礙於朱由崧仍在南京，若是降清必然要將其縛往清營，趙之龍正糾結著如何既不落下千古罵名又能順利降清之事，以至於坐於大轎中的他因躊躇思慮而沒有覺察到今天的上朝鼓並未被敲響。
當趙之龍走進皇殿之前，已聞得大殿內人聲鼎沸，走進殿內一看，隻見一班文武正在交頭接耳地議論著，台階之上，哪還見皇上的影子？就連平日朝會上站於皇上身邊的太監，也消失得無影無蹤。
趙之龍趕忙向身邊的官員打聽，方知朱由崧已經離開了南京，據防守城門的將領稟報，今日淩晨阮大铖拿著聖旨率百餘人出了城門。
正在議論紛紛的官員，當確知朱由崧已棄滿城軍民逃離時，一時大嘩，官員們紛紛離朝而去。趙之龍見此，急忙將還在朝堂的幾位將領喚到一起，對他們進行了一番布置。
此時南京的百姓也聽到了皇上已經離京的傳聞，一時間男女蜂擁出門，扶老攜幼者不可勝數，更有那小腳婦女，金蓮躑躅，跬步難行，各城門處均人潮洶湧，被擠之倒地者哀聲盈野。
時近午時，各城門守軍接到趙之龍的命令將城門關了起來，同時城內各處也貼滿了安民告示，明軍也自各個營中來到街邊巷裏，進行維護，趙之龍令手下將幾個被抓到的搶劫人犯綁至街市斬首示眾，民心才得稍安。
數日之間，趙之龍及一幫勳戚和文武大臣就和清軍達成了開城投降的事宜。一些官員和士人，聞之將降，紛紛閉門不出，也有一些自殺殉國。越其傑、袁樞等就絕食於家中，更有一乞丐者於百川橋上題下一詩，而後跳橋而亡。其詩曰：