日軍在殘殺國軍俘虜的同時，也把屠刀指向手無寸鐵的市民，為了掩蓋罪行，嚴令記者拍照、報道。在第一輪大屠殺之後，接著就是毀屍滅跡，掩蓋殺人真相。
據在長江岸參加毀屍滅跡的日本少佐大田壽男在成了中國人民的階下囚之後，供認說：
“我在12刀15日晚到達南京下關第2碇泊場司令部之後，司令官命令我說：安達少佐正在處理屍體，現在命令你和安達少佐共同完成這次任務。當我奉命之後，就在南京下關碼頭上，分東西兩個罩域執行任務，安達在東部處理，我在西部處理，兩個區域共使用30隻氣船、10台汽車、800名運輸兵，從12月16日開始，到18日兩天時間，經我處理的屍體有19000多具，安達處理16000多具。加上安達自E處理的65000多具，碇泊場司令部共處理了10萬具以上的屍體，其中3萬多具是掩埋、燒毀以外，其餘的都投到揚子江裏去了。我想其他部隊自己處理至少也有5萬人，共計15萬人。被殺害的人們絕大多數是市民，有男女老少。還有一部分是抗日遊擊隊，估計也有3萬。當我剛到下關時，我看見有日本軍隊仍用機關槍向他們掃射，我記得被掃射過的許多人之中，有很多帶活氣沒死過去，而仍在呼吸著的人。
“經過處理的2萬多具屍體裏麵，就有350多個是被掃射後仍在呼吸未死的。處理這些活人的時候，我命令部隊先用裝貨的鐵鉤子將他們打死，使其絕命後再用鉤子搭到船上，投到揚子江裏去。我清楚地認識到這是一種慘無道的殺害。這些罄竹難書的罪行再沒有比殺人者自白更令人觸目驚心、切齒痛恨的了。曆史發展到今天，日本軍國主義之魂正在複活，我們不要抱任何希望強盜會變成仁者。強盜永遠盜心不改。
1984年8月4日，在日本宮崎縣臼杵郡北鄉村一農民家裏，發現一本直接參與“南京大屠殺”的侵華日本士兵日記。日記本是日本博文館印刷的。這個士兵是侵華日軍都城第23聯隊的上等兵。屬於第10軍第18師團。
日記中的12月15日（1937）一頁寫道：
“今天，碰到大約2000名無數可逃的中國佬，打著白旗排成長串投降，老幼摻雜，服裝不一，沒有攜帶任何武器，沿道綿延而跪，簡直成了天下之奇觀。我們好像沒有采取任何措施就用不同方式把他們殺了。近來閑得無聊時，就拿殺中國人取樂。把無辜的中國人抓來，或活埋，或推入火中，或澆上汽油活活燒死，或用木棒打死，或用繩子吊死等。幾乎用盡了取人性命的手段。
12月21日一頁寫道：“今天，又把無辜的中國人推倒，猛打，打到半死狀態時，又把他們推到壕溝，從頭上點火，把他們折磨死。為了消遣解悶，大家都這樣取樂，這要在日本內地，將會造成大事件。但在南京簡直如同殺狗宰貓。”
在這個農家保存的相冊中，還發現3張黑白照片，其中一張照片上，有12個剛砍下人的人頭滾落一地，有老人、小孩、婦女。慘不忍睹。照片的背景赫然有南京兩個字。