4.營業稅改征增值稅後征稅機關發生改變。試點納稅人交納營業稅時征稅機關是地方稅務局，改征增值稅後，稅收的征管機構變更為國家稅務局。
5.營業稅改征增值稅後一般納稅人資格認定有所變化。營業稅改征增值稅後試點納稅人應稅服務年銷售額為500萬元（含本數）以上的應當認定為一般納稅人。試點地區應稅服務年銷售額未超過500萬元的原公路、內河貨物運輸業自開票納稅人，也應當申請認定為一般納稅人。這一條款在財稅[2012]71號文中又被廢止了。與現行增值稅一般納稅人認定要求有很大差別。
6.營業稅改征增值稅後可以抵扣銷項稅額的票據增多。現行增值稅征稅製度規定，納稅人申請抵扣增值稅時必須提供合法的扣除憑證，包括增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、農產品收購發票、農產品銷售發票、運輸費用結算單據和通用繳款書。其中，通用繳款書及其附屬的其他扣稅必須具備的憑證是試點新增加的扣稅票據，納稅人憑通用繳款書抵扣進項稅額的，應當具備書麵合同、付款證明和境外單位的對賬單或者發票。但是，原增值稅一般納稅人從試點地區取得的2012年1月1日（含）以後開具的運輸費用結算單據（鐵路運輸費用結算單據除外），一律不得作為增值稅扣稅憑證。
二、營業稅改征增值稅對試點納稅人的影響
（一）試點納稅人涉稅業務的會計處理發生變化
1.日常核算稅改前後完全不同。在征營業稅時，試點納稅人月末按營業稅相關規定計稅。借記“營業稅金及附加”科目，貸記“應交稅費——應交營業稅”科目。次月按規定交納營業稅。改征增值稅後，試點納稅人應該按照增值稅納稅人相關規定進行會計處理。如果試點納稅人是增值稅一般納稅人，平時購進應稅貨物或勞務時，會計處理為：借記“庫存商品”等科目，借記“應交稅費——應交增值稅（進項稅額）”科目；貸記“銀行存款”等科目。銷售應稅貨物或勞務時，借記“銀行存款”科目；貸記“主營業務收入”、 “應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）”科目。下月按稅法規定時限將增值稅銷項稅額與進項稅額之間的差額上交稅務機關。
2.特殊銷售業務核算也有變化。試點納稅人作為營業稅納稅人時如果有混合銷售業務，改征增值稅後，將征收增值稅，稅法中混合銷售有關規定對試點納稅人將不再適用。如果上述混合銷售業務涉及的流轉稅的稅率不同，則變成兼營不同增值稅稅率的銷售行為，按照兼營銷售業務相關規定進行會計處理。
（二）營業稅改征增值稅後試點納稅人承擔的稅負受到影響
營業稅改征增值稅後，試點納稅人交稅種類發生變化，稅負如果發生變動，企業盈利水平就會受到相應的影響。一般來說，對於增值率高的企業，適宜作為營業稅納稅人；反之，選擇作為增值稅納稅人稅負會較輕。
試點納稅人由營業稅改征增值稅，是否增加稅收負擔，可以通過營業稅與增值稅無差別平衡點增值率來判斷。營業稅與增值稅無差別平衡點增值率可以按照下列公式計算：增值率=（1+增值稅稅率）×（營業稅稅率÷增值稅稅率）。
根據營業稅改征增值稅的試點規定，原按3%、5%交納營業稅的應稅勞務現分別改按6%、11%、17%交納增值稅。把上述幾種情況按照增值率計算公式可以計算出營業稅與增值稅無差別平衡點增值率。