寇恂不負眾望，他“移書屬縣，講兵肄射，伐淇園之竹，為矢百餘萬，養馬二千匹，收租四百萬斛，轉以給軍”，不僅源源不絕地為前方輸送軍需物資，還招募訓練了不少新兵。
朱酭聽說劉秀帶主力離開，果然命令討難將軍蘇茂、副將賈強等領兵三萬向河內進攻。寇恂探知敵人的前鋒已經渡過鞏河，開始攻擊轄境的溫縣，立刻命令下屬各縣迅速集結正在訓練的士卒，各自開赴溫縣準備與敵人會戰。他的部屬認為敵人勢力浩大，應該等到部隊集結完畢一起前往。寇恂反駁說：溫縣是我們郡的門戶屏障，一旦失守則郡不可守。於是隻帶了身邊少數士卒就馳往前線，趁溫縣城池未破之前加強了防禦，終於贏得了其他部隊趕來的時間。
等到蘇茂軍隊擺好陣勢準備攻城的時候，寇恂屬下的各縣新兵也紛紛趕到了溫縣城外，這時劉秀最近的一支野戰部隊馮異所部在得知消息後也火速趕到救援，一時間溫縣四周原野士馬四集，幡旗蔽野。寇恂在城牆上看得真切，馬上命令所有士兵登上城牆擊鼓呐喊說：劉公兵到！蘇茂的軍隊聽了以後，以為劉秀真的率領大部隊回援，不禁軍心騷動，陣形開始有了鬆動的跡象。寇恂趁機開城衝殺，一舉擊潰了來犯的敵軍。敵兵在潰逃時掉進河裏淹死的就多達數千，還有上萬人被生擒活捉，就連賈強也被斬殺。寇恂和馮異一直追擊敵軍過河才凱旋而歸。經此一役，朱酭所部嚇破了膽子，就連白天也不敢打開城門。
在這場戰鬥還沒打響的時候，有謠言傳到了劉秀耳中，聲稱河內郡已經被朱酭所部攻占。劉秀正在驚疑不定，沒多久就接到了寇恂的報捷文書，他大喜過望地說道：“吾知寇子翼可任也！”這場勝利鞏固了劉秀的後方大本營，為其最終決定提前稱帝打下了堅實的基礎。
後來劉秀在部地稱帝，“軍食急乏”，寇恂“以輦車驪駕轉輸，前後不絕，尚書升鬥以稟百官”。劉秀多次派使者帶著自己的書信來表示慰勞。寇恂的同門生茂陵人董崇進言說：現在皇上剛剛即位，天下還沒有安定。君侯據有大郡，內得人心，外破強敵，如此功名聲望，恰好給了小人進讒的借口。當年蕭何守關中，劉邦對他也有所猜疑。蕭何最後聽了鮑生的建議將兒子、親眷送到劉邦身邊隨軍才得以免禍。現在君侯的宗族昆弟都在自己身邊，前人的教訓足以借鑒。寇恂於是聲稱身體不適，請求辭去太守職位。後來劉秀回軍進攻洛陽，先到了河內郡，寇恂乘機請求從軍。劉秀回答說：河內不能沒有你。寇恂請求多次都沒有獲得允許，於是把自己哥哥的兒子寇張和姐姐的兒子穀崇都送到劉秀軍中，表示願意充當先鋒效命。劉秀把他們都任命為偏將軍。
四、潁川太守
建武二年（27年），寇恂被免去了河內太守一職，理由是“係考上書者”。從這件事不難看出劉秀始終不放心將自己的根據地交給一個外姓人掌控，但是這並不妨礙他對寇恂才能的賞識。幾個月後，寇恂被重新起用為潁川太守。當時的潁川郡匪患嚴重，嚴終、趙敦二人聚集了上萬的武裝與政府對抗，而且還交接密地的武裝首領賈期一起行動，對當地政權造成了極大危害。寇恂到任後立即聯合破奸將軍侯進采取行動，僅僅幾個月就平定了匪患，還斬殺了賈期的首級。劉秀封寇恂為雍奴侯，食邑高達萬戶。
當時到處用兵，法律製度還沒有完善，一些驕橫的將士在地方上時有不法之舉，搶劫殺人的事情經常發生。地方官吏擔心得罪其背後的勢力，往往對此睜一隻眼閉一隻眼。寇恂在潁川不久就碰到了這種事情，不過他的處理態度明顯不同。
經過認真細致的調查，寇恂將搶劫殺人的軍校在大庭廣眾之下將其正法。此舉當然深得民心，也有助於地方行政職能的恢複，然而卻深深激怒了這個犯罪軍士的統帥——執金吾賈複。賈複可不是什麼普通的將領，可以毫不誇張地說此人正是劉秀手下最為信任倚重的心腹之一。執金吾的職責是率領禁兵保衛京城和皇宮，顯然非皇帝親信不可能擔任。劉秀在發跡之前曾目睹過一次執金吾的排場，欣羨之餘當場發出了“仕宦當作執金吾，娶親當得陰麗華”的慨歎。出生皇帝近鄉的南陽冠軍人賈複確實也有驕傲的資本，此人能文能武，作戰異常勇猛，不僅被封為冠軍侯，而且在劉秀即位之初就被任命執金吾要職。後來天下平定，劉秀偃幹戈，修文德，絕大多數功臣被排除在朝政以外，賈複卻是參與朝廷大事的三位功臣之一。以寇恂的為人，他在處置之前當然不可能不知道犯法的軍校所屬，自然也深知這位執金吾大人的護犢心理。
果然，賈複認為這是一個極大的恥辱，決心要找機會向寇恂報複。一次，賈複統兵路過潁川，他親口對身邊的部下發下誓言說：“吾與寇恂並列將帥，而今為其所陷，大丈夫豈有懷侵怨而不決之者乎？今見恂，必手劍之！”寇恂很快得到了消息，決定采取避而不見的方法來應對。這在一般人眼中自然是屈服示弱的表現。穀崇就覺得難以接受，他激動地說：我也是帶兵打仗的將軍，請允許我帶劍跟隨在舅舅身邊，如果賈複膽敢動手，我保證舅舅平安無事。寇恂聽了笑嗬嗬地回答：你小子不懂，真以為我是怕了他啊？當年藺相如不畏秦王而屈於廉頗，無非是為了國家。一個小小的趙國，尚且有如此人物，我們難道就不能勝過前人嗎？他下令屬縣做好準備，提供賈複軍隊雙倍的酒菜飯食。等到賈複到來的時候，寇恂假裝前去迎接，卻在半道上裝病返回了郡衙。賈複還想帶兵追趕，不料自己的兵士全部喝醉了，隻能悻悻作罷。