神農架最早的名稱，被稱為“熊山”。《山海經?中次九經》雲：“又東一百五十裏，曰熊山。有穴焉，熊之穴，恒出人神人，夏啟而冬閉……熊山，帝也”（從王念孫校）。一些學者認為，《山海經》講的“熊山"，從名稱、地望、方位來看，即今神農架（參見四川省社會科學院出版社1986年版《<山海經>新探》一書）。
有趣的是，當代科學家們通過考察後認為：神農架發現的熊不僅數量特多，而且種類最多，不愧是中國“熊的王國，古時更有巨熊長期息住此地，不知其來曆。”。其中的“神人”，是屈原《山鬼》詩中的“山鬼”，即今轟動全球的神農架高大的“野人”。“熊山，帝也”，是說神農架是古代帝王的聖地，這位帝王，當指炎帝神農氏，也是苗人祖先。
神農架有一座古木參天、綠蔭蓋地的大山，相傳古代老君曾在這裏采過草藥，煉過仙丹。有一天，當老君請教神農怎樣才能煉出仙丹時，神農告訴他：百姓用木犁、石刀耕種五穀太費勁了，要是有鐵器就好了，我看你甭煉什麼仙丹，就煉鐵造農具吧!老君覺得有道理，接受了神農的意見，從此以後便煉鐵造農具了，打出了鍁、钁頭、刀、犁尖、送給百姓用。這樣，老君就成了鐵匠的始祖，直到現今他還被百姓作為祖師爺敬奉著。當地百姓為了感激、紀念老君，便把他采藥、煉鐵造農具的所在山叫做“老君山”，並通過《老君山傳說》頌揚了老君為百姓采藥，煉鐵造農具的高尚品德和功績。
遠古時代太上老君曾從天宮來到神農架煉過長生不老仙丹，並與炎帝神農氏一起建起冶金爐，冶煉鋼鐵打製農具，為民造福。後來，人們就在這裏修建了老君廟(老君觀)，供奉太上老君神像和神農像，此山便稱為老君山；比老君山更高的山就稱為神農山。這件事足以說明，在人民心目中，神農氏的貢獻是最大的，聲望是最高的，遠遠超過天上的神仙。可惜，這些廟宇寺觀均毀於近代。
神農架有兩個一樣大小、一樣高低、一樣秀麗的山峰，被人們稱為“姊妹峰”。這個名稱的由來是：相傳神農的兩位公主看到父王為百姓采藥治病終年來往於深山密林之中，受盡風吹雨淋之苦，特別是受到毒癘疫氣的威脅，心中十分不安，便采集人間精花，為父王編製了一頂既美觀，又能抗風雨，避毒害的帽子，神農戴著這項帽子采藥就好多了。後來人們把酷似孿生姊妹的兩個山峰看成是神農兩個公主的化身；便把它們叫做“姊妹峰”。
在那裏有個很大的湖，叫做“大九湖”。為什麼叫“大九湖”呢?相傳，古時候，這個湖的水非常清亮，就像一麵鏡子嵌在山林中，天上的仙女常常來到湖裏洗澡。後來，這個湖被九條惡龍霸占了，它們互相爭奪，把湖水攪得混濁不堪、腥臭難聞；從此，仙女不再下凡洗澡，鄰近百姓不得安寧。沒多久，有個武藝超群的青年，在神農和無頭怪人刑天的幫助下，殺死了九條惡龍，使這個湖恢複了原樣，百姓重新得到安寧。當地的百姓為了感激他們、紀念他們，便把這個湖稱做“大九湖”。在傳說中，當年被殺死的九條惡龍變了今天的“九焰山”，斬龍的寶劍變成了現今的“石劍峰”，武將刑天則變成了似人非人的怪石。
關於神農架的冷杉樹、箭竹林、杜鵑花的傳說其情節更是感人。當人們登上被譽為“華中第一峰”的“神農頂”時，一派分明而協調的三層景色便展現在腳下：最下邊的一層，是密密麻麻的翠綠色箭竹林；在它上邊的第二層，是挺拔參天、枝葉繁茂的冷杉林；最上邊的第三層，是高山杜鵑。如果正逢杜鵑花盛開的季節，人們就會自然地感到像沉浸在綠色的海洋，花的世界裏。這樣的景觀是怎樣產生的呢?相傳遠古時候，神農架一個山村裏有個姑娘名叫杜鵑，長得俊俏、可愛、又聰明能幹；同村有個英俊小夥名叫冷杉，是個有名的獵手，他們倆相親相愛，形影不離。不料這事被山霸馬皇知道了，他頓時起了惡意，想霸占杜鵑做他的小夫人，把冷杉抓來做他的奴仆，便帶領一夥惡奴去抓他們。杜鵑和冷杉聞訊，便一起逃往深山密林。不幸的是他們最後還是被山霸一夥追上來，雙雙中了馬皇的毒箭死去。
這時，采藥的神農恰好來到此地，目睹此情非常氣憤，便撒出一把竹籽，霎時，長出了密密麻麻的箭竹林，向遠處延伸，很快就將山霸一夥緊緊圍困起來，直到他們一個個全都餓死、凍死。同時，神農懷著同情之心，向遇難的一對情侶身上吐了一口仙氣，頓時，男的變成了高大挺拔的冷杉樹，女的變為鮮豔多姿的杜鵑花。從此以後，，神農架山上便生長著箭竹、冷杉樹，開放著美麗的杜鵑花，杜鵑和冷杉結成了終身伴侶，永遠生活在一起，永遠相親相愛。至於馬皇，因為太壞了，最後變成令人討厭，一直爬在竹林中靠吸人血維持生命的害蟲——旱螞蝗。