蒙醫的診法以全息理論為基礎。認為“內病必外現”，“髒腑雖居內，其花卻開於外”。診病時，他們采用望診、問診、觸診，收集病人各個方麵的體征和症狀信息，加以分析和歸納，從發病原因判斷疾病的性質，從症狀和體征判斷疾病的類型及病變部位。所謂“望診”，是通過醫者的視覺診察患者全身及其有關部位的情況，以了解疾病體征和健康狀況的方法；所謂“問診”，是三診中較為重要的診察方法，通過有目的地詢問和聽取患者及其家屬親友的講述，了解患者的發病經過和症狀進行診斷；所謂“觸診”，是醫生用手直接接觸患者身體的一定部位以探索病情的方法，包括切脈和按診。
此外，在長期的臨床實踐中，蒙醫還形成了具有地域和民族特色的治療方法。
1飲食療法
蒙古人民認為，諸如奶食、肉食、骨湯之類，隻要食用適當，都可以起到滋補強身、防病治病的作用，在《蒙古秘史》中就有用馬奶酒救治受傷大出血昏厥病人的記載。
2正腦術
據記載，治療方法有四種，均應用“以震治震”的原理，適用於牧民落乘、跌傷等外傷所致的腦震蕩。治療用具有布帶、碗、筷、小錘、沙子或米。方法是先用布帶將患者的頭部緊緊圍裹一圈，然後裝滿沙子或米的碗用布蒙住，倒置在患者頭頂，令患者將一根筷子橫咬在嘴裏，醫生用另一根筷子敲打所咬筷子露出的兩端，作為預備性（或診斷性）治療，然後用小錘隔著布帶在患者腦後枕部震敲3～9次即可。
3正骨療法
正骨術是曆代正骨醫學家們所積累的具有民族特色的治療各類骨折與關節脫位、軟組織損傷等一係列病症的療法。在《蒙古秘史》等文獻中，有很多用燒灼療法來治療流血不止的傷口；用蒸氣罨的活血方法治療內傷；用牛羊草結的退燒療法、熱罨療法；用駝鮮血治療箭傷等。
4放血療法
放血療法是在一定的部位，將淺部脈道（靜脈）切開或穿破，進行放血，借以引出病血，達到治療和預防疾病的目的。但是，體質虛弱、孕婦、產後、浮腫、胃火衰敗等寒性疾病患者忌用放血療法；兒童和老年人，用瀉下法、催吐法、鼻藥及灌腸法施治之後，亦禁用放血療法。
瑤山裏的神奇瑤醫
瑤醫瑤藥是中華民族醫藥的一個重要組成部分，不僅具有鮮明的民族特色，在診療方麵所用的方法和技巧也是多種多樣的。
古往今來，瑤醫一直以盈虧平衡理論作為臨床實踐的指導。他們認為，人體內髒之間、人體內髒與外界環境之間，既對立又統一，從而維持相對盈虧平衡和正常的生理活動。根據這一理論，瑤醫將常規治療泌尿係結石的破石軟堅、清熱利尿為主改為補腎壯陽為主的治療方法，往往效果更為理想；秋季天氣久旱無雨，易引起老年人呼吸道疾病，瑤醫常用羅漢果燉豬肺等潤肺方法來預防及治療。
瑤醫還認為，人體患病與自然界環境的影響、飲食不調、意外創傷、勞累過度、房事不節、先天稟賦異常等因素有很密切的關係。若氣候發生了異常變化或環境衛生不良，而人又不知道趨避或改善環境，就會導致疾病發生，如春秋兩季氣候反常時，人就容易患脘腹劇痛、欲吐不吐，甚至昏迷的“螞蟥痧”等。若飲食不節製，或過食生冷，或食入不清潔食物，都會使人生病。夫妻同房是生兒育女、繁衍後代的一件生活大事，但房事應該有所節製，否則會引起疾病，如男子色欲過度，則會導致不思飲食、骨幹肉瘦的“色癆”等。此外，由於先天稟賦不同，人的身體素質有所差異，不同體質的人易患不同的疾病。
在數百年良好生活習俗傳承的基礎上，瑤醫形成了的特色藥浴，具有防病祛病，強身健體的功效。藥浴所用的草藥來自瑤族人民居住的大瑤山，不同草藥，不同搭配，亦有不同療效。
1益母草、野艾、絡石藤、血防藤、水蠟燭等，可用於產婦強身、健體的藥用植物。
2紅牛膝、健骨風、鉤藤、伸筋草、向日葵、瑤婆風、鬆筋藤、石薑、鑽骨風、見風消、半楓荷、楓球子、香藤、鞋底風、華澤蘭等，具有舒筋活絡、祛風除濕、活血止痛、消除疲勞、強身健體等功效，可用於治療風濕、類風濕性關節炎。