牙石是黏附於牙齒或義齒表麵的鈣化團塊。它是由菌斑逐漸礦化形成的。根據附著的部位不同，可以分為齦上牙石和齦下牙石。齦上牙石位於齦緣的牙冠一方，在牙麵上可以直接看到，通常為黃白色，但它容易被煙草（吸煙）、飲料、食物、藥物染色而變為黃褐色，它有一定的硬度，形成較快，也容易被器械從牙麵上去除。口腔衛生不良者牙石較多。齦下牙石位於齦緣下的齦溝或牙周袋內，肉眼不能直接看到，必須使用口腔檢查用的探針深入齦緣下，才能確定其位置和大小。齦下牙石質地堅硬致密，牢固地附著於牙麵，較難去除。由於齦溝和牙周袋內常有血漬滲出，齦下牙石顏色多為棕色或黑色，它形成的速度較慢。
牙石是菌斑逐漸礦化的結果。由於礦鹽的沉積，柔軟的菌斑逐漸變硬。菌斑形成4～8小時，礦化即已開始，到12小時時菌斑已礦化60%～90%，在菌斑礦化的表麵又逐漸形成新的菌斑，新的礦化再度開始，如此一來，菌斑的形成與礦化持續不斷進行下去，牙石的體積就不斷增加。不過，由於唾液的衝洗，咀嚼活動及各種因素的影響，牙石的體積不會無限製的增大。
牙石的表麵總是覆蓋著一層菌斑，故很難將牙石與菌斑在引起炎症方麵的作用區分開來。齦上牙石的直接機械刺激作用可能造成齦炎，但牙石的表麵總是覆蓋著菌斑，菌斑也會使牙齦發生炎症，並使炎症持續加重。由於牙麵是菌斑停留的最好部位，故要去除菌斑，必須去除牙石。齦下牙石是牙周袋內的產物，它繼發於牙周袋形成之後，同時也是牙周袋持續存在的原因之一。齦下牙石的機械刺激會使牙周袋內壁發生潰瘍，並使其不易愈合，使牙齦出血和牙周感染加重。
無論是齦上牙石還是齦下牙石，它們都是牙周病持續和發展的重要原因。由此可見，在牙周病的治療中去除牙石是多麼重要。
軟垢又稱為白色軟垢，是附著於牙麵的柔軟垢狀物，其顏色為黃白或灰白，黏著力弱，易被去除，用水流衝洗或用力漱口即可去除。對於軟垢，過去人們認為是食物殘屑堆積所致，但近來研究發現在清洗過的牙齒上，數小時後即出現軟垢，而在此期間受試者並未進食任何食物。對軟垢進行的係列研究表明，這是一種無結構的疏鬆混合物，其組成與菌斑相似，但不同於食物殘屑，不具有菌斑的構造，細菌雜亂生長在其中，軟垢中還混有脫落的上皮細胞、紅細胞、白細胞、唾液蛋白和脂類物質，而食物殘屑非常少。
軟垢中有大量的細菌生長以及脫落壞死細胞所形成的有害物質，它長期停留於牙頸部，對牙周組織的健康是不利的。