但是，當時已成為瑞典國王的阿爾布萊希特三世堅持不放棄統治權，這對祖姨母與姨外孫之間隻得兵戎相見。瑪格麗特用了7年的時間爭奪斯德哥爾摩，最終於1395年打敗並活捉了阿爾布萊希特三世和他的兒子。
後來，她又以釋放阿爾布萊希特三世父子作為條件，換得了對瑞典的統治權，瑪格麗特又被擁戴為瑞典國王。至此，丹、挪、瑞三國聯盟事實上已經形成，瑪格麗特成了三國的女王。為使三國聯盟永遠保持下去，瑪格麗特開始考慮她的繼承人間題。瑪格麗特認為，在她的家族中能夠繼承王位的人是她姐姐英厄堡的外孫(即英厄堡的女兒所生的兒子)。他出生在波美拉尼亞山，父親是波美拉尼亞公爵。瑪格麗特便將他收養過來，並把他原有的斯拉夫名字改掉，稱他為艾立克。瑪格麗特潛心培養艾立克，並努力說服丹、挪、瑞三國的國務委員會推選艾立克為她的繼承人，她帶著艾立克一道巡遊斯堪的納維亞三國，並宣布他為王。
1397年，丹麥、挪威、瑞典三國代表在瑞典東南部的沿海城市卡爾馬聚會，正式建立“卡爾馬聯盟”，三國代表宣布效忠於瑪格麗特，擁立年僅16歲的艾立克為三國聯盟的君主，並為他加冕。瑪格麗特則仍退居攝政地位，直到1412年去世。
瑪格麗特一手創立的“卡爾馬聯盟”從1397年起一直持續到1523年，曆時126年。而她所建立的丹、挪聯盟從1380年她的丈夫哈康國王去世時起，一直維持到1814年被英國分裂為止，曆時434年，將近4個半世紀。
由此可見，瑪格麗特女王是丹麥曆史上一位傑出的君主。
1412年，她為了實現其最後願望-收回被當時的普魯士占領的日德蘭南部地區-而乘船南下，試圖再次施展她的外交手腕，收複這塊失地。但是，當她乘坐的船隻到達弗蘭斯堡海灣時，她感染上了鼠疫(即“黑死病”)。不久，她就死在船上。她的遺體由繼承人艾立克國王移葬在羅斯基勒市的大教堂裏，與其他國王的靈柩放在一起。
瑪格麗特用的是特製的石棺。石棺上雕刻著躺著的她的全身石像，至今供人贍仰。
瑪格麗特真正當女王的時間僅僅10年(1387～1397年)，而更多的時間是處於攝政地位。而且，她雖掌握實際統治權，但從未正式舉行過加冕儀式，故人們又稱她為“無冕女王”。在瑪格麗特女王之前，大部分丹麥國王都有一個綽號，如“老王”高姆、“藍牙王”哈拉爾、“八字胡子王”斯汶、“善良王”馬格努斯，簡直不勝枚舉。這些綽號都是國王的性格和特點的補充，多為褒義。
但是，人們未給瑪格麗特女王起綽號，也許因為她是丹麥曆史上第一位女王，不宜有綽號；也許出自對她特別尊重，而未起綽號，究竟是什麼原因，不得而知。在丹麥曆史中，對她的事跡記載不多。她被稱為斯堪的納維亞曆史中卓越的、謎一樣的人物，以“瑪格麗特女王”的名字載入丹麥史冊，史稱“瑪格麗特一世女王”。
知識小百科
國王綽號
瑪格麗特的父親瓦爾德馬四世是最後一位有綽號的國王，他的綽號是“阿道戴”，意思是“又是這種日子”。對於這個綽號有兩種截然相反的解釋：一種認為國王是個嚴格強悍、冷酷無情的人，為了達到目的，他可以不擇手段。在他統治期間，日子與過去沒有兩樣：戰爭連年，稅收苛重，國運不臻，民生多艱，因而他在丹麥沒有受到愛戴，有人甚至把他稱為“惡人”。