朱聿鍵隨後前往廣東惠州自己的封地，然而，朱聿鍵還在半路上的時候，就聽說了金兵攻破了南京，弘光遇難的消息，而此時，朱聿鍵還隻是行到福建的汀州府。
南京覆滅的消息傳開後，鄭芝龍和福建汀州知府黃道周商議擁立朱聿鍵為監國，率領福建、江西和兩廣人民抗擊金兵。
弘光元年六月二十八日，朱聿鍵在鄭芝龍和黃道周等人的擁立下在福州稱監國，改國號為隆武，主持南明政局。
應該說朱聿鍵還是一個比較不錯的皇帝，他是大明疏藩，加上早年經曆比較奇特，生活清苦，深知下層百姓的疾苦。登基即位後，隨即推行仁政，整頓吏治，嚴懲貪腐。
朱聿鍵針對萬曆以來黨爭給國事帶來的危害，提出了消除黨爭，“用舍公明”的方針。
針對目前複雜的局勢，朱聿鍵一改以往崇禎朝廷和弘光朝廷以平寇為主的朝綱，主張團結各部勢力，一致對抗金兵南侵。
為此，朱聿鍵積極派人聯絡王自用、張獻忠，準備招安王自用等部農民軍。
然而，朱聿鍵作為一個不受待見的大明疏藩繼位稱帝，而且還是流亡的藩王，既缺乏自己的班底，又沒有足夠的名分，這一先天弱點使他不能不依賴倡先擁立的福建實權人物鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟。
即位後就以擁戴功加封鄭芝龍為平虜侯，鄭鴻逵為定虜侯、鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。
此外為了收攬人心，任命黃道周、蔣德璟、蘇觀生、何吾騶、黃鳴俊、陳子壯、林欲楫、曾櫻、朱繼祚、傅冠等二十餘人為大學士，入閣人數之多，在明代曆史上從未有過。
缺乏自己本身嫡係力量的朱聿鍵在軍事上隻能依賴鄭芝龍鄭家兄弟，而在政治上為了收攬人心大量封官許願，雖然在一定程度上呈現了隆武朝廷的興盛，但卻也注定了朱聿鍵不能成為一個強勢的君王。
由於在軍事上依賴鄭家，在政治上依賴群臣，導致朱聿鍵基本上成了一個差不多被架空的皇帝，他的許多主張都得不到有效實行，下麵的大臣經常出現陽奉陰違的情形。有些時候甚至在朝堂上和朱聿鍵爭得麵紅耳赤，為了不失去群臣的支持，朱聿鍵往往也隻能妥協。
於是，招安王自用和張獻忠的事情因為遭到大臣的反對而被無限期擱淺。
鳳陽巡撫兼南京戶部尚書馬士英在鳳陽兵敗後逃到廬州，後又逃到杭州、紹興一帶，繼續組織兵力抗金。馬士英得知朱聿鍵在福州稱帝後，曾派人來表達願意奉朱聿鍵為尊，請求朝見朱聿鍵。
朱聿鍵聞訊心裏高興，打算接納馬士英部，以增強抗金力量。然而，朝廷上許多文臣都表示強烈反對，禮部尚書黃錦、太常寺卿曹學佺等上疏力爭。朱聿鍵隻好下詔定士英為“罪輔”、“逆輔”，讓他在江浙“圖功自贖”。
朱聿鍵連近在身邊的江浙一帶的勢力都沒能掌控好，對於遠在湖廣和河南的墨家軍自然更加沒有什麼約束力，隻是為了拉攏墨離，朱聿鍵加封墨離為定國公，盼他用心為大明恢複故土，驅除韃虜......