4、缺乏完整、統一的評價指標
目前許多行政事業單位在財政支出的績效評價工作中側重於加強對財政資金使用項目的支出行為的審核，檢查其是否符合相關的政策以及法律規定，財政資金的使用是否具有合法性，缺乏對財政資金使用的綜合績效評價，沒有對財政支出資金的經濟性、有效性以及效率性進行評價，忽視了事業單位財政資金使用的內外因素的綜合評價與分析，造成事業單位財政支出績效評價工作的評價標準不夠完整和全麵。另外，我國事業單位在設計績效評價的指標體係時沒有考慮不同事業單位財政支出項目的性質、目的等不同，造成事業單位績效評價體係缺乏一定的適應性，事業單位的財政支出績效評價體係的構建沒有充分結合事業單位具體財政資金使用情況，無法做到財政支出績效評價客觀、公正。
5、評價結果難以及時反饋
開展事業單位財政支出績效評價的目的是為了進一步改善事業單位財政支出的合理性和科學性，促進財政資金使用效率的提高，防止財政資金使用不當，防止貪汙腐敗和違法亂紀行為的發生。但是，事業單位的績效評價工作流於形式，沒有充分地運用績效評價結果，造成事業單位財政支出績效評價的目的性不強。事業單位對開展財政支出績效評價缺乏充分的認識，對財政資金支出的效果、存在的問題以及權利與責任缺乏足夠的重視，極大地影響到了評價結果的權威性，造成財政支出績效難以進一步糾正和改進，給事業單位今後的財政支出工作造成了長期的不利影響。
二、建立事業單位財政支出績效評價指標體係
為了進一步完善事業單位財政支出的績效評價體係，必須重視和加強事業單位績效評價指標體係的建立。事業單位應該建立財政支出績效評價的指標體係，從不同的維度和層麵加強對事業單位的財政資金使用效果的績效評價。一般而言，事業單位的財政支出指標體係可以從資金管理績效指標、公共性指標、經濟性指標以及財務效益指標等四個維度進行構建。
1、資金管理績效指標
資金管理指標是對事業單位財政資金使用的有效性和規範性進行評價，分析事業單位財政資金的撥付到位情況，財政資金使用結果與預算資金的差額情況，是否存在透支和財務違規等情況。
2、公共性指標
事業單位財政資金使用的公共性指標指的是財政資金的使用是否有助於改善公共服務，實現公共管理效益的提升。公共性指標主要分析財政資金使用的社會效益、可持續發展效果、環境效益、縮小社會差距、增加就業等方麵，關注文化、生態、教育、社會公平、正義、治安等。公共性指標反映的是財政資金的公共服務和公共管理目標。
3、經濟性指標
事業單位財政支出的經濟性指標主要是對財政資金的投入產出效益、持續經濟效益、間接經濟效益、直接經濟效益等方麵進行評價。其主要體現的是財政資金使用對促進國民經濟發展、提高公共管理效益等方麵的作用。
4、財務效益指標
事業單位財政支出績效評價的財務效益指標主要從財務淨現值率、現金淨流量、財務內部收益率以及實際財務內部收益率等方麵進行評價。財務效益指標反映的是財政資金在撥付、管理和使用過程中，能否得以運營增效，能否提升財務效益，最大限度地提升事業單位財政資金的使用效益。