它的影響大到值得我們另起一章來說明。牛頓力學都沒這待遇呢！
第一個影響，是嚴重打擊了基督教的威信。可以說在所有的科學發現裏，基督教最討厭的就是進化論了。
牛頓力學都沒那麼討厭，《聖經》裏又沒講自由落體的事兒。日心說也算了，雖然和《聖經》有抵觸，但是《聖經》裏提到地心說的話很少，而且可以有一些變通的解釋。唯獨進化論，《聖經》裏可是用了很大篇幅去寫上帝怎麼創造萬物的，寫洪水來時諾亞方舟是怎麼回事，更關鍵的是上帝造亞當夏娃的故事，並由此引出了人類靈魂較之於其他動物的高貴性，以及人類原罪所在。
可假如人類和各種生物都是一點點進化來的，這些說法不就都不成立了嗎？
所以直到今天，進化論一直都受到部分基督教信徒的抨擊。在基督教勢力很強的美國，據說有的州的課本裏不能講進化論，或者必須和神創論放在同等地位上來講。美國辛辛那提州還有一個由基督教信徒開設的神創論博物館，用大量模型和文字來論證進化論是錯誤的。
在基督教和進化論的對抗中，有一些有趣的言論。比如有神創論者認為，之所以不同的地質層中會出現複雜程度不同的化石，是因為每一個地質年代都有一次類似諾亞方舟時代的大洪水讓所有的生物滅絕，隨後都伴隨著一次類似《聖經》描述的上帝造物的過程。還有人解釋說，化石是上帝最初創造生物時的試驗模型，或者幹脆說進化論是上帝是為了考驗信徒而創造的。
為了避免誤會，還必須說明的是，並不是所有的基督徒都反對進化論。首先基督教的教派很多，基督徒不一定就是神創論者。其次，《聖經》中和進化論矛盾的地方也可以進行適當的解釋。比如說上帝創造了最初的生命，然後讓生物自己進化，或者上帝是通過進化論來創造萬物的，或者說《聖經》的很多文字僅僅是比喻，不能從字麵上解釋。
一個比較常見的基督教解釋是，生物的確是按照進化論的模式進化的，但是在人猿已經進化到比較成熟的一刻，是上帝將人類的靈魂注入到人猿的軀體中，由此產生了人類。
進化論的第二個影響，是進一步消除了人類的神聖性。
在古代，人類以為地球是宇宙的中心，日心說打破了這個美夢，告訴我們人類不過生活在廣大銀河係一隅中微不足道的星係裏一個微不足道的小星球上，沒有任何特殊的地位。
人類原本還以為自己是萬物之首，和其他動物相比有著截然不同的高級地位，所以在基督教裏，隻有人類才有靈魂。
然而進化論把這種自滿也給消滅了。人類隻不過是為了生存，在進化論規律下隨機突變出的一種生物而已。在我們的課本上，常常在進化論的圖示中把人類畫在進化的頂端，就好像人類比一切動物都高級，進化論就是朝著進化出高等智慧的方向前進一樣。但我們前麵說過，進化論沒有所謂“從低級進化到高級”的趨勢。從進化的時間表上來說，人類並不是最後進化出的物種，瞧不出比其他動物優越在哪來。
古典哲學中也常有一種人類中心主義。比如黑格爾的絕對精神，是把世界人格化，認為世界有類似於人類的精神需要。叔本華的生命意誌也是把人和生物的求生欲望放到萬事萬物中。如果意識到人本身沒什麼特殊的，這些觀點就都有問題了。
去神聖化還導致了第三個影響。
進化論的第三個影響，是解釋了一些過去被認為神聖、神秘的人類天性。
比如很多哲學家、思想家都認為藝術具有一種高貴的、超越塵世的品質。但根據進化論的解釋，一些藝術品的價值就沒那麼神秘了。
比如古希臘和文藝複興時期的藝術家都喜歡通過雕塑和繪畫來展現優美的人體。根據進化論的解釋，為什麼我們看到某個人體的時候會感到愉悅？那是因為這些人體代表了他（她）擁有更健康的基因、有著更強的生存和生殖能力。古典藝術中的人體，特征都是身體勻稱、皮膚光滑、第二性征突出，完全符合基因在進化中的選擇。我們在欣賞這些作品的時候，固然沒有直接產生性欲，但是其美的根源卻是生存和生殖。我們難以想象，僅僅從人體美這個角度來說（而不是社會價值，比如羅中立的《父親》），古典藝術家會認為一個帶著疾病的、過胖或者過瘦的、年老的身體會有什麼美感。我們也沒法想象，一個不帶人類特征的外星人形象會有什麼美感。