公共衛生事件類應急預案包括《國家突發公共衛生事件應急預案》、《國家突發公共事件醫療衛生救援應急預案》、《國家重大食品安全事故應急預案》、《國家突發重大動物疫情應急預案》。預案的主體框架基本相同，主要包括總則、應急組織體係及職責、預警與報告、應急響應和終止、救援的保障、善後處理和附則。
（1）總則
包括編製目的和依據、適用範圍、工作原則和事件分級。各個預案的事故分級主要參照《國家突發公共事件醫療衛生救援應急預案》內的相關內容，分為特別重大（I級）、重大（II級）、較大（III級）和一般（IV級）四級。特別重大事件（I級）主要指在一次事件出現特別重大人員傷亡事件、發生地省級人民政府或有關部門請求國家在醫療衛生救援工作上給予支持的突發公共事件或跨省（區、市）的有特別嚴重人員傷亡的突發公共事件或者國務院及其有關部門確定的其他需要開展醫療衛生救援工作的特別重大突發公共事件。此外，突發公共衛生事件預案內將一些烈性傳染病流行以及群體性不明原因疾病的暴發也包括在I級事件中，比如肺鼠疫、肺炭疽在大、中城市發生並有擴散趨勢，或肺鼠疫、肺炭疽疫情波及2個以上省份或發生傳染性“非典”型肺炎、人感染高致病性禽流感病例並有進一步擴散趨勢等。重大事件（II級）指一次事件死亡和危重病例超過5例的突發公共事件或跨市（地）的有嚴重人員傷亡的突發公共事件或省級人民政府及其有關部門確定的其他需要開展醫療衛生救援工作的重大突發公共事件。較大事件（III級）指一次事件死亡和危重病例3～5例的突發公共事件或市（地）級人民政府及其有關部門確定的其他需要開展醫療衛生救援工作的較大突發公共事件。一般事件（IV級）指一次事件死亡和危重病例1～3例的突發公共事件或縣級人民政府及其有關部門確定的其他需要開展醫療衛生救援工作的一般突發公共事件。
（2）應急響應組織體係及職責
一般根據事件等級不同，應急響應級別和組織體係的設置層次也不同。I級響應：發生I級事件主要由國務院領導國家衛生部組織實施、協調、部署救援工作，事件發生地的省（區、市）人民政府衛生行政部門在國務院衛生行政部門的指揮下，結合本行政區域的實際情況，組織、協調開展突發公共事件的醫療衛生救援；II級響應：II級事件的應急響應主要由省人民政府和衛生行政部門組織實施；III級響應：II級事件的應急響應主要由市（地）級人民政府和衛生行政部門組織實施州級響應：IV級事件的應急響應主要由縣級人民政府和衛生行政部門組織實施。
各級人民政府對應急響應主要采取行政手段進行組織和領導工作，包括組織協調有關部門參與突發公共衛生事件的處理；調集本行政區域內各類人員、物資、交通工具和相關設施、設備參加應急處理工作；劃定控製區域和重大疫情封鎖區域；采取相應的疫情控製措施；管理流動人口；實施交通衛生檢疫；信息發布；開展群防群治；維護社會穩定等。衛生行政部門主要在技術層麵開展應急預案的具體實施工作，包括組織醫療機構、疾病預防控製機構和衛生監督機構開展調查與處理；組織專家谘詢委員會對事件進行評估，提出需啟動應急處理的級別；采取應急控製措施；督導檢查；發布信息與通報；製訂技術標準和規範；普及衛生知識；進行事件評估。各級醫療衛生的專業機構主要在衛生行政部門的組織領導下開展醫療救治、疾病防控、衛生監督、檢驗檢疫、科研攻關等技術工作。
（3）預警與報告
按照突發事件的嚴重性、緊急程度和可能波及的範圍將預警分為四級，級別由低到高，依次為藍色、黃色、橙色和紅色預警。根據事態的發展情況和采取措施的效果，預警顏色可以升級、降級或解除。藍色預警由縣級人民政府負責發布，黃色預警由市（地）級人民政府負責發布，橙色預警由省級人民政府負責發布，紅色預警由事件發生地省級人民政府根據國務院授權負責發布。
不同的突發衛生事件報告的要求和時限也不同，一般地方政府和相應部門在接到事故報告後應當在2小時內向省（區、市）人民政府報告；相關部門、事故發生地的省（區、市）人民政府在接到重大食品安全事故報告後，應當在1小時內向國務院報告。
（4）應急響應的終止
突發公共衛生事件應急反應的終止需符合以下條件：突發公共衛生事件的隱患或相關危險因素消除，或末例傳染病病例發生後經過最長潛伏期無新的病例出現。
特別重大突發公共衛生事件由國務院衛生行政部門組織有關專家進行分析論證，提出終止應急反應的建議，報國務院或全國突發公共衛生事件應急指揮部批準後實施。