（2）生態係統具有等級組織結構。每一個規劃區都包含在一個更大的生態係統中，同時它又包含有更小的生態係統。所以在生態係統管理中應該充分考慮不同水平生態係統間的相互關係，充分考慮上、下級生態係統可能代表著生活在該區居民的不同利益目標，充分考慮超越行政的、地理的邊界線的情況，以及上述問題對規劃、決策過程產生的影響，從而對現實作出正確決策，對未來作出科學預測。
（3）生態係統是複雜的。生態係統中的生命組分和非生命組分是相互聯係、相互依賴的。這就要求在規劃時要充分考慮正負效益對生態係統間相互作用關係的影響。
（4）生態係統是動態的。生態係統的結構和功能隨著時間的推移而發生變化，因此，無論是決策或者預測，都必須考慮對生態係統結構和功能產生的長期、短期影響。
（5）生態係統執行著重要的生命支持功能，所以在生態係統管理中應充分考慮人類活動是如何影響生態係統中維持所有生命支持功能的生物過程、化學過程和物理過程等問題。
三、綜合生態係統管理的概念
綜合生態係統管理的概念，對於我們來講，是舶來品。其英文為Intergrated Ecosystem Management，簡稱IEM。對於綜合生態係統管理的概念，有的學者認為，“生態係統管理涉及生態係統內部的結構和功能，再加輸入與輸出所進行的調控，以達到社會的理想狀態”。有的學者則認為：“作為一種自然資源管理方法，生態係統管理致力於保持和恢複生態係統的可持續性，使之以一種與生態係統可持續能力相協調的方式，使當代和後代人連續不斷地受益。”還有人認為綜合生態係統管理是一種比較新的資源管理理念和方法，但也有人認為它是一個既古老又有新意的概念。如美國耶魯大學林學院森林生態係統生態學教授卡瑞斯蒂娜·威格博士認為：生態係統管理是一種很古老的職業，從人類對其周圍環境開始施加影響以來，就一直在從事生態係統管理，他們蓄意按照自己的願望去幹擾和改變動植物群落的結構，使之服務於他們的利益。有時他們做得對，有時做得欠妥。所以，生態係統管理的原則牢固地紮根於人類的文明和世世代代的人民中。因此，從這個角度上講，幾乎從人類曆史一開始，人類就一直是生態係統的管理者。
綜合生態係統管理這一概念由“生態係統”、“管理”和“綜合”三個詞組成。生態係統首先是指生物與其環境的相互作用，當加上“管理”和“綜合”這兩個詞時，它就包括社會和經濟等方麵。三個詞合而為一，則涉及經濟、社會、自然（包括環境、資源、生物）之間非常複雜的相互作用和關係。
目前國際環境資源法以及有關國際項目上的綜合生態係統管理，大都與聯合國《生物多樣性公約》的相關規定有關。一般認為，《生物多樣性公約》雖然沒有對綜合生態係統管理下明確的定義，但如下規定卻與綜合生態係統具有密切的聯係：“‘生物多樣性’是指所有來源的形形色色生物體，這些來源除其他外包括陸地、海洋和其他水生生態係統及其所構成的生態綜合體；這包括物種內部、物種之間和生態係統的多樣性。”在《聯合國防治荒漠化公約》第2條即“實現這項目標將包括一項長期的綜合戰略，同時在受影響地區重點提高土地生產力，恢複、保護並以可持續的方式管理土地和水資源，從而改善特別是社區一級的生活條件”中，所謂“長期的綜合戰略”和“可持續的方式”，實際上是指綜合生態係統管理方式。在該公約附件中的不少規定，也與綜合生態係統管理密切相關，例如《附件一：非洲地區執行附件》第6條關於“確保綜合和可持續自然資源管理，包括：農業土地和牧場；植被覆蓋和野生動物；森林；水資源；生物多樣化”的規定；《附件二：亞洲區域執行附件》第4條關於“促進綜合管理流域、保護土壤資源、改善並有效利用水資源”的規定；《附件三： 拉丁美洲和加勒式區域執行附件》第3條關於“自然資源的可持續管理，特別是河流流域的合理管理”和“可持續利用生物多樣性”的規定。1992年6月聯合國環境與發展會議通過的《關於所有類型森林的管理、保存和可持續開發的無法律約束力的全球協商一致意見權威性原則聲明》（即《關於森林問題的原則聲明》）強調，“森林資源和森林土地應以可持續的方式管理，以滿足這一代人和子孫後代在社會、經濟、文化和精神方麵的需要”，“環境保護和社會與經濟發展中所有與森林和林區有關的方麵均應加以一體化和全麵化，國家政策和方案應考慮到森林的保存、管理和可持續開發與生產、消費、再循環和森林產品所最終處置有關的一切方麵之間的關係”。這也與綜合生態係統管理具有密切的聯係。