實施指南：
（1）所有利益相關者（有關當事人，包括原住居民和當地社區）都要參與；
（2）有必要將邊界清楚的管轄區域（時間邊界和空間邊界）作為社會選擇的客體對象；
（3）對於那些不能直接代表自己利益的利益相關者（比如子孫後代和自然界），必須確保他們由他人充分代表；
（4）確保所有的利益相關者有平等的有效參與的能力，包括確保他們平等地獲得信息及參與決策過程的能力；
（5）確保決策過程對社會中存在的力量之間的不平等作出補償，以確保那些通常被邊緣化的群體（比如婦女、窮人）在參與中不會遭受排斥或壓製；
（6）確定每個決策的決策者、該決策如何被采納（將使用怎樣的程序）、決策者進行自由裁量的限度（例如法律中規定的決策標準、決策必須遵循的總的政策方針等）；
（7）確保對利益相關者利益的認可貫穿於決策過程的全部時間範圍和空間範圍，但在此過程中必須注意，需將已知的利益相關者觀點納入到未來決策中並允許利益相關者高效地貢獻於決策過程，以避免造成“利益相關者疲倦”；
（8）如果可能，利用現有的社會機製或建立與現存的或預期的社會條件相兼容的新機製；
（9）確保決策者對相應的利益群體具有公信力；
（10）建設促成利益相關者之間談判和討價還價、處理利益相關者衝突的能力，從而達成管理、利用和保護生物資源的決議；
（11）設立相關機製，以確保一旦社會選擇被作出，決策將得到長期實施（需製定政策、進行立法以及設立管理機構）。
實施工具（方法）和資源：
可持續生計方式；
由雙邊合作支持的地方發展方式；
各種各樣的團體參與機製；
參與式農村評估；
後果描述方法；
涉及利益相關者的多標準分析；
衝突處理方法；
地理信息係統工具以及其他成像方法使人們看清所處的生態係統；
社區測繪；
戰略環境分析，包括利益相關者分析；
交流戰略、交流計劃和交流工具；
教育社區居民如何理解他們所追求的根本目標與生態係統管理之間的關係；
對研究及監測結果的反饋和確認係統；
民主工具、完善的治理安排；
製度分析工具，商業係統理論，管理理論；
非政府組織、律師及其他代表特殊利益者（確保他們繼續代表不屬於他們自己的利益）；
異地利益和未來利益的政策定義，確保此兩種利益不被忽視。
原則之二：管理必須下放到最低的適當層級
本原則可理解為管理麵向基層原則，其理由是：
非集權的體製可能帶來更高的效率、更好的效果，並可能更加公平；
管理必須涉及所有的利益相關者，並平衡當地利益與更廣泛的公共利益；
管理行為越靠近生態係統，越會涉及責任問題、所有權問題、公信力問題以及對地方知識運用的問題。
理由說明：決策必須由能夠代表相關利益群體的人作出，而管理必須由有能力實施這些決策的人執行。在這一點上，必須認識到綜合生態係統管理通常涉及很多利益群體。他們彼此可能相容，互補或互相衝突。確保決策層次和管理方式的選擇能夠恰當地平衡這些群體間的利益至關重要。通常情況下，但並非所有情況下，決策製定行為與管理行為越靠近生態係統，產生的參與性問題、責任問題、所有權問題、公信力問題以及對地方知識的運用將越多，而這對管理的成功與否至關重要。由於具備不同生態係統管理能力的人針對生態係統管理的不同方麵具有不同層次的利益需求，因此對於任一地點或任一資源，常常會有多個不同角色的決策者和管理者。地方資源管理者所做的決定通常受製於、甚至服從於超出其控製範圍之外的上層機構的環境、社會、經濟以及政治方麵的程序，因此需要協調不同層級的決策和管理行為。
案例分析：墨西哥有機咖啡生產——“小農場主需要持續支持以成功的建立其機會”