如何實施綜合生態係統管理，國際《生物多樣性公約》締約方大會提出了12項原則，即：1. 確定土地、水及其他生命資源管理目標是一種社會選擇；2. 管理必須下放到最低的適當層級；3. 生物係統管理者應考慮其活動對鄰接的和其他的生態係統的影響；4. 要從經濟學的角度來理解和管理生態係統；5. 保護生態係統結構和功能應成為生態係統方式的一個優先管理目標；6. 生態係統的管理必須以其自然功能為界限；7. 必須在適當的時空範圍實行綜合生態係統管理；8. 根據生態係統時限的變化性和效應的滯後性特點，製定生態係統管理的長遠目標；9. 管理必須承認對生態係統的改變是不可避免的；10. 生態係統方式應尋求生物多樣性保護與利用間的適當平衡與統一；11. 生態係統方式應該考慮各種信息，包括科學知識、土著民和當地人的知識和習慣；12. 生態係統方式要求所有相關的社會部門和科學部門參與。這12項原則不僅是深奧的理論，更是指導實施綜合生態係統管理的行動指南。
第一節 綜合生態管理12項原則
《生物多樣性公約》是一項保護地球生物多樣性的國際性公約，其宗旨是保護瀕臨滅絕的植物和動物，最大限度地保護地球上的多種多樣的生物資源，以造福於當代和子孫後代。2000年《生物多樣性公約》締約方大會第五次會議，提出了有關綜合生態係統管理的12項原則。2004年，在《生物多樣性公約》締約方第七次會議上正式通過了這12項原則。
原則之一：確定土地、水及其他生命資源管理目標屬於一種社會選擇
本原則可理解為目標著眼社會原則，其理由是：
不同社會部門對生態係統的看法都是處於其自身經濟、文化和社會的需要；
原住居民和當地社區是非常重要的利益相關者，他們的權利和利益必須得到認可；
文化和生物多樣性是生態係統方式的核心構成要素，因而應當納入生態係統管理的範疇，對社會選擇的表述應該盡可能清晰；
生態係統的管理應在公平合理的基礎上進行，為人類的生產和生存提供有形或無形的惠益服務。
理由說明：土地、水及其他生命資源管理的目標是通過社會選擇確立的，在具有不同視角、利益和意圖的利益相關者的談判和討價還價中被決定。在這一點上我們必須認識到：
（1）人類社會中不同群體與自然界之間關係的種類和方式是多種多樣的，每個群體對其周圍世界的看法各不相同，同時都強調自身的經濟、文化及社會利益和需要。
（2）社會各有關部門的利益需要得到平等對待，需為他們的不同利益提供因地製宜的或因時製宜的生態環境保護。
（3）要確保子孫後代以及自然界的需要由他人充分代表。
（4）基於這一多樣性，在設定特定區域及區域內生命屬性資源管理目標時，為各方提供談判和討價還價的機會，對於共同目標的設定至關重要。
（5）完善的決策過程應包含以下特點：所有的利益方（特別是原住居民和當地社區）都被納入這一決策過程；必須清楚決策是如何作出的、決策者是誰；決策者必須對相應的利益群體具有可訴責性；決策的依據必須適當和透明；決策應以跨部門的交流與合作為基礎，並推動跨部門的交流與合作；相關各方能夠獲得準確和及時的消息並能夠加以運用，是製定出合理的決策的前提所在。
案例分析：讚比西河流域——為達成共識所進行的對話
讚比西河流域環繞南非開發區1.3平方公裏，形成一張密集的由河流支流網以及八個相關國家的相連濕地（安哥拉、納米比亞、博茨瓦納、津巴布韋、讚比亞、馬拉維、坦桑尼亞、莫桑比克）構成的網。約2600萬居民的生活依賴於此流域，他們獲利於它的水資源、水電、灌溉、捕漁業以及相關自然資源的巨大財富，包括牧地、野生動植物和旅遊業。然而在過去的四十年裏，讚比西河下遊社區和生態係統均被上遊大型水壩的管理所製約。由於莫桑比克是讚比西河流經的最後一個國家，因而受到最嚴重的影響。莫桑比克人不得不承受上遊管理帶來的後果。通過消除自然洪泛和增大讚比西河下遊枯水季節的流量，卡裏巴水壩（建成於1959年），尤其是卡利拉·巴薩水壩（建成於1974年）給成千上萬的依靠讚比西河漲落為生的莫桑比克村民帶來了巨大災難。雖然這些水壩為稅收作出了重要貢獻並支持了經濟發展，但是這些都以犧牲其他資源使用者的利益為代價，生計型的捕漁業、種植業和畜牧業都因年度性洪泛而崩潰。捕蝦業的收入每年下降1000萬~2000萬美元，而這一切發生於世界上最貧困的國家之一（其人均收入2000年僅為230美元）。改變洪泛格局影響了水、木材、建材以及藥用植物的可獲取量，並影響到公共健康和當地居民與河流間的文化關係。
1985年發起的《讚比西河行動計劃》，旨在推動對環境有利的水資源管理以及加強該流域的可持續發展。作為讚比西河行動計劃的後續，1991年起草了關於共享水係的《南非開發區（SADC）議定書》，並於1994年成立了“流域永久性水委員會”，南非開發區的許多國家都參加了該組織。與此相關的重要舉措還包括區域性立法項目、建立統一的水質和水量檢測係統、設定檢測標準、開展環境教育、製定包括更廣泛的利益相關者在內的水資源綜合管理計劃。莫桑比克舉辦了一係列研討會和參與性項目，使得當地的資源使用者的聲音和他們的需要能在綜合流域管理的目標製定中得到考慮。參與者已經達成共識，要建立讚比西河下遊水資源管理的生態可持續性框架以及提高成千上萬流域居民的生活水平。這種廣泛的對話已經促使各國產生了利用這個不可多得的時機，在各國國內以至南非開發區區域內，為讚比西河的未來而共同行動的政治意願和承諾。