1. 法規能力建設
為了加強流域水資源的統一管理，促進水資源的合理利用和有效保護，建立流域管理與區域管理相協調的機製，保障流域經濟社會的可持續發展，2007年7月27日，甘肅省十屆人大常委會第三十次會議通過了《甘肅省石羊河流域水資源管理條例》（以下簡稱《條例》）。這是甘肅省首次為一條河流的水資源管理單獨立法，標誌著該流域管理工作從此邁上了依法管理的新階段，必將推動流域治理工作的健康發展，促進流域水資源的統一調配和合理利用，有效遏製民勤綠洲生態的持續惡化。
《甘肅省石羊河流域水資源管理條例》綜合生態係統管理的能力主要體現在四個方麵：
一是進一步理順了流域水資源管理體製。《條例》第三條第二款規定：“流域水資源管理實行流域管理和行政區域管理相結合，行政區域管理服從流域管理的管理體製。”《中華人民共和國水法》規定了水資源管理實行流域管理和行政區域管理相結合的管理體製，《條例》在《中華人民共和國水法》這一規定的基礎上，做了進一步充實和完善，將“行政區域管理服從流域管理”的內容納入了管理體製之中，這是在水資源管理體製上的重大進步。
二是體現了水資源的統一管理。《條例》明確了甘肅省石羊河流域管理委員會和甘肅省水利廳石羊河流域管理局的職責，規定“省人民政府設立的石羊河流域管理委員會統一管理流域內的水資源工作”，“甘肅省水利廳石羊河流域管理局是管理委員會的辦事機構，負責流域水資源統一管理的具體工作”，並規定“流域內各級人民政府和流域管理機構應當依照各自職責，互相配合，共同做好流域水資源的管理和綜合治理工作”。這些規定都將為流域水資源的統一管理提供堅實的法製保障。
三是突出體現了流域水資源的保護和節約。水資源的保護和節約是《條例》規範的重要內容。對於水資源的保護，《條例》規定：“流域內各級人民政府應當嚴格執行《甘肅省祁連山國家級自然保護區管理條例》，加大退耕還林還草、圍欄封育、封山育林的力度，提高林草覆蓋率，減輕水土流失，增強山區水源涵養能力。流域水源涵養林區域內禁止亂砍、濫伐林木，嚴格限製探礦采礦、采藥和放牧。”圍繞水資源的節約，《條例》從工業、農業、居民生活等方麵對節水做了規範。工業節水方麵，《條例》規定：“流域內禁止建設高耗水、高汙染工業項目，已建的應當限期進行改造，采用新技術、新工藝，實施廢水淨化處理，建立循環用水係統，提高水的重複利用率。對排放廢水不達標的企業，由所在地縣級人民政府責令其停產、轉產或者關閉。”農業節水方麵，《條例》規定：“流域內各級人民政府應當鼓勵和引導農民轉變生產方式，采取調整種植結構，推廣種植低耗水農作物，合理控製養殖規模，推行舍飼圈養，因地製宜修整渠道、平田整地、實行小畦灌溉，推廣高新節水技術等措施發展高效節水型農業，提高農業用水效率。”居民生活節水方麵，《條例》規定：“流域內城鎮居民生活用水應當安裝符合標準的節水器具，實行一戶一表，分戶計量收費，禁止實行包費製。”
四是強化了流域地下水取水許可管理。針對流域內地下水超采嚴重的情況，《條例》從兩個方麵做了重點規範。第一，強化審批管理。《條例》規定：“流域內地下水取水許可，經取水口所在地縣（區）、市水行政主管部門逐級審核後，報流域管理機構審批。”第二，嚴格控製開采地下水。一是規定了必須製定流域地下水開采總量控製方案。二是要劃定地下水禁止開采區和限製開采區，在禁止開采區內除保留人畜飲水和生態用水機井外，其他機井應當有計劃地關閉；在限製開采區內禁止新打機井，嚴格控製舊井更新，逐步壓減開采量。確需更新的，應當報流域管理機構批準。並規定了在整個石羊河流域，舊井更新後，原井“鑿井取水的施工單位應當在每次作業前到所在地縣（區）水行政主管部門辦理相關手續，經流域管理機構登記後方可作業”。
2. 政策能力建設
調整優化產業結構特別是農業產業結構。流域水資源矛盾突出，除了水資源嚴重短缺這一客觀原因外，一個更重要的原因是經濟結構不合理，生產方式粗放造成水資源的大量浪費。石羊河流域用水80%以上為農業用水，要實現節水目標，除了實施節水項目，進行工程節水外，更關鍵的是要通過調整結構，建立與水資源相適應的經濟發展模式，從農業節水上下工夫，發展高效節水農業，搞設施農業。