紫羅蘭變紅的啟示
波義耳在自己的化學實驗研究中心，和助手們一起，攻克了當時化學界長期爭論的難關。他的科研熱情越來越高漲，靈感的火花不斷地迸發出來。
一天，一位園丁把一束紫羅蘭放在實驗桌上，波義耳無意中把一滴鹽酸滴在一朵紫色花瓣上，他馬上把花拿起來，放到水裏去衝洗。結果，奇怪的現象發生了：紫羅蘭花變成了紅色。
偶然的發現令波義耳感到十分驚奇，也引起了他的認真思考；要判別溶液是不是酸，隻要用紫羅蘭花瓣放進溶液試一試就清楚了。既然酸能使紫羅蘭改變顏色，那麼堿是不是也能使紫羅蘭改變顏色呢？經過一係列實驗，他終於發現堿也能使紫羅蘭改變顏色，變成藍色。
波義耳又想如果不是紫羅蘭，而是其他有色植物呢？有色植物遇到酸而不是堿會怎麼樣呢？波義耳決定對玫瑰、地衣、五倍子、樹皮、石蕊、薑紅等有色植物進行實驗。它們分別與酸、堿作用，有的在酸作用下改變顏色，有的在堿作用下改變顏色。有趣的是石蕊和地衣，酸能使它們變成紅色，堿能使它們變成藍色。波義耳從石蕊製取浸液，把紙片放進浸液中浸透，再晾幹。把這種紙片放進溶液裏，隻要紙片改變了顏色，就可以鑒別出溶液是酸性還是堿性。波義耳把這叫做酸堿指示劑。現在仍在廣泛使用的石蕊試紙，就是當年波義耳的發明。
波義耳在研究五倍子浸液時發現，這種溶液和鐵鹽在一起，就會形成一種黑色的溶液，這種溶液可以當墨水用。波義耳仔細研究和配製了墨水的原料配方，後來人們沿用這個配方，生產了高質量的墨水達一個世紀之久。
波義耳還發現硝酸銀溶液與鹽酸相遇，會產生白色沉澱（即氯化銀），波義耳稱為“月牙”。
碳酸鉀溶液（植物中的堿）與氯化汞的作用，產生黃色沉澱。銅鹽溶液加些氨水，藍色就會變深，如果蘸點銅鹽在火上燒，火焰就會變成綠色等等。
波義耳在實驗中發現了許多化學反應可以產生有顏色的物質，利用這些顏色的變化，可以檢驗更多的物質。波義耳使用了一種新的工作方法，即“分析法”，完成上述實驗。這種分析法實際上就是分析化學的雛形，它對分析化學的發展起到了推動作用。波義耳成為分析化學的奠基人。
平靜安寧的晚年
時光流逝，波義耳已進入晚年。在他年輕時身體就不太好，經常鬧點毛病，因此當他50多歲時，身體健康情況急劇下降，開始惡化，他不能在實驗室工作了，也不能參加研究活動了。
他不得不離開實驗室，搬到祖傳的莊園去生活。波義耳為了晚年的生活平靜、安寧，他毅然拒絕了擔任英國皇家學會主席的建議。
波義耳的晚年生活很自由。他有時去劍橋和牛津與老朋友見見麵，交談溝通，有時去倫敦和哲學家會麵。但他沒有完全休息，他的大部分時間用於著書立說，他把自己35年的研究工作加以闡述總結，寫了不少有價值的科學著作和論文。有些成果是在這位科學家逝世後才發表的。
1691年12月21日，波義耳因病逝世，享年64歲。他留給後世的不是一大筆錢財，而是豐富的科學遺產。波義耳作為一位偉大的科學家，在幾十年的科學工作中，不可能沒有缺點錯誤，但是瑕不掩瑜。他以自己多年的實驗研究，確立了科學元素的概念，宣告了近兩千年來占統治地位的“煉金時代”的結束，把化學從醫學分離出來，使化學成為一門新的獨立的科學，開創了化學的新紀元。波義耳把許多顯色反應和沉澱反應加以係統化，為分析化學打下了基礎。波義耳無愧是近代化學的奠基人。