邁格拉希被控將一枚定時炸彈攜至馬爾他島密謀炸機，費希列則被控利用關係幫助邁格拉希在機場蒙混過關，將內藏定時炸彈的錄音機以非隨身攜帶行李送上航班。但費希邁和邁傑拉希在審判之初就稱，他們與洛克比空難沒有任何關係，真正的元凶是名為“巴勒斯坦人民解放陣線總指揮部”和“巴勒斯坦人民鬥爭陣線”的兩個組織。但巴勒斯坦民族解放陣線總指揮部在洛克比空難發生後立即聲明，恐怖爆炸行為與該組織無關。洛克比空難審理開庭後，該組織再次聲明，爆炸行動與該組織無關。整個審判過程開庭還不到9個月，實際的庭審也隻有85天，但已有250多人出庭作證，庭審記錄達一萬多頁。最終，邁格拉希被判處終生監禁，但法庭同時建議他至少服刑20年，並必須在蘇格蘭的一所監獄裏服刑；而費希列則被告之“無罪”，可以自由離去。如釋重負的費希列鼓起掌來，慶幸自己逃過一劫，並準備立即返回利比亞。而邁格拉希則堅稱自己是清白的。而利比亞在2003年承諾向空難遇難者家屬提供總共27億美元的賠償金。但是一個月後即6月4日，一名叛逃的伊朗高級情報官員在美國哥倫比亞廣播公司的時事節目“60分鍾”中稱：製造洛克比空難事件的幕後黑手是伊朗而不是利比亞。這名伊朗叛逃者自稱是阿默德·貝巴哈尼，他至少在過去10年的時間裏負責統籌伊朗所有對外的恐怖襲擊。他告訴節目製作人，洛克比空難是他一手策劃的，他帶著初步計劃先找到了巴勒斯坦恐怖分子賈布裏爾。賈布裏爾表示同意，並要求貝巴哈尼提供行動所需的炸藥和其他物品。接下來，他們把一批利比亞人帶到伊朗，在某個特殊地點集訓了90天，學習如何安裝、放置設計“非常精密”的炸彈。貝巴哈尼的說法更加地讓洛克比空難事件撲朔迷離。洛克比空難紀念碑而從動機來看，伊朗似乎也有嫌疑。有人說美國海軍曾在波斯灣“錯誤”擊落伊朗民航客機，殺害機上200多人，這可能是導火索。傳聞說美國空軍無線電信號截獲部門曾報告說，一位強硬派伊朗政府部長親自命令並懸賞650萬美元要炸毀一架美國客機作為報複。相信邁格拉希是無罪的人則說他隻是替罪羊，並產生了陰謀論。據說在飛機殘骸中發現了一隻屬於美國中央情報局的皮箱，其中裝載著50萬美元的現鈔。有人暗示美國特工利用泛美航空的客機偷運毒品進入美國本土，恐怖分子利用這一特殊活動，輕易地把無人陪同的行李箱在不經檢查的情況下，從一架客機上轉運到另一架客機上，並製造了洛克比空難。但是此說無人證實。
2006年英國警方外科專家戴維·菲爾德豪斯博士卻稱利比亞是洛克比空難的冤大頭和替罪羊，洛克比空難之所以發生，是因為美國中情局和敘利亞極端分子“毒品換情報”行動發生了可怕的錯誤！菲爾德豪斯曾參加洛克比空難的善後救援工作，在處理屍體時，他們發現並登記了59具屍體。但是警方卻公布隻有58具屍體，一具被他登記為“DCF12”的屍體不見了。在以後的時間裏，菲爾德豪斯一直在追查這具屍體的下落，但是卻沒有結果。菲爾德豪斯認為那具失蹤的屍體本來絕不應該出現在泛美客機上，他相信這具失蹤的屍體是解開洛克比空難真相的鑰匙。菲爾德豪斯稱是敘利亞極端分子而不是利比亞人將炸彈安裝在了飛機上。因為當時美國中情局正在秘密發起一項“毒品換情報”的計劃：允許敘利亞極端分子通過飛機將毒品從歐洲走私到美國，而作為交換條件，敘利亞極端分子得提供被扣押在黎巴嫩的美國人質的下落。但是這次行動卻發生了錯誤，敘利亞極端分子又受到別國雇用，將毒品換成了炸彈。其矛頭依然指向伊朗。據菲爾德豪斯說在洛克比空難發生後，有幾個報告都稱一個很像棺材一樣的盒子被人送出了卡萊爾，菲爾德豪斯認為其中必然隱藏著一個驚天的陰謀。另外，有消息稱，在爆炸的飛機上還載著一些美國特工，爆炸後，一些身穿泛美航空公司製服的美中情局特工在飛機墜毀地點尋找屬於這些特工的行李箱。據一名英國警官稱，她曾在飛機殘骸中發現一枚美國中情局的徽章，但是卻被告知不要將這個發現記錄在案。這些說法使得洛克比空難的真相更加地迷離，有人甚至稱洛克比空難或許成為民航空難史上絕無僅有的謎團。