1838年10月，在一次聚會上，施萊登把未公開發表的《植物發生論》中有關植物細胞結構的情況和細胞核在細胞發育中的重要作用的基本知識告訴了施旺，施旺很感興趣並大受啟發，為其最終創立細胞學說奠定了基礎。這樣，實際上施萊登已經把他的細胞學說的範圍從植物界擴大到了動物界。
1840年，施萊登被任命為耶拿大學植物學副教授。1842年，他出版了植物學教科書《植物學概論》，從1845年第二版開始又加上了一個副標題《作為歸納科學的植物學》。在這本書中，他提出了一些新的生物學方法論。他主張植物學研究必須利用顯微鏡進行仔細觀察並進行生理學實驗，觀察和實驗是生物科學研究的工作基礎，多利用歸納的方法和因果分析的方法，這樣才能有效地揭示科學內在的規律性。施萊登的這本教科書在整體結構上基本上是全新的，他從植物中物質元素的研究寫起，接著用很大篇幅介紹植物細胞學說，然後論述形態學和組織學。不少評論者認為，施萊登的這本教科書充滿生氣和富於新思想，是植物學進展的一個轉折點。這本教材激發了人們的熱情並吸引著年輕人投身於植物學研究。這是施萊登在植物學研究上的一個重要貢獻。
1848年，施萊登寫出了《植物及其生活》。這是一本科普性讀物，內容簡單、有趣，使更多的人獲得了植物學知識。這本小冊子廣泛流傳，是人們最喜歡的科普性讀物之一，他也因此成為那個時代最成功的科普工作者之一。但耶拿大學負責人認為，撰寫科普著作不應該是施萊登這樣的學者所為，他應專心從事教學和科學研究。施萊登堅持自己的作法，因而與校方發生了分歧和爭論，並於1862年憤然辭職。從此，他開始過著漂泊不定的生活。
施萊登是一位才思敏捷、能力過人、具有獨創精神的科學家，他用新穎的學說和革新的技術推動著植物科學的複興和改革。但他性格乖戾、孤僻、傲慢，在思想方法上主觀武斷，不願意用批評的眼光看待自己的觀點，這種性格使他有時陷入錯誤並頑固地堅持這些錯誤的境地。正是因為這樣的性格，導致施萊登一直處於與當時許多著名科學家和思想家的辯論和爭吵之中。施萊登做事不計後果，行為古怪。1877年，也就是在他企圖自殺和脫離法律工作後45年，他還訪問了海德堡大學，慶祝他獲得法學博士50周年，這是一個很好的例證。
在人才曆史上，像施萊登這樣一個精神和感情上的“跛子”，居然能夠成為一名傑出的科學家，這實在是不可思議。從各個方麵來看，施萊登都是最稀奇古怪的科學名人之一。