達爾文開始寫書了，他克服了一個又一個的困難和意外事件帶來的悲傷，懷著把畢生精力獻給科學事業的信念，頑強地工作著。
1858年夏，正當達爾文整理總結、奮筆疾書之際，收到了住在馬來群島從事考察研究的另一位英國生物學家華萊士的一篇論文。這篇題為《論變種無限地離開其原始模式的傾向》的論文，其內容跟達爾文正在總結寫作的理論“驚人地相似”！
華萊士要求達爾文看完他的文章後，能交給賴爾審閱發表。開始，達爾文為了避免華萊士誤會，想放棄自己二十年來的研究成果，單獨發表華萊士的論文。但是，熟知達爾文研究成果的賴爾和虎克都不同意。在他們的建議和鼓勵下，達爾文就把自己的原稿提綱和華萊士的論文，在“林奈學會”上宣讀了。當時會場上反響強烈。許多進步的自然科學家滿懷喜悅地聆聽了這種嶄新的進化論學說，而持“神創”觀點的人，盡管感到厭惡，也隻有竊竊私語，不敢出來反對。
1858年9月，在賴爾和虎克的一再敦促下，達爾文重新拿起筆杆，又經過一年多的努力，1859年11月24日，凝集了達爾文二十多年心血的科學巨著——《物種起源》終於出版了。
孜孜以求
《物種起源》出版後，在整個歐洲掀起了一陣滔天巨浪。真理是不可戰勝的，經過了“牛津大論戰”、“猴子案件”等等鬥爭以後，進化學說所代表的科學真理終於勝利了。恩格斯將達爾文的進化學說譽為19世紀世界的三大發現（細胞的發現、能量守恒和能量轉換定律、生物學中的進化論）之一。《物種起源》發表後，達爾文感到身上的責任更重了，他又投入了緊張的工作。
從1860年起，達爾文開始寫作第二部著作《動物和植物在家養下的變異》，進一步闡述了野生動植物在家養的條件下經過人工馴養，栽培和選擇，變異成現在種類的道理。此時，達爾文的身體一直很差，但是，他以頑強的毅力，克服病魔的糾纏，堅持不懈地從事這一巨著的寫作。經過長期的辛勤勞動，1868年11月30日《動物和植物在家養下的變異》一書出版了。
接著，他又用了三年時間完成了他的第三部著作《人類起源和性選擇》。這以後，他又持續不斷地寫出了《蘭科植物和授粉》、《攀緣植物》、《人類和動物的表情》等許多著作。晚年的達爾文身體越來越差，但他仍然進一步研究進化學說，虛心地向別人討教不懂的問題，繼續寫出了《異花授粉和自花授粉的效果》、《植物的運動能力》等著作。在逝世的前兩天，他還替他的兒子記錄實驗進展情況。
1882年4月19日淩晨四時，偉大的科學家達爾文的心髒停止了跳動。人們懷著巨大的悲痛把他安葬在倫敦威斯敏斯特寺院的牛頓墓旁，使達爾文享受了自然科學家最高的榮譽。
達爾文的一生，為人類作出了劃時代的貢獻，他不僅將《物種起源》等一係列的科學碩果獻給了人類，而且將他追求真理、勇於探索、不畏困難、堅持不懈的精神和作風留給了世人。