巴斯德從研究蠶病開始，逐步解開了較高等動物疾病之迷，即由病菌引起的疾病，最後征服了長期威脅人類的狂犬病。
1865～1870年，他把全部的精力都集中到蠶病的研究上。這個研究牽涉到兩種病原微生物。
在搞清蠶病起因後，巴斯德提出了合理可行的防治措施，從而使法國的絲綢工業擺脫了困境。
而後，巴斯德又專心研究動物的炭疽病，他成功地從炭疽病的動物（如牛、羊）的血液中分離出一種病菌並進行純化，證實就是這種病菌使動物感染致病而亡。這就是動物感染疾病的病菌說觀點。但是，當時的內科醫生和獸醫們卻普遍認為疾病是在動物體內產生的，由疾病產生了某種有毒物質，然後，也許是，由這些有毒物變成了微生物的錯誤觀點。後來巴斯德又研究婦科疾病產褥熱。他認為這種病是由於護理和醫務人員把已感染此病的婦女身上的微生物帶到健康婦女身上，而她他們得病。
由此可見，巴斯德雖不是一名醫生，但他對醫學的貢獻也是無法估量的，他為醫學生物學奠定了基礎。
（三）巴斯德與免疫學
巴斯德除了研究炭疽病外，還研究了雞的霍亂病。這種病使雞群的死亡率高達90%以上。巴斯德經過多次嚐試後發現，這種致病的微生物能在雞軟骨做成的培養基上很好地生長。一小滴新鮮的培養物能迅速殺死一隻雞。
巴斯德在研究此病過程中最值得慶幸的是：當某雞用老的、不新鮮的培養物接種時，它們幾乎都隻有些輕微的症狀，並很快恢複健康。再用新鮮的、有毒力的培養物接種時，這些雞對這種病的抵抗力非常強，這樣巴斯德就使自己的實驗用雞產生了對雞霍亂病的獲得性免疫能力了。這可以同琴納（EJenner）使用牛痘對人的天花病產生免疫能力相媲美。
巴斯德在成功地研究出防止雞霍亂病的方法後，又著手研究對付炭疽病的方法。他把炭疽病的病菌培養在溫度為42～43℃的雞湯中。這樣，此病菌不形成孢子，從而選擇出沒有毒性的菌株作為疫苗進行接種。
巴斯德是世界上最早地成功研製出炭疽病減毒活性疫苗的人，從而使畜牧業免受滅頂之災。
研製狂犬病疫苗
巴斯德晚年對狂犬病疫苗的研究是他事業的光輝頂點。
狂犬病雖不是一種常見病，但當時的死亡率為100%。1881年，巴斯德組成一個三人小組開始研製狂犬病疫苗。在尋找病原體的過程中，雖然經曆了許多困難與失敗，最後還是在患狂犬病的動物腦和脊髓中發現一種毒性很強的病原體（現經電子顯微鏡觀察是直徑25～800納米，形狀像一顆子彈似的棒狀病毒）。
為了得到這種病毒，巴斯德經常冒著生命危險從患病動物體內提取。一次，巴斯德為了收集一條瘋狗的唾液，竟然跪在狂犬的腳下耐心等待。
巴斯德把分離得到的病毒連續接種到家兔的腦中使之傳代，經過100次兔腦傳代的狂犬病毒給健康狗注射時，奇跡發生了，狗居然沒有得病，這隻狗具有了免疫力。
巴斯德把多次傳代的狂犬病毒隨免脊髓一起取出，懸掛在幹燥的、消毒過的小屋內，使之自然幹燥14天減毒，然後把脊髓研成乳化劑，用生理鹽水稀釋，製成原始的巴斯德狂犬病疫苗。
1885年7月6日，一個9歲的小孩梅斯特被狂犬咬傷14處，醫生診斷後宣布他生存無望。然而，巴斯德每天給他注射一支狂犬病疫苗。兩周後，小孩轉危為安。巴斯德成為世界上第一個能從狂犬病中挽救生命的人。1888年，為表彰他的傑出貢獻，法國政府成立了巴斯德研究所，任命他為所長。
巴斯德為微生物學、免疫學、醫學，尤其是為微生物學，做出了不朽貢獻，“微生物學之父”的美譽當之無愧。巴斯德嚴謹的、科學的實驗設計，他淡漠名利的高尚情操，他為追求真理而不顧個人安危的獻身精神將永遠留在我們的心中。