可見在物質交換方麵，高度工業化的農業又陷入了惡性循環，為了維持養分而大量施用化肥，而化肥的大量使用又造成養分不平衡。要想維持土壤養分的良性循環，必須將大量的作物秸稈和人畜糞便等有機物質還回到土壤中去，然而由於種種原因，我國農村用能短缺，雖然我國的煤和石油等礦物能源相對來說都比較豐富，但也不能滿足廣大農村日益增長的全部能源需求。目前，我國農村生活用能有75％是依靠生物質能，1988年燒掉的薪柴達230Mtce，而當年薪柴的合理采樵量僅為90Mtce超出合理采樵量的1.5倍，燒掉的秸稈實物量約為2×108t，損失的氮、磷、鉀元素相當於全國化肥總量的60％，還田的秸稈量很有限。
顯然，若不抓緊解決好農業能源短缺問題，生態農業的發展必將受到嚴重限製。首先，林業不能得到很好發展，生態環境將進一步惡化。過量的采伐薪柴、草皮已嚴重影響了林木的生長及森林蓄積量的增加，造成植被破壞，水土流失現象日益嚴重，農業生態環境日趨惡化。長期以米，我國雖然在植樹造林方麵做了很多工作，但由於把主要精力放在了解決國家建設對木材的需求和實現國土綠化方麵上，基本沒有考慮農村對燒柴的需要，薪炭林建設沒有得到應有的重視，使林木所能合理提供的薪柴遠遠不能滿足農村生產和生活的需要，以致於年年造林不見林。其次，農牧業生產也不能取得較好的良性循環。一方麵由於大量的作物秸汗等生物質能都被作為燃料直接消耗掉了，土壤所必需的有機質不能及時得到補充，僅靠投入火絲的化肥來維持作物生長，使土壤的肥力下降、結構退化、鹽堿化程加強，打斷了土壤的食物鏈環節，這是違背生態學規律的，在這種情況下要想維持作物的穩產、高產是不可能的；另一方麵能源短缺也嚴重影響了畜牧業的發展，因為畜牧業的發展電需要火越的間料和燃料。目前的情況是，現有的能源資源僅能(部分地區還不能)滿足人的基本生活需要，沒有多餘的能源(秸稈、飼料)來發展養殖業。人、地、畜爭秸稈的矛盾得不到解決，畜牧業的發展隻能是一句宅話，而畜牧業不發展，就不能為種殖業提供更多的有機肥料，還要靠使用化肥來維持生長，於是便造成惡性循環。
2.沼氣建設是促進生態農業良性循環的重要途徑
沼氣是各種有機物質(人畜糞便、作物秸稈等)在厭氧條件下，經微生物分解、發酵作用而產生的。這些有機物質經過厭氧發酵後，不僅為我們的炊事用能提供了高品位的清潔能源——沼氣，而且其發酵液中的營養物質(速效氮、磷、鉀)並沒有多少損失，相當於進行了滅菌和無害化處理，更便於被土壤吸收利用，減少農作物的病蟲害，是一種優質高效的有機肥。山東省農科院土肥所用沼肥與當地圈肥(等量原料)進行肥效對比，在主要作物上獲得了顯著的增產效果。
沼氣建設不僅能緩解農村能源緊張狀況，開展以沼氣為中心的綜合利用，還是促進生態農業大同歸的重要施料，引起一係列良好的連饋反應，導致柑機物的多層次利用，變廢為寶大大提高了農業生態係統的經濟效益。湖南省的沼氣綜合利用充分說明了這一點，他們按照生態農、他原理，采用係統工程方法，創辦了種植業——養殖業——沼氣——種植業，養殖業——沼氣——加工業——種殖業，養豬——沼氣——養魚等良性循環模式，開創了以沼氣為紐帶的生態農業新體係。郴州市許家洞鄉養殖專業戶蔣聘懷，l983年建成了以沼氣池為動力，以養殖業為主幹的食物鏈生產線，他用雞糞喂豬，豬糞尿入池製取沼氣，沼渣養蚯蚓，沼水種菜，養水生飼草，養魚，蚯蚓和青飼料用來喂雞、喂豬，沼氣用於煮飯、煮飼料、燒水、孵雞和雞舍保溫，使雞的成活率由建池前的65％上升到85％，產蛋率提高一倍以上。與其它戶比，養雞平均獲利高20％，每千克豬肉平均獲利高40％，蔬菜增產20.7％。南縣北河口鄉官TE村農民蔡雲貴家原有一個8m3沼氣池，在實踐中他看到沼氣不僅能解決生活用能問題，而且還有許多綜合利用價值，因此，1984年他又新建了兩個8m3的池子，大力發展生豬和家禽，將禽畜糞便入池製取沼氣，沼氣用於照明、炊事，沼水用於養魚、種菜、種樹，沼渣用於肥田、繁殖蚯蚓，蚯蚓用來喂雞。當年就發展生豬40頭，養雞ll0隻，養魚l.5畝，總收入7200元。