公元1476年(成化十二年)，大學士商輅等認為雲南離京城遠在萬裏，西邊控製諸夷，南接交趾，而鎮守太監錢能貪得無厭，便商議派遣有威望的大臣為巡撫鎮守雲南，於是改王恕為左副都禦史前往，到雲南後即升為右都禦史。
當初，錢能派指揮郭景到京師奏事，稱安南捕盜兵擅自進入雲南邊境，憲宗立即命令郭景去送詔書以示告誡約束。按舊製出使安南必須從廣西走，而郭景徑直從雲南前往安南。錢能托郭景送給安南王黎灝玉帶、寶絛、蟒衣、珍奇諸物。
黎灝遣將率兵護送郭景回來，想要開辟從安南到雲南的通道。郭景害怕有後患，假稱這事必須先行告訴守關者，這才脫身回來。並且他還揚言安南寇來了，關卡戒嚴。黔國公沐琮派人告諭安南將軍，安南軍才返回。如此通天的大禍，諸臣因為害怕錢能，隱瞞此事並沒有向朝廷奏報。
錢能隨後又多次派遣郭景以及指揮盧安、蘇本等勾結幹崖、孟密等土司，接受其無數金子寶貝。王恕查訪到這些情況以後，立刻派騎兵去抓郭景，郭景畏罪自殺。王恕接著彈劾錢能私通外國，按罪當斬。憲宗下詔派刑部郎中潘蕃去處理。
但是老奸巨猾的錢能就在這時候，以驛車向明憲宗朱見深進獻黃鸚鵡，以求幸免。王恕知道後要求禁絕行賄，並將錢能貪婪殘暴的罪行全部揭發了出來，他說:\"以前交趾由於鎮守官員任用不當，致使一方陷沒，現在這件事的危害性就很甚。陛下怎能為顧惜一個錢能，而不以安定邊境為重。\"
王恕在雲南任職共九個月，威名遠播境外，自黔國公沐琮以下都謹慎地服從政令。王恕一共二十次上疏，正直的名聲震撼天下。
當時的時候，安南國接納江西一位姓王的叛人作為謀主，偷偷地派遣間諜進入臨安，又在蒙自市鑄造兵器，準備伺機偷襲雲南。王恕查明此事，立刻要求增設副使二名，用以加強邊備防患於未然，把敵人的陰謀扼殺在了搖籃中。
公元1486年(成化二十二年)，明憲宗朱見深起用傳奉官，王恕進諫異常深切，憲宗就更加的不高興了，卻也無計可施，隻能等一個機會。但是王恕王大人滿身整齊毫無破綻，這讓明憲宗朱見深也很頭疼啊。
就在這個時候，南京兵部侍郎馬顯上疏請求辭官，明憲宗朱見深忽然在批文上附上了這麼一句：王恕以太子少保退休！這就奇了怪了，馬顯上疏請求辭官，你當皇帝的要麼答應要麼不當應，跟人家王恕王大人有毛關係啊，這兩件事情八十杆子都打不著啊。
再說了，人家王恕之前早就已經加職太子少保了，你這當皇帝的即便想硬生生的逼著人家退休致仕，最起碼也給點好處呀，這打一巴掌還給個甜棗呢。可明憲宗朱見深就是這麼做了，朝野群臣得知後都大為驚駭。並且就在王恕王大人被迫致仕後，明憲宗朱見深很快就去見他的祖宗們了，明孝宗朱佑樘 開始了他的弘治一朝。
當時的時候，其實也是名臣輩出。內閣的大學士、六部的尚書，都是賢明有能的道德君子。但是成化年間有一句諺語：“紙糊三閣老，泥塑六尚書。”那意思很明白，就是說大學士萬安、劉吉、王翊以及六部尚書等人，都不過是一些屍位素餐無能之輩罷了。
而王恕一貫彈劾權貴、寵臣，從不避諱，毫無畏懼，其浩然正氣聞名天下。所以當時的民間有民謠唱到:兩京十二部，獨有一王恕。足見老百姓對王恕王大人的崇敬之情，還有對整個朝廷的失望。