明代三級科舉考試製是一種競爭性的選拔考試，是為選取官員而開設的。由於它在考生資格、考官擇取、科場規則等方麵均製訂了嚴密的關防措施，特別是實行了考官回避、內外簾不得交通、試卷彌封糊名、朱筆謄錄等方法，有效地保證了考試的公正性與公平性，使得無數貧寒子弟能躋身於廟堂之上，位居高官顯爵。在明代“朝為田舍郎，暮登天子堂”並非一句虛言。“一舉首登龍虎榜，十年身到鳳凰池”是當時讀書人的真實寫照。
正因為它是一種為選拔官員而設立的考試，事關各人命運前程，就應始終把握其公正性，萬曆時禦史魏允中說：“科舉，天下之公。”禮部郎中高桂說：“我朝二百餘年公道，賴有科場一事。”事實上因每科錄取名額有限而合格考生逐年增多，故明代科舉考試競爭特別激烈，加上這種考試製度本身也存在一些不足，明代的科舉考試便出現了不少弊端，形成了不公平競爭，阻礙了科舉選士目的之實現。且越到後來，這些弊端越形嚴重。
明末黃尊素在《宋科目考》中說：
本朝取士之法，大略依仿宋製，然其間有不同者，而科舉、學校絕不相關。秋試自縣令佐僚行義保任之上於州，州長貳複審察得實，即入院試。其士子未嚐係名學校。其後三舍法行，是學校之科舉，其不由學校而為科舉者如故也。
今三歲鄉試，一省彙所屬郡邑而試之。宋則諸州各自為試，各自發解，與路分無與。惟有官廳應舉者及避嫌遠鄉之人試於轉運司，反謂之別頭試。
今士人一經鄉舉，則當會試之期，徑偕計吏，不複取解。宋則有恩例始得免解，或減一舉而已。其下第進士，雖曾中省試（即今會試），來科仍複解試，中格然後得上省試也。
今殿試不過名次升降，無有黜落。宋初於禦試特重，不中格則省試皆虛也。所謂特奏名者，凡士貢於鄉而屢絀於禮部，或禦試所不錄者，積前後舉數，參其年而差等之遇親策士，徑許附試。其薦舉者不試於州郡，惟試禮部，不中亦許赴禦試。故有免解免省之條令，必層累而上，更無越次而舉者。
宋必賜出身然後注官。今則一經解牒便可釋褐州、縣。宋之第一人不過僉書判官，第六人以下司戶簿尉而已。今則第一甲三人即為清要官，最下者亦不失守令。
總而論之，宋之出身易而入官難。今之出身難而入官易。出身難，故多枉才；入官易，故多敗類。此本朝之人物所以遠不及於宋也。
黃尊素從製度層麵上將宋、明兩代科舉考試進行了比較，指出明代取得出身極難而入官容易的特點，從而認為明代科舉考試枉才、當官者多敗類。此說不無偏激，因為它反映的是明亡後一個孤子孽臣回首往事時所表現出的恨鐵不成鋼的痛苦心情。實際上，任何一種選拔性的考試製度的設計，都不可能完美無缺，即便是宋代，黃尊素也不得不指出：
至於科場之弊亦略相同。有傳義，為換卷，有易號，有卷子出外，有謄錄滅裂。而取解之試，有一人而趁數州者，有一人而納二三卷者。今唯童子試有之，解試之所無也。
然此為弊也小，其率天下而歸大弊者，在主司去留止以初場，餘束不觀。出題強裂句讀，離絕旨意。《春秋》越年牽合。在士子專讀時義，一題之文必有坊刻，稍換首尾，強半雷同。雷同之中，有得有失，不可程準。致使天下盡出空疏不學，不知經史為何物。是科舉為敗壞人才之具，則相望數百年間如一轍也。
當然，黃尊素的這番話的確也指出了明代科舉考試取士在製度設計，特別是第一場出題上的不少問題，這些問題對選拔有真才實學者起到了一定的阻礙作用。除開黃尊素所指出的這些製度性的缺陷外，明代科舉考試還有幾個方麵的問題值得重視。
其一是明代科舉考試所規定的必試項目隻能測試出一個人的文化水平和文字功底，而不能分辨考生的道德品質和實際工作能力。而科舉考試是一根學習的指揮棒，既然你隻考八股文和詔、誥、表、判、論、對策的寫作，人們便把精力全傾注於這些科目之上，對那些關係國計民生的實學則少有人問及。大多數士子隻關心如何把八股文寫好，把詔、誥、表、判、對策、論作好。到明代中期之後，考試取錄與否隻重首場，則人們隻把工夫下在八股文之上，不僅對與八股文無關的知識貧乏無知，甚至連八股文寫作必須依據的朱熹注疏都不去認真攻讀，更談不上真正理解、吃透，鬧出了許多笑話。他們隻去揣摩風氣，猜測主司意旨，背誦爛舊程文以迎合試官之意。
在明初，鄉、會試第二三場的詔、誥、表、判、論和對策的成績，尚作為錄取與否的重要依據，這些東西從理論上而言，可以測試考生的治世能力和理論水平。這就是清代黃中堅所說的：“夫有明立法之初，實取曆代之法而折衷之，其為具蓋至備也。……夫先之以經義，以觀其理學；繼之以論，以觀其器識；繼之以判，以觀其斷讞；繼之以表，以觀其才華；而終之以策，以觀其通達乎時務。以是求士，豈不足以盡士之才？士果有能與選者，豈不足以當公卿之任而佐理國家之治？”（黃中堅：《製科策》，載《皇朝經世文編》卷五十七。）明末陳子龍也指出，明初“取士必重實學，征材用，故崇二三場所試論、表、策者。雖書、經義不佳，論、表、策佳者，取之”（陳子龍：《安雅堂稿》卷五，《丁醜二三場幹祿集序》。）。到明代中期，由於取錄與否首重八股文，故士子對這些東西的鑽研隻停留在表層上，許多人也隻背誦一些程文，到考場上應付一下了事，極少有人去研究現實問題，有針對性地提出有建設性的解決問題的方法。例如試判，在於考察應試者的法律知識和撰寫判決司法案件文書的能力。在考場上，要針對具體案件，讓應試者剖析判決，寫出判決文書，以觀其是否有臨政為官的能力水平。且還要求考生寫出符合法理人情，又文采煥然、對仗工整的駢體文，但到晚明，“士不讀律，止鈔錄舊本。入場時每人止記一律，或吏或戶，記得五條，場中即可互換。中式之卷大半雷同，最為可笑”。“但以五尺之童能強記者，旬日之力便可盡答而無難”，（顧炎武：《日知錄》卷十六，《判》。）這樣一來，不但試判的本意“欲使一經之士皆通吏事”的設計落空，還培養出許多弄虛作假之人，敗壞了學風和士風。
其次是明代科場試文的種種苛嚴瑣細的規定，雖有利於培養、測試出考生遵守律令，依規矩行事的官員必具素質，但對考生才氣的發揮是一種嚴重拘束，久而久之，使人變得謹小慎微，規行矩步，把其創造才能統統扼殺。
明代科舉取士全憑三場士子所作之文。而明代鄉、會試對各種文體的寫作有種種苛嚴的要求，如頭場七篇八股製義，規定凡起、大結的字眼不能相同。如有七個“夫”、七個“蓋”、七個“甚矣”，七個“今夫”，七個“嚐謂”，七個“且夫”等類，便判不合格，必會將試卷“貼於至公堂，謂之堂貼”，貼出便無取錄資格。