這時，接替楊嶽斌任陝甘總督的左宗棠，給朝廷來了一份詞氣亢厲的奏疏，稱讚曾國荃劾官文一疏，是當今天下第一篇好文章，第一等好事，人心大快，正氣大張，並以自己在湖南撫幕多年的身份為證，指責官文貪劣庸碌，不堪封疆重寄，請求太後、皇上撤官文之職，以昭朝廷公正之心。左宗棠正處在平回民之亂的前線，他這封奏折的分量，遠勝他省督撫和都察院的禦史。曾國藩密保官文的奏折此時也到了慈禧的手中。慈禧是個精明的人，她深知曾國藩不早不遲，恰好這時來封保官的折子，無疑是在為弟弟彌縫，希望這件事不要水火不容地鬧下去。曾國藩的這個態度很使慈禧欣慰。她想：倘若曾國藩和弟弟站在一邊，堅決與官文為敵，那就更麻煩了；曾國藩的麵子還是要給的。慈禧決定按督撫不和的處置成例來個和稀泥。於是將官文內調京師，以大學士掌管刑部，兼正白旗蒙古都統，調李鴻章為湖廣總督。因蘇撫一職暫不能離開，遂調湖南巡撫李瀚章暫署湖督，由劉昆接替李瀚章，對曾國荃則未加任何指責。一場大風波就這樣平息了。
正當曾國藩為九弟平安度過險境，湖督一職落入湘淮軍手中而欣喜的時候，賴文光、張宗禹趁著清廷官場這場內耗的大好時機，在禹州大敗郭鬆林部，然後揮師北上，率領五萬鐵騎，輕而易舉地突破由豫軍守衛的朱仙鎮至開封府一帶的防線，晝夜急馳，挺進魯西。苦心經營半年之久的河防大計，一夜之間便付之東流。消息傳來，曾國藩在濟寧州一病不起。
若許當初親騎射，河淮處處是高樓
新湘軍的再次大敗和河防之策的徹底破產，給官文抓到了報複的把柄。官文現在處於極為有利的形勢：京師本來就有一大批曾氏兄弟的反對派，他們之中一部分出於正統觀念，認為一家兄弟兩人手握重兵，位居督撫，且功蓋天下，不是國家之福，盡管有裁軍自抑之舉，仍是隱患。這中間有滿人、蒙人，也有不少漢人。另一部分是嫉妒眼紅，這中間多為滿蒙親貴，自己無能，卻又不讓別人發揮才幹，便以漢人宜防的祖訓，不斷地提醒規勸太後、皇上。現在曾氏兄弟軍事失敗了，這兩部分人自覺地結合起來，要求朝廷乘機製裁他們一下，以示天威而杜異心。官文本人位高權重，錢多勢大，他並不買曾國藩密保的賬，指使、收買一批言官上書彈劾，要求朝廷收回欽差大臣之命，罷曾國藩的兩江總督之職。就這樣，短短的半個月內，曾國藩一連接到軍機處寄來的兩道嚴責上諭和禦史穆輯香阿、阿淩阿等五人措詞強硬的參劾抄件，麵臨著帶兵十多年以來，直接針對他而來的最險惡的政治形勢。五十六歲的曾國藩，在經曆過一番極度的痛苦之後，頭腦異乎尋常地冷靜下來。
他反複對河防之策進行自我檢討，又重新翻閱《明史》，細心研究明末官軍對付高迎祥、李自成的辦法。高、李的部隊是繼黃巢之後，最有成就的流動作戰的軍隊，明朝官軍將領們，包括能幹的楊嗣昌都無法對付，大明王朝最終就栽在李自成的手裏。這中間隻有一個人最有本事，那就是孫傳庭，而孫傳庭的製勝之策便是圍堵。撚軍也是流寇，而自己所采取的沙河、賈魯河、淮河沿線包圍的戰略，與孫傳庭的辦法是一致的。曾國藩堅信河防之策是正確的，絕不能因一次失利而予以否定。但現在朝野一片聒噪，似不給他以總結教訓再決勝負的機會。對於這個現象背後的一切，曾國藩洞若觀火。他不再像鹹豐初年初出茅廬時的一味蠻幹，硬拚到底，也不再像打下金陵後成天如同履薄臨深，為防功高震主而不顧一切地自我裁抑，他這次要跟朝廷軟頂一場。
曾國藩用的依然是老子以退為進的辦法。他借病重難速痊為由，上疏太後、皇上，請開協辦大學士、兩江總督之缺，並請另簡欽差大臣接辦軍務，自己以散員留營效力，不主調度。又附片奏河防失敗，剿撚無效，請將一等毅勇侯封爵注銷，以明自貶之義。
奏疏擬好後，趙烈文、汪士鐸、薛福成等人都勸他不必如此。擔心朝廷會像鹹豐八年那樣順水推舟，全部接受。曾國藩執意拜發，他並非意氣辦事，他有自己的深沉思考。
撚軍勢力仍很強大，一日不平息，太後、皇上就一日不會安寧。自從僧格林沁死後，綠營、旗兵再沒有一支部隊可以獨任此事，平撚，非湘淮軍莫屬。淮軍五萬精兵，天下無出其右，湘軍陸師力量雖弱些，而二萬長江水師卻仍然是一支強大的力量。所有這些軍事力量，其實就是他和李鴻章的私家武裝。因此，朝廷目前要完全拋開他是不可能的。就是起用李鴻章為欽差大臣，湘軍水陸兩支人馬也不會服服帖帖聽李鴻章的話，還得他點頭才是。這便是曾國藩對自己力量的信心所在。即使退一萬步講，朝廷絕情絕義，不顧後果將他開缺，他也不再留戀，立即挈眷回荷葉塘。他甚至後悔，早知有今日，不如當初打下金陵就與老九一起辭官回家為好。