1.6 科研經費投入不足。民辦高校科研經費普遍不足。其主要原因：一是民辦高校的科研工作沒有納入主管部門的統一管理，不像普通高校那樣每年都有數量可觀的科研經費下撥，實行專款專用，為科研工作的順利進行提供較多的經費支持。二是民辦高校經費來源主要靠收取學生學費，科研投入相對不足。三是自身對科研工作重要性認識不足。
1.7 科研材料收集不齊全，科研檔案難以集中管理。由於民辦高校師資較為緊張、教學任務繁重，有能力的教師即使擠出時間來從事科學研究，但缺少時間對科研過程形成的原始資料進行收集、整理和有序上交。有人認為科研檔案的收集、歸檔是檔案部門的事，與自己無關。因此，檔案部門收集到的常是項目申請、立項表格、鑒定材料等一般性資料，而真正的科研原始記錄材料很匱乏。由於學校知名度和科研水平不高，承接不到重要的科研項目，不少教師常會以個人身份參與強校、外單位的科研工作，這就構成本校科研項目的“流失”，導致本校科研檔案的收集困難。
1.8 缺乏行之有效的管理手段和規章製度。由於民辦高校科研檔案管理工作一般起步較晚，再加上檔案管理意識不強，管理手段和規章製度不健全，因此，檔案部門經常難以收集到建檔所必需的完整的原始資料，這就造成科研檔案中一般性技術資料多、關鍵性技術資料少。由於科研檔案的不完整、不係統，影響了它的開發利用價值，反過來也影響了原本薄弱的民辦高校科學研究工作的繼續發展。
2 民辦高校科研檔案建設的對策
增強師生員工的科研檔案意識，提高對科研檔案價值的認識。
2.1 學校方麵。首先，重視科研檔案管理工作，提高對科研檔案管理的意識。民辦高校要改變隻重視課題項目立項數量和論文的數量，而忽視科研檔案整理的局麵。要對校領導到全校師生加強對科研檔案的重要性的宣傳。科研檔案不僅是申請立項、研究課題、調研、總結研究成果、發表論文、結項等具體工作，也包括了科研成果的推廣應用、總結、積累的過程。科研檔案的整理也並不是單純的某個部門或某個人的行為，而是所有做科研的師生在研究的同時，要有意識地積累科學研究的過程稿，包括調研材料、研究報告、應用證明等資料。這樣才能使得科研檔案起到應有的知識傳承的作用。其次，要健全科研機構，製定完善的科研製度，加大對科研工作的獎懲力度。以黃河科技學院為例，從2008年本科評估開始，就專門設置科研處，並在二級學院設立科研幹事，以方便科研工作的展開和科研檔案的收集整理。2010年成立經濟研究所、納米研究所等九個研究所，由主管教學校長主抓。在製度方麵，先後製定《黃河科技學院科研項目經費資助管理辦法（試行）》和《黃河科技學院科研獎勵辦法（試行）》。最後，給予必要的設施支撐。科研檔案的整理，並不是單純地收集資料就行了。需要配備計算機、掃描儀、網站網絡環境、儲存載體等，才能夠保證科研檔案工作的順利開展。