孕期母體患病對胚胎或胎兒以及母體本身都有重要影響。因為此期為胚胎分化發育期，傳染病的病原微生物對胎兒的分化發育有影響，同時，孕期的用藥不慎也會給胚胎分化發育帶來不良影響。孕期女性盡量少進入公共環境，因為公共環境中人員流動大，致病因素多。孕婦尤其應注意對某些傳染病的預防，如病毒性肝炎、梅毒、巨細胞病毒、風疹、單純性皰疹病毒、弓形體等等，這些病原微生物常常引起胎兒畸形及智力發育障礙。某些感染性病毒可通過胎盤或在分娩時傳給胎兒或嬰兒，使嬰兒成為病毒攜帶者。
孕期女性應注意適宜的運動，這樣可以增加機體對疾病的抵抗力；同時，孕婦也應注意平衡膳食結構，孕期的合理營養可以減少孕期營養缺乏引起的胎兒畸形的發生。如食物中葉酸的缺乏，可引起新生兒神經管畸形。維生素A的主要功能是維持正常視力和上皮組織健康，促進生長發育和提高機體免疫力，孕期維生素A缺乏或過多都可導致先天畸形的發生，嚴重缺乏維生素A可引起新生兒無眼及小頭畸形。而孕婦體內維生素A過多，則可能引起胎兒有輸尿管、腎積水等先天畸形。有人報道，妊娠女性發熱38％以上，高熱持續幾天或1～2周，易引起胎兒出現神經管畸形，由發熱引起的神經管畸形占其發病率的10％左右。
胚胎在分化發育期間，對藥物的作用非常敏感，如果用藥不慎，可引起胎兒的先天畸形，而且藥物還能引起胎兒生長發育緩慢，甚至引起流產、經胎盤致癌。對胚胎的發育有不良作用的藥物有：
鎮靜劑如反應停即酞胺呱啶酮，60年代在歐洲曾廣泛用於治療妊娠劇吐及失眠，導致先天性肢體畸形發病率顯著上升，主要表現為短肢或無肢。
抗腫瘤藥妊娠早期使用甲氨喋呤易引起流產和致畸，致畸率約為25％，如無腦兒、腦積水、小頭及四肢畸形；環磷酰胺、苯丁酸氮芥等可導致唇裂、齶裂、小眼、卵巢發育不全、。腎畸形及四肢畸形。
精神病藥物如溴化鋰、酚噻嗪類藥物可導致四肢及心髒畸形。
抗生素類藥物如鏈黴素損傷聽神經引起耳聾，四環素可影響骨骼及牙齒的生長發育，氨苯磺胺可引起核黃疸，新生黴素可引起白內障等疾病。
抗凝血藥如肝素和雙香豆素等可引起小頭，顏麵畸形、小眼、耳聾、耳廓畸形等。
激素類妊娠早期服用激素（可的鬆）可引起胎兒齶裂、心髒畸形、胸腺發育不全和免疫功能低下等；已烯雌酚可使小兒長至青春期後，其生殖係統疾病或生殖道畸形發病率極高，在男性胚胎中可能引起不育。妊娠期尤其是早孕階段，女性禁服此藥。
其他的激素類如炔諾酮、雄激素均可引起胎兒先天性畸形。
因此孕期用藥必須有明確的指征和對疾病治療的需要，一般情況下不應濫用藥物。最好在孕前治好全身的疾病，提高孕期的免疫力，盡量避免在孕期用藥。在治療可能危及妊娠女性生命或健康的疾病時，雖然有些藥物可能對胎兒有影響，仍須用藥，用藥須在醫生的指導和監測下進行，嚴格控製用藥劑量及持續時間，及時停藥。特別在妊娠的前3個月，更應慎重用藥，能避免用藥，則盡量不用藥或暫停用藥。
孕期的生活衛生
孕期的生活衛生對胚胎的發育有很大的影響，一些不良的生活習慣，如吸煙、酗酒、吸毒等，常常會導致新生兒的質量下降。
孕期吸煙可降低胎兒體重，增加圍產期嬰兒的死亡率。美國學者研究有14％的妊娠女性吸煙導致流產或分娩低體重早產兒，嬰兒身體和智力發育遲緩。吸煙可引起胎兒宮內發育遲緩、自然流產，圍產期死亡率增高、先天畸形的發生率增高，也影響嬰兒的體格和智力的發育。不管是主動吸煙還是被動吸煙，對胎兒的影響都是一樣的，吸煙引起的新生兒體重降低是由於妊娠期血液中碳氧血紅蛋白含量增高，血液運輸氧的能力減弱，香煙煙霧中的尼古丁可引起血管痙攣，使胎兒缺氧。近年來，青年女性中吸煙的人數有增加的趨勢，因此，應宣傳吸煙的危害，使人們充分意識到妊娠期吸煙和被動吸煙對後代的危害，女性妊娠期間應停止吸煙和減少被動吸煙的機會。
酒精對胎兒的損傷可能發生在胚胎發育的各個時期，妊娠期酗酒婦女流產、死胎、死產及小於胎齡兒產生率增加。妊娠期女性過量飲酒可引起胎兒酒精綜合征，其體重身長均較正常嬰兒小，且都有小頭畸肜，心髒發育異常等。由此可見，妊娠期酗酒對胎兒危害大，女性應避免在妊娠期酗酒。
此外，在妊娠期過艟飲用含咖啡因的飲料，也有可能使胎兒發生齶裂、脊柱裂、無眼等畸形。同時育齡期的女性飲咖啡過多時，生育能力會降低，茶水中也含有咖啡因，因而妊娠期的女性應少飲濃茶和咖啡，以免對胎兒和乳兒的發育產生潛在的不良影響。
常見的致畸因素
煙與早產低體重兒