1月17日下午，國民黨特務機關便糾集了數十個暴徒，手持鐵棍、利斧等凶器，衝到《新華日報》割斷了營業部的電話線，砸壞了屋內的一些器物，推翻了排字房一部分排字架，打傷了一名排字工人。周恩來、葉劍英分別向國民黨當局提出抗議，他們隻好說是流氓搞的，保證以後不再發生同類事情。
1938年10月日軍大舉進攻武漢，《新華日報》轉移至重慶。1938年11月下旬，章漢夫開始擔任副總編輯，並於後來擔任總編輯直到抗日戰爭結束。
自1932年起，國民黨開始頒布一係列新聞檢查法令，形成出版前檢查製度，在各地設立新聞檢查所，謂之新聞統製。
抗日戰爭的爆發，成為國民黨推出戰時新聞檢查法令、強化新聞檢查的藉口。
1938年國民黨通過《修正抗戰期間圖書雜誌審查標準》；1939年蔣介石親下手令給國民黨中央宣傳部和軍事委員會，布置加強新聞檢查；同年，國民黨還出台了《圖書雜誌查禁解禁暫行辦法》《戰時新聞檢查辦法》《戰時新聞違檢懲罰辦法》等。
國民黨的新聞檢查，規定除了中央通訊社的稿子外，其他言論和新聞，報社都必須送國民黨檢查機關檢查，否則，就是違法，輕則處分，重則勒令停刊。
為了揭露國民黨的新聞檢查，《新華日報》就在被刪得上文不接下文的地方注明“被刪”、“免登”字樣；後來這種做法遭到禁止，他們就換用省略號代替；省略號也不行時，他們又在被刪的稿件上補上幾個字，讓上下文接起來；最後這也不被許可，有時送審的稿件整篇整篇被扣下不發。
於是，《新華日報》就開“天窗”。
最大的一次“天窗”是1940年1月6日，第一版整個上半版社論位置，隻有幾行字：
抗戰第一！勝利第一！
本日兩次社論：（一）論冬季初級的勝利（代論）、（二）起來！撲滅漢奸！均奉命免登，來不及寫第三次稿，故本日無社論，尚希讀者原諒是幸！
國民黨檢查機關還定期給《新華日報》送“敏感詞”清單：獨立自主、開放民主、改善民生、民族解放、發動群眾、晉察冀邊區政府、湘鄂贛、湘鄂西、鄂豫皖、中國共產黨、八路軍、新四軍、毛澤東等都成為不能見報的詞彙。
“送檢”的技巧
“送檢”成了《新華日報》的一項專門業務，總編室有專人負責。總編輯章漢夫還與編輯們一起專門研究送檢技巧。他們對比國民黨通過的和扣留的稿件，探索如何在不失原意的前提下，在文字上下工夫，爭取通過檢查。
他們甚至做到了了解每一個檢查員的性格、特點、值班時間等。把比較容易通過的稿件，送給較為頑固的檢查員，較難通過的稿件則送給馬虎的檢查員。
有時候，為了給那些檢查員一些“懲罰”，他們會深夜送去一大批文章，說明天必須見報，搞得檢查員頭暈腦脹，疏忽中放行；有時，則故意在稿件中出現許多錯別字，丟句掉段；有時，則在很多普通稿件中，夾帶一條地位不顯著，但內容重要的消息；有時，他們則會把重要文章，拆整為零，分開送審，通過後再合在一起發表。
1943年底毛澤東《在延安文藝座談會上的講話》傳到重慶後，便被化整為零，一篇文章拆成三篇，搭配上言辭較為激烈的政論短評一起送檢。最後，三篇文章均通過檢查，在《新華日報》刊發。
1940年初，國民黨新聞檢查所改組，中共把一位叫潘沃權的安插了進去，一直隱蔽到抗日戰爭勝利。潘沃權“臥底”的職責之一，便是在新聞檢查時給《新華日報》提供便利，“小扣大放”。
跟新聞檢查所鬥智鬥勇也成了總編輯章漢夫的家常便飯，為了達到發稿但又保障報紙安全的目的，“合法”與“非法”的鬥爭手段被他運用嫻熟。
曾在《新華日報》做編譯的任以沛生前曾有文章回憶章漢夫在電話上與國民黨檢查官討價還價的情景：
有一個掌管國民黨新聞檢查的大官原是漢夫在莫斯科的老同學。為了爭取發表一篇重要文章，漢夫同此人電話對話，簡直令人發噱。漢夫一會兒仿佛懇求，“老兄高抬貴手嘛！”但旋而又以似讓步的口氣帶著譏諷；一會兒簡直是訓斥，“你這個官兒是怎麼當的？難道這麼點小事也做不了主？”一會兒又似乎是妥協，“你有困難，我困難更大嘛！”“標題字體盡量小一點，不就行了嘛？”一會兒又像勸告，“別人，別人管它什麼？”“鬧僵了，老兄麵子上也不好看吧。”纏住不放，終於達到目的。我們在旁聽著漢夫的出色表演，電話掛斷後無不哈哈大笑。
與新聞檢察官的周旋也練就了章漢夫辛辣風趣的語言風格，在與一位檢查員理論時，得知對方是美國密蘇裏大學新聞係畢業時，章漢夫不無諷刺地告訴這位檢查員，“真想不到，堂堂美國著名大學畢業的留學生，回來竟幹這種不體麵的職業，我要為你鳴不平！”
而章漢夫領導《新華日報》對付國民黨檢查最精彩的一次，要數皖南事變後，刊登周恩來題詞那次。
智鬥檢查官
1941年1月4日，國民黨軍隊在安徽南部涇縣茂林地區突襲了北移的皖南新四軍，殺害抗日將士九千餘人，軍長葉挺被俘——史稱皖南事變。
此時臨近《新華日報》創刊三周年。1月11日晚，報社舉行紀念活動，周恩來激勵大家：有革命鬥爭經驗的人，都懂得怎樣在光明和黑暗中奮鬥。不但遇著光明不驕傲，主要是遇見黑暗不灰心喪氣。