第二天報紙發表創刊三周年報道和周恩來講話稿時，再次遭遇國民黨新聞檢查。為了把國民黨襲擊新四軍的消息首次對外披露，《新華日報》用“新×軍”代替了“新四軍”，而新聞檢查官則強令報紙把“國民黨反動派重重包圍”改成“敵寇重重包圍”。
1月17日，國民黨政府發布命令，稱新四軍叛變，撤銷新四軍番號，下令向新四軍進攻。周恩來向國民黨提出嚴正抗議，並為無辜犧牲的新四軍將士題寫了悼詞：
為江南死國難者致哀！
千古奇冤，江南一葉；同室操戈，相煎何急！？
1月17日當晚，周恩來、葉劍英、董必武等中共領導人開會商討對策，其中之一就是由《新華日報》刊登周恩來的題詞。
平時，國民黨的新聞檢查官都是坐等報紙送審。但17日晚10點多，新聞檢查所一位30來歲的檢查官卻帶著大批軍警親臨報社，要求報紙第二天不得刊發關於新四軍真相的文章。
麵對檢察官的突襲，總編輯章漢夫客氣而不失強硬地與他周旋。
時任編輯部主任的石西民當時也在場，日後他對章漢夫與檢查官的對話做了詳細記錄：
章漢夫：我看幹這種事，對你也沒什麼好處。你過去在什麼學校畢業？
檢查官：燕京大學。
章漢夫：為什麼幹新聞檢查官？
檢查官：一個人總得有個職業嘛，我學過新聞。
章漢夫：你是個大學畢業生，看你年紀輕輕，什麼事不能幹？要去幹這種很不名譽的差使。這對你有什麼好？真替你惋惜！
檢查官漲紅了臉，神態困惑：唔，唔，啊，啊，哈，哈，好說好說。
章漢夫：你們以為檢扣了《新華日報》揭露圍殲英勇抗日的新四軍的真相的新聞，不準刊登，就可以一手遮天，人民就不會起來反對你們了嗎？這絕對辦不到的，我們明天的報紙上可以不登揭露事實真相的新聞報道，但是這種倒行逆施的勾當如果不堅決製止，休想不受到懲罰。你們幹的罪惡勾當，快要人神共憤了！
檢查官：章先生，咱們是為了公事。我辦完了就走，我無意來同你吵架。哈哈。至於說新四軍嘛，不聽中央軍令，總是不對的吧！
章漢夫：新四軍奉我黨中央命令北撤，有什麼不對？隻有日本帝國主義才下得了圍殲一支抗日軍隊的命令。究竟要聽什麼命令？你說？
檢查官：不談這些了，章先生說明天報上不登“免登”的新聞，那就好了。
章漢夫：我們明天一定不登揭露的新聞，但是你們也休想能一手掩盡天下耳目。就這樣，我們說過的話算數。不登就一定不登，你走罷，半夜三更待在這山溝裏幹什麼？
檢查官：好，好，好！不登就好，大家都好。我再坐一下，等報紙印出來了再回去。
章漢夫：還不放心？共產黨說話，一就是一，二就是二。
檢查官：唉，唉，沒有別的意思，職責所在嘛！
章漢夫：你這樣賣力，大概可以受獎升官了吧！
檢查官：哦，哦，好說，好說。
……
最終《新華日報》的工作人員排出了兩個版本，一個版刊印周恩來的題詞，一個版應付檢查。
新聞檢查官看了沒什麼問題的版本後，滿意地撤了。
印有周恩來題詞的報紙，則加速印刷，提前印出來一批，分發出去。
第二天，報丁和報販賣報時高喊：“周恩來題詞，向江南死國難者致哀！”“抗議反動派解散抗戰有功的新四軍！”
國民黨發現後，動用大量軍警，滿街搜查，見《新華日報》就撕，見人讀《新華日報》就抓。18日的報紙銷量比平日多了好幾倍，甚至有報販乘機漲價，原價兩角一份，最高漲到五元一份。一個美國記者在重慶街頭搶到最後一份，花了十美元，成為國統區新聞界奇談。
此後，國民黨對《新華日報》的檢查則變本加厲，一度導致因為被斃稿太多而減少出版版麵。同時，為了保證安全，報館也疏散了大量人員。四川大學已退休新聞學教授、曾任《新華日報》史學會成都分會理事的向純武告訴《中國周刊》記者，皖南事變後，報館人員從之前的五六百人減至一二百人。
1945年8月15日，日本宣布無條件投降。《新華日報》帶頭在國統區掀起拒檢運動。當年9月1日，《新華日報》發表社論《為筆的解放而鬥爭——“九一”記者節所感》：
……有消息不能報導，有意見不能發表，每天做應聲蟲，發公式稿，替人圓謊，代人受罪，在老百姓中間造成了“報紙上的話靠不住”的印象，圓謊八年，把中國新聞事業的聲譽和地位作踐無餘；而使我們羞慚的是在這麼長的年月中，中國新聞記者竟默認了這種不合理的製度，不僅不能用集體的力量來打碎這種銬在手上的鏈子，掙脫縛在喉間的繩索，居然有不少自稱新聞記者的人為這種製度辯護，用國情不同之類的話來替這種製度開脫，甚至有人由新聞記者搖身一變而為檢查官，用剪刀和紅墨水來強奸人民的公意。
拒檢運動聲浪迭起，國民黨被迫做了部分放鬆檢查的讓步，但在內戰爆發後就再次收緊。
內戰爆發後，1947年2月27日，國民黨終於痛下狠手，查封了重慶《新華日報》。
解放後，章漢夫離開新聞界，從事外交工作，擔任過外交部副部長。後在“文革”中被打倒，1972年病逝於秦城監獄，1979年獲平反昭雪。