從8月28日開始，周恩來先後同蔣介石、白崇禧、何應欽進行會談。周恩來稍作讓步。但蔣介石、白崇禧寸步不讓，堅持要求八路軍、新四軍一律開到黃河以北，遊擊隊留在當地，交給戰區司令長官指揮。對此，周恩來也加以拒絕。
9月，周恩來向國民黨提出關於調整作戰區域以及遊擊部隊的三項辦法。一是擴大第二戰區到山東全省及綏遠一部；二是給八路軍、新四軍及各地遊擊部隊全數發餉；三是各遊擊隊留在各戰區劃定作戰界線，分頭擊敵。
周恩來提出的要求，被國民黨方麵擱置起來了。
正在此時，日軍調集兵力5000餘人，在飛機機群掩護下，由南陵向銅陵、繁昌地區新四軍“掃蕩”，新四軍在葉挺率領下奮起抗擊，給日軍以猛烈攻擊，消滅日軍數百人。7日，日軍東轉大嶺、小嶺並向涇縣縣城進犯，守軍第52師棄城潰逃，涇縣縣城陷落。新四軍軍長葉挺率部追至涇縣，在涇縣南關與日軍激戰。8日，新四軍繼續猛攻，日軍潰敗，焚涇縣縣城南門阻止新四軍追擊，經北門向南陵退去。9日，新四軍克複涇縣，並向南陵攻擊。
此戰，新四軍共殲滅1000多日軍，擊潰了日軍的“掃蕩”，新四軍再展軍威。
新四軍自建軍以來，各部在抗戰中不斷開辟新根據地，打擊日軍，同時也擴大了自身的武裝力量。除彭雪楓部發展到1.7萬人之外，還有新四軍第四支隊高敬亭東進不力，1939年5月5日，葉挺親至廬江東湯池，建立新四軍江北指揮部，加強和統一江北地區新四軍部隊的領導，由張雲逸兼任指揮，徐海東任副指揮，賴傳珠任參謀長，鄧子恢任政治部主任。
6月，江北指揮部整編部隊，由徐海東兼任第4支隊司令員。以第4支隊第8團為基礎成立第5支隊，司令員羅炳輝，政委郭述申。充實加強了江北遊擊縱隊，司令員孫仲德、政委黃岩。
部隊整編後，第4、第5支隊分別開赴津浦路西、路東地區開展遊擊戰爭，經過兩個多月的作戰，第4支隊開辟了定遠東南藕塘為中心的津浦路西根據地。第5支隊開辟了以來豐半塔集為中心的津浦路東根據地，兩個支隊的兵力增至1萬多人。並於12月下旬粉碎了2000餘日軍的掃蕩。
1940年3月，新四軍第4、第5支隊取得了半塔集自衛戰勝利。9月5日至17日，粉碎了日偽軍1萬餘人對津浦路東抗日根據地的大規模圍攻和掃蕩，鞏固了皖東抗日根據地。
1939年1月，李先念率新四軍兩個遊擊中隊和幹部隊共計不足300人，自河南確山竹溝出發，挺進鄂豫抗日前線。6月，與陳少敏所部信陽挺進隊會師，統一成立新四軍豫鄂獨立支隊。李先念任司令員，陳少敏任政治委員（後由陶鑄代理）。1940年1月，將鄂豫邊區各地抗日武裝合編為新四軍鄂豫挺進縱隊，李先念任司令員，朱理治任政治委員。隨後，鄂豫挺進縱隊向大別山進軍，年底創建了鄂豫邊根據地，部隊發展至1.5萬餘人，為中原地區堅持敵後抗戰打下了基礎。
新四軍第1、第2支隊在向敵後發展的鬥爭中，打擊了日偽軍，壯大了自己。江南部分到1940年，部隊由出發時的4000餘人，發展到1.4萬餘人。
在皖南，1939年，譚震林率新四軍第3支隊開赴銅陵、繁昌一帶開展遊擊戰爭，向日軍進行了200多次戰爭，部隊也發展到近萬人。1940年4月和10月，皖南新四軍粉碎了日偽軍兩次大規模掃蕩，鞏固了皖南抗日根據地。
到1940年底，新四軍已發展到近10萬人。華中抗日根據地已擴大到大江南北許多地區，根據地人口達1300萬。
中共武裝力量在抗戰中的迅速擴大，引起了蔣介石集團的不安。蔣發現中共軍隊經國民政府承認發餉者，隻有3個師4.5萬人，而實際上卻有50萬人。此時，由於百團大戰後，日軍將戰略重點轉向華北，對國民黨軍的壓力大大減弱，國民黨軍完全可以騰出手來對付中共及其武裝力量。
蔣介石已處於德、意、日和英、美以及蘇聯這三個陣線的爭奪之中。他自居成都，讓其夫人宋美齡及親英美派親近英、美；讓桂永清、朱家樺拉攏德、意；又讓親日派與日本談和；讓孫科與馮玉祥親蘇。則指示何應欽與白崇禧積極反共。
1940年10月19日（皓日），蔣介石以國民黨政府軍事委員會正、副參謀總長何應欽、白崇禧的名義，致電朱德、彭德懷和新四軍葉挺，命令黃河以南的中共軍隊限1個月內，全部開到中央提示案第三問題所規定的作戰地境內，即黃河以北。將抗戰以來國共軍事摩擦的根源歸結於八路軍、新四軍不守戰區範圍自由行動；不尊編製數量自由擴充；不服從中央命令破壞行政係統；不打敵人專事吞並友軍。
日軍自1939年3月下旬攻占南昌後，中日雙方軍隊為爭奪南昌及外圍據點多次針鋒相對，高安數次易手。日軍在占據武漢後，贛北與鄂南成為南方防線第一前線。由於這塊地盤處於長江以南，是半壁江山的天然屏障。襄河兩岸、長沙外圍、贛西上高與高安之間，浙江紹興與衢州一線，成為中日軍隊必爭之戰略要地。