第二天上午，三國外長在科茲列宮舉行會議，會談就建立美、蘇、英三國外長定期協商的常設機構達成協議：每隔三至四個月，輪流在美、蘇、英三國的首都華盛頓、莫斯科和倫敦舉行一次外長會議。
2月5日下午4時，第二次全體會議在利瓦吉亞宮開始。美國總統羅斯福由一個黑人侍者推著乘坐的輪椅走出來，他分別與迎上來帶著嚴肅表情緩步走來的斯大林、手夾一支大號雪茄的丘吉爾一一握手，他麵帶笑容，幾乎看不出病態。
這次會議要討論的政治問題卻存在著不同的認識，出現了嚴重的分歧。特別是蘇聯領導人斯大林與英國首相丘吉爾之間，經常就某個問題進行激烈的爭執。盡管如此，由於兩種社會製度的國家各方之間，都是抱著良好願望和合作的誠意的，所以，仍保持了相互合作的態度，並做出了協調一致的決定。這當然與會議主席羅斯福總統能夠從容不迫、極有分寸、善用調和語言表述雙方分歧，化解矛盾的天才分不開的。
會議的重要政治問題之一，是關於未來德國問題。三國首腦就打敗德國後的政治問題和強迫法西斯德國接受無條件投降的計劃達成了共識。根據共識，將在德國建立歐洲協商委員會，在德黑蘭峰會上，英美蘇曾初步劃定了幾個占領區：德國東部為蘇聯占領區；德國西北部為英國占領區；德國西南部為美國占領區。柏林區由盟軍共同占領。德國投降後，美、蘇、英三國武裝力量總司令在各自占領區內，行使德國的最高權力。有關全德國性質的問題，應由盟國對德管製委員會解決。
這時斯大林問起關於怎樣肢解德國的問題：我們是否需要一個或幾個政府，或者是隻要某種形式的行政機構？如果希特勒無條件投降，我們應當保存他的政府或是拒絕跟它打交道？
在德黑蘭，羅斯福曾經建議把德國分成5個部分，斯大林表示過同意。而丘吉爾卻反而躊躇不定，隻希望把它分為普魯士和奧地利－巴伐利亞兩部分，而把魯爾和威斯特伐利亞放在國際共管之下。
丘吉爾說，我們大家都同意德國應當肢解，但是實施的辦法過於複雜，不能在幾天內解決。羅斯福建議由外長們在24小時之內製定出一個研究這個問題的計劃。在一個月內製定出一個肢解德國的確切計劃。
美英想把德國作為今後反蘇的一股力量，蘇聯代表團堅決阻止這一決定。經過協商，雅爾塔會議通過了一項最重要的決議，就是有關消滅德國戰爭機器和法西斯的決議。
三大國首腦一致表示：我們堅定不移的宗旨，是消滅德國軍國主義和納粹主義，確保德國再也不能破壞世界和平。
會議決定：解除德國武裝，解散德國全部武裝力量；永遠消滅德國總參謀部；取締並銷毀德國的各種武器裝備；對整個德國的工業實施全麵管製，這個方麵，美英首腦主張把德國變為一個農業國，由於斯大林的反對而沒有形成；對所有戰犯進行公開審判。
隨後，斯大林請麥斯基說明蘇聯所擬定的，關於責成德國賠款和拆除其軍火工業的計劃。丘吉爾說，上次戰爭的經驗是令人十分失望的，因此我不相信有可能從德國索取像麥斯基建議的，單獨付給蘇聯的那樣大的數目。英國也同樣蒙受了重大損失，許多建築物遭到破壞。我們喪失了許多國外投資，並麵臨著如何大量增加出口以償付所需的糧食進口問題。我懷疑這些負擔能否由德國賠款而切實減輕。其他國家也受到損失，也應當予以考慮。
斯大林提出：“眾所周知，蘇聯在戰爭中遭受損失最大。蘇聯人民在抗擊德國法西斯的鬥爭中，以2千萬人的血肉身軀換取了今日的勝利。法西斯強盜在蘇聯被占領土上給蘇聯人民造成了巨大的災難，直接損失就達6千7百90億盧布。這個數字是駭人聽聞的，是其他國家無可相比的。因此，蘇聯政府接受德國戰爭賠款的50%部分，這並不算過分。”
果然如斯大林所料，丘吉爾聽到斯大林發言，心中一驚，他不希望這個已經在戰爭中受到重大創傷的共X黨國家盡早醫治戰爭創傷，希望這個國家永遠是個殘廢，喪失與美、英抗衡的能力。他直截了當地說：“我想我們的政府不會同意蘇聯政府的建議。這樣，對於世界上其他反法西斯國家來說，未免顯得不公平！”
羅斯福不想因為這個問題影響會議順利進行，他立即勸解地說：“我剛才聽斯大林估計德國戰爭賠款應為200億美元，若是賠償蘇聯百億美元，應該說，與他們所蒙受的損失相比，並不算多，而我們所得到的百億美元，也不應該嫌少。”
丘吉爾見羅斯福這樣說話，遂同意了蘇、美代表團的意見。三國首腦同意以此建議為討論基礎，由即將在莫斯科成立的賠款委員會商討決定。
接著，他們把話題轉到關於謀求和平的世界工具方麵。羅斯福說，在美國輿論是起決定作用的。如有可能同意敦巴頓橡樹園提議或與之相似的提議，他的國家似乎更有可能為組織全世界的和平而全力以赴，因為對於這樣一個世界組織在美國是能夠取得廣泛支持的。
還是1944年12月5日，羅斯福曾向斯大林和丘吉爾提出過新建議。建議聯合國家設立安理會，安理會的每個理事國應各有一票。任何一項決議，須在11個理事國中取得7個理事國投票讚同方能付之實行。
至於一些較大的事情，如接納新會員進組織或開除出組織，製止和解決爭端，限製軍備和提供武裝力量等，均應取得全體常任理事國的一致同意。換句話說，除非“四大國”一致同意，否則安理會是沒有實權的。如果美國、蘇聯、英國或中國不同意，那麼就可以拒絕同意和製止安理會采取任何行動。這就是否決權。
羅斯福的建議含有另一個獨到之處是，爭端可以采取和平的方法解決。這樣的話，也要取得7票，而且常任理事國4大國都得同意才行。但如果安理會的任何一個理事國（包括四大國）牽涉在爭端裏，該理事國隻有討論權，而沒有表決權。