第二，儒家管理思想沒有形成實踐中的協商機製，導致黨爭不斷。儒家學說特別推崇君子小人之辨，“親君子，遠小人”被人們看作政務之要。然而，何為君子，何為小人，在理念上能說清楚，在實踐中難區分。君子小人之辨源於義利之辨，儒學強調重義輕利，乃至義利對立，進而把義利之辨同性善性惡、忠正邪佞等概念聯係起來。在學術研究中以及在谘詢顧問中，強調君子小人之分，可以產生警誡效應。然而，在實際政務中、尤其是在現任官員中區分君子小人，是一件十分困難的事情。就一事一時的言行斷定一個人的品質，多不靠譜。王安石變法中，正是因為新法有明顯的為國求利傾向，抨擊王安石為小人的言論十分普遍。而反過來，王安石則視反對變法者為奸佞，為苟且。過去，人們還恪守“君子群而不黨”的古訓，自從歐陽修《朋黨論》一出，君子有黨而小人無黨之說開始產生影響，黨爭越來越嚴重。但是，歐陽修所謂君子以義結黨、小人以利相趨的論斷，又會帶來理論上的混亂。其混亂的根源在於把政見之爭變成道德之爭，把權利之爭變成人品之爭。從義利關係上看，任何人都不可能完全沒有自身利益，把義利對立絕對化，就在邏輯上有可能將任何追逐自身利益的人劃進小人行列。於是，很有可能在實踐中導致君子小人劃分的任意性。這種任意性會對政務實踐帶來極大的負麵影響。王安石試圖在儒家學說的框架內實現義利統一，但他的義利觀立足於國家本位，背棄了儒家本來的民本思想，所以他無法答複司馬光站在民本立場上對他的質疑，僅僅以名實相副、言行一致為自己辯解，未能給不同政見在實踐中的共存找到一條出路。司馬光執政後同樣如此，照樣不能容忍不同政見者。他自己就言：“君子得位，則斥小人；小人得勢，則排君子。此自然之理也”（見《資治通鑒》唐大和八年“臣光曰”）。在元祐更化期間，不僅有針對熙豐黨人的文字獄（如打擊蔡確的車蓋亭詩案），而且出現了朔黨（劉摯一派，接近司馬光）、洛黨（二程一派）、蜀黨（蘇軾一派）的分化。從北宋後期的黨爭實際來看，信奉儒學的士大夫在政務實踐中缺乏對不同政見的容忍，更沒有建立起協商讓步的機製。導致黨爭變成以人劃線和站隊。元祐四年，範純仁向哲宗上奏不要劃分新黨舊黨，說：“竊以為朋黨之起，蓋因趨向異同，同我者謂之正人，異我者謂疑為邪黨。既惡其異我，則逆耳之言難至；既喜其同我，則迎合之佞日親。一直真偽莫知，賢愚倒置。國家之患，何莫由斯。”（《國朝諸臣奏議》卷76）但範純仁的建議未被采納，黨爭越來越嚴重。由熙豐年間排斥反對變法的舊黨，發展到元祐更化徹底否定主張變法的新黨，再到哲宗紹聖更嚴厲地打擊司馬光一黨，直到徽宗繼位後立“元祐黨人碑”，打擊異黨的力度越來越強。反對王安石變法的程顥曾說過：“新政之改，亦是吾黨爭之有太過，成就今日之事，塗炭天下，亦須兩分其罪可也。”（《河南程氏遺書》卷2上）有一則軼聞，可以看出黨爭影響之深遠：紹聖時，司馬光之黨遭到朝廷全麵貶斥，南京排岸司的長官為馬從一，適逢轉運使來視察，誤將“排岸司馬從一”當作複姓司馬，當即怒斥不已。聽到當事人為湖南口音時，轉運使發問道：“湖南亦有司馬氏乎？”馬從一哭笑不得，隻好解釋道：“某姓馬，監排岸司耳。”轉運使態度和藹了許多。這種態度變化的原因，是他斷句失誤把馬從一當作司馬光同族。此後，這位馬從一隻好把自己名刺上的“司”字刪掉，變為“監南京排岸馬從一”（《宋稗類鈔》卷6）。如此排斥異己，這是儒學治國的悖論。
從儒家思想自身來看，很多人都將“修齊治平”的實踐路線視為理所當然，但是，人們往往看不到這一路線的邏輯缺環。宋儒的困境，就出自沒有在由“修齊”到“治平”之間找到銜接的技術手段。儒家學說在自身修養上已經形成了嚴密完整的體係，然而，由修身到齊家就已經底氣不足。儒學中的君子小人之辨，在培育造就君子人格方麵無可挑剔而且成就璀璨。問題是任何家庭不可能都是清一色的君子，即便是堯舜級別的聖人，也會遇到不成器的家人。舜所麵臨的就是“父頑，母嚚，象傲”（《尚書 · 堯典》）。所以，自身之修並不能保證家庭之齊。但是，家庭中如果出現小人，又不能趕出家門，除了以慈愛孝悌對待他們以外別無他法。在經驗層次上，前人對處理家庭關係總結出一個“忍”字，暗含著修與齊之間銜接的曲折。《舊唐書 · 孝友傳》記載壽張有位張公藝九代同居，唐高宗問他治家之道，他一言不發，拿來紙筆，寫了上百個“忍”字，高宗為之感慨流涕。從齊家到治國則明顯存在斷裂，儒學理論中沒有把治家之道推廣到治國之道的邏輯延展。人們能見到的是治國強調君子與小人“冰炭不同爐”、“薰蕕不同器”，隻許君子講話，不容小人發聲，這是儒家管理思想的一個極為重大的缺陷。
另外，儒家思想強調“和”，而且形成了“君子和而不同，小人同而不和”的評判標準，然而，這一標準隻能貫徹於認識論領域，到了實踐論領域就不靈光；真正的儒者可以在修身時堅持這一標準，而在理事時就難以一以貫之。以宋代的史實看，正是堅守“和而不同”信念的諸位君子，在執掌大權時卻黨同伐異，隻有同而沒有和。這種現象，在儒家管理思想踐行中十分常見，值得後人深思。