熙寧年間推行新法過程中爭議不斷，王安石一概不聽。由於神宗對王安石高度信任，反對變法者都被陸續貶斥出朝。由此，不同意見的爭論，逐漸變成了派係之爭。王安石重用的呂惠卿和韓絳，這兩人被他人稱為“護法善神”和“傳法沙門”。在關於新法的爭議中，大臣的對立日趨激烈；新法實施中引發的利益衝突，也使社會的不安定因素大大增加，到熙寧七年，旱災導致饑民流離，監安上門的鄭俠給神宗獻上《流民圖》，以展示民間之苦，加上“去安石，天必雨”的社會傳言，兩宮太後“安石亂天下”的告誡，最終使神宗下定了決心，免去王安石宰相之職。作為補償，將王安石的行政級別由禮部侍郎“超九轉”為吏部尚書，以觀文殿大學士知江寧府。
王安石罷相，神宗並未廢除新法，而是繼續重用呂惠卿和韓絳推進變革。也許，神宗以為變法出現的各種問題不過是由於王安石性格過於執拗引發的，新法並無大錯。但呂惠卿很快就顯示出小人得誌的一麵，利用執政的權勢排擠他人，任用私人，與韓絳也發生了矛盾。在韓絳的建議下，神宗於熙寧八年召回王安石再度拜相，加銜尚書左仆射兼門下侍郎。但此時神宗與王安石之間的關係已經不再像熙寧初年那樣君臣相得，更不可能再推心置腹，而是互有芥蒂。加上呂惠卿與王安石之間互相揭發，使神宗大失所望。王安石的愛子王雱陷入這種互相攻訐之中，不遺餘力地要徹底放倒呂惠卿。王安石自己逐漸對功業心灰意冷，尤其是王雱在33歲上就疽發身亡，更使他受到極大打擊。熙寧九年，王安石二次罷相，以鎮南軍節度使頭銜判江寧府，賜蔣山太平興國寺常駐。次年不再判江寧府，以集禧觀使養老，徹底退出政壇，封舒國公，元豐二年改封荊國公，元祐元年去世。其時哲宗即位，太後高氏垂簾聽政，重用司馬光等反對變法的舊臣，盡廢熙寧新法，史稱元祐更化。
王安石變法在當時就爭議極大，在推行變法過程中他輔之以黨同伐異的組織手段。元祐更化廢除新法的舉措，又把政見之爭變成賢佞忠奸之爭，有矯枉過正之嫌。待宋哲宗親政後，推崇其父神宗，改元紹聖，貶斥司馬光等，立元祐黨人碑，新舊黨爭變成水火不容的人事之爭。此後，這種政策翻燒餅以及官吏大換班的黨爭，一直持續直到北宋亡國。所以，南宋就有人把北宋之亡歸咎於王安石變法。此後，關於王安石的評價成為曆史上爭論最激烈的話題之一，有人把王安石與西漢王莽、南宋賈似道相提並論，多數對王安石評價不高，但也有一些人認為王安石是一世之偉人。明代正德時的楊慎，把王安石與商鞅相比，認定“宋之南遷，安石為罪之魁”；“合莽、操、懿、溫為一人者也”（《丹鉛總錄》卷9）。清代王夫之在《宋論》中更是全麵否定王安石，認為所謂變法不過是小人推行苛政。而明代嘉靖時的章袞，清代乾隆時的蔡上翔，則都肯定王安石變法的正麵作用。到近代，在社會動蕩的大變局中，有些學者重新審視北宋的熙豐變法，以梁啟超為代表，聲稱王安石是三代以下之完人，並把他比作英國的克倫威爾（《王荊公》，載《飲冰室合集》第7冊）。至今，關於王安石的評價，依然在學界見仁見智。
王安石不同於單純的政客官僚，他的本質是一個學者。“某自百家諸子之書，至於《難經》《素向》《本草》、諸小說無所不讀，農夫女工無所不問。”（《臨川集·答曾子固書》）神宗選擇宰相時，韓琦就有不同意見，“安石為翰林學士則有餘，處輔弼之地則不可。”所言正是相信其學問文字而懷疑其輔政能力。在任命王安石為參知政事時，神宗還說：“人皆不能知卿，以為卿但知經術，不曉世務。”在信任中透露出下意識地對書生從政的疑慮。王安石則回答道：“經術正所以經世務，但後世所謂儒者，大抵皆庸人，故世俗皆以為經術不可施於世務爾。”理直氣壯地強調儒學的經世一麵。不管外界對熙豐新法如何評價，在王安石自己看來，變法正是把儒學推向治國實踐的手段。所以，探究王安石變法的思想本原，對儒學管理思想的實踐層麵研究具有重要意義。