元實行四等人製，元朝建立後，蒙古人作為統治民族列為第一等級。其次根據所征服地區民族的時序，又依次分為色目人、漢人、南人三個等級。
並認為四等人的政治待遇有所區別，在任職、科舉、刑律等方麵，均有不同的待遇。
元中期政變頻繁，政治始終未上正軌。後期政治腐敗，權臣幹政，民族矛盾與階級矛盾日益加劇，導致元末農民起義。
1368年，朱元璋稱帝建立明朝，隨後北伐驅逐元廷攻占北京。
此後元廷退居漠北，史稱北元。1402年，元臣鬼力赤篡奪政權建立韃靼，北元滅亡。
明朝（1368年―1644年）是中國曆史上最後一個由漢族建立的大一統王朝，共傳十六帝，享國二百七十六年。
明初曆經洪武之治、永樂盛世、仁宣之治等治世，政治清明、國力強盛。
中期經土木之變由盛轉衰，後經弘治中興、嘉靖中興、萬曆中興國勢複振，晚明因東林黨爭和天災外患導致國力衰退，爆發農民起義。
1644年李自成攻入北京，崇禎帝自縊殉國，明朝覆滅。
明朝宗室在江南建立南明，隨後清朝趁亂入關，擊敗大順、大西、南明弘光、隆武、紹武等諸政權。
1662年永曆帝被殺，南明覆滅。1683年清軍攻占台灣，奉明正朔的明鄭覆滅。
明代疆域囊括漢地，明初東北抵日本海、外興安嶺，後縮為遼河流域；北達陰山，後撤至明長城；西至新疆哈密，後退守嘉峪關；西南臨孟加拉灣，後折回約今雲南境；並在青藏地區設有羈縻衛所，還曾收複安南。
明代手工業和商品經濟繁榮，出現商業集鎮和資本主義萌芽，文化藝術呈現世俗化趨勢。
據《明實錄》所載人口峰值為7185萬，但大部分學者認為實際逾億，也有學者指出晚明人口接近兩億。
明朝是繼漢唐之後的黃金時期。
明代，無漢之外戚、唐之藩鎮、宋之歲幣，天子守國門，君王死社稷。
清朝康熙皇帝對明太祖評價為“治隆唐宋”，《明史》評價明成祖為“遠邁漢唐”。
明朝，是一個讓人敬佩的王朝。
奴兒幹都指揮使司（簡稱“奴兒幹都司”）是中國明代政府設置於黑龍江、阿速江（今烏蘇裏江）、鬆花江以及腦溫江（今嫩江）流域的地方軍政機構。
洪武年間，黑龍江下遊奴兒幹地區的元代故臣多歸降明政府。
永樂九年（1411），正式開設奴兒幹都司，為明政府管轄黑龍江口、烏蘇裏江流域的最高地方行政機構。都司的主要官員初為流官，後為世襲。
在此期間，明朝在鬆花江上建成了造船廠，有著名的阿什哈達摩崖石刻為證。
其境內的蒙古、女真、吉裏迷、苦夷（苦兀）、達斡爾等族人民，多以漁獵為生。轄區內分置衛所，明朝政府還任命各族首領掌各衛所，給予印信，仍其習俗，統其所屬，以時朝貢。
貢物有海東青、貂皮、馬匹等土特產品，相當於內地的賦稅。明政府在元代驛站的基礎上，恢複了奴兒幹通往內地的驛傳，密切了奴兒幹同明廷的政治聯係、經濟往來和各族人民之間的友好關係，促進了當地社會經濟的發展。
奴兒幹都司治所在黑龍江下遊東岸的奴兒幹（今特林），下距黑龍江口約200千米。派到奴兒幹都司的官員和駐防軍都在這裏。有衛、所四百餘，屯駐軍隊，轄區東至海，東北包有庫頁島，西至斡難河（鄂嫩河），南接圖們江，北抵外興安嶺。
明永樂十一年（1413）與明宣德八年（1433）曾二次在特林修建永寧寺，並立有二碑。記載於19世紀許多中外文獻的特林永寧寺的兩塊石碑，一塊刻有《敕修永寧寺記》，分別由漢語及蒙古文與女真文寫成；另一塊有漢語碑文《重建永寧寺記》，記錄了明政府管理和經營奴兒幹都司的事實。
清光緒三十年（1904），二碑被俄國劫去，今藏於海參崴博物館。
16世紀末至17世紀初，以努爾哈赤為首的建州女真逐漸取代了明朝對黑龍江地區的統治。
東北方向在成祖時期開拓極遠，設奴兒幹都司於黑龍江口，轄區遠至南西伯利亞，其地極北苦寒，道路不便，女真人也多有叛亂。
至宣德末年，宣宗逐放棄開拓西伯利亞的計劃，內遷奴兒幹都司於三萬衛（今遼寧開原）。於是帝國在東北方向的擴張停滯，大致為直接管理遼寧，而對以東和以北的女真部落以衛所製度進行統治。
至明末女真興起，逐亡天下，宣宗亦有責任焉。女真在明朝初期分為建州女真、海西女真、東海女真三大部。後又按地域分為建州、長白、東海、扈倫四大部分。
1615年，建州女真首領努爾哈赤在新賓縣二道河子畔的赫圖阿拉城稱汗建國，國號稱為“大金”，史稱後金。1635年皇太極改為滿州族。