十九年前，地球的生態進入最後八十年的倒計時，人類移居其他星係的計劃提上議程，按照預定的安排，這個名叫“方舟”的計劃將在未來四十年內完成，而後的十年用於人類的整體遷移。
奧爾特星雲戰役結束半個世紀後，聯邦政府與星盟締結了和平共識與盟約，之後統稱為聯邦政府。但對於“方舟”計劃的實施，雙方並未協作，彼此都擔心自身的科技被知曉，於是，雙方在默認的情況下，自行開始了“方舟”計劃。
正值兩個政府努力研發之際，一場突如其來的強烈太陽風暴令所有的電子設備癱瘓。
與此同時，天文台收到少數人群的信息：看見天空突然出現三根柱狀升騰的雲，詭異而纖細，隨後又突然消失不見。天文台根據信息來源，對天際進行長達一周的觀測，未果。最後，結合彙報人數並不多的原因，確認為幻覺。
羅肯是目睹並彙報這一現象的其中一個。當時他的妻子正在產房生子，初為人父的他坐立不安，徑直走到窗邊，他的目光越過翠綠的小樹林，望向碧空，三根柱狀升騰的雲突然顯於半空，十秒後又突然消失，他思忖著眼前奇異的景象，一陣嬰兒的啼哭卻把他拉回現實，他調轉方向，往產房走去。看著母子平安，方才緊張的表情漾起笑容，他溫柔的親吻了妻子的額頭，又輕撫了兒子圓潤白皙的臉蛋。
“看，長的多像你！”妻子稍顯疲憊的看著腋下的兒子。
“那有，鼻子和嘴巴也很像你！”羅肯笑著，又在妻子的額頭留下唇印。
“以前就定好的，是兒子就叫羅伊。”妻子拉著羅肯的手。
“恩恩，就叫羅伊！”
兩人看著酣睡中的小羅伊，幸福的笑了。
一周後，他們抱著兒子出院返家，待兒子熟睡後，羅肯想起了之前所見的奇異景象，便向妻子提及。其實，在早些時候，他便通過新聞了解到奇異景象發生當天一股太陽風暴來襲，難道與太陽風暴有關？亦或是自己那幾天太累，產生的幻覺？同時天文愛好者的妻子，提議用天文望遠鏡，再次確認。他們目不轉睛注視著夜幕的蒼穹。良久，當他們準備去看看兒子時，柱狀升騰的雲出現了。借著望遠鏡，他們看見柱狀雲層被淡淡的藍色霧氣環繞，周圍散布著微茫的光點，仿佛崩塌的碎片，並且其中一顆正在向他們的方向靠近，光點的輪廓漸漸顯現——長條六邊形發光的物體，突然物體發出刺眼的光芒，他們來不及閉眼，待眼睛恢複後，柱狀雲層消失了，彼此麵麵相覷，隨即撥通了天文台電話。
之後的幾天，他們多次觀察，一無所獲。但另一件始料未及的事發生了——臭氧層在逐漸消失——地球生態倒計時加速三十年。一時間，世界失控，流言四起，各種呼聲與質疑此起彼伏，多是“方舟”計劃能否提前完成。迫於壓力各國元首方才同意共同協作，組建國際政府，旨在盡早完成“方舟”計劃。
隨後的兩年，身為醫生的羅肯發表多篇頗具價值的科學論文，從而進入國際科研部，並主導研發了人工臭氧層，令地球生態時間回歸如初。期間，由他主導的多個項目均被國際社會認為能夠改變人類命運（包括“方舟”計劃）。但是，繁忙的工作卻讓他無法享受兒子的成長，於是，他製作了一個名叫“黛比”的人造人，陪伴小羅伊。一年後，悲劇發生，羅肯夫婦被發現死於家中，凶手被認定正是他親手製作的人造人——黛比。羅肯的遇害，導致由他主導的多個項目被迫暫停。國際政府發言人在新聞稿如實說道：“失去羅肯教授的‘方舟’計劃，完成時間將比之前預期推遲十年。”
那一年，小羅伊三歲，失去雙親的小羅伊被國際政府帶到了南太平洋的一座人工島嶼。人造人黛比被收押，國際政府企圖從其程序中，尋得羅肯夫婦被害線索。
連同黛比被一同帶回的實驗室的還有她手中的小熊布偶，分析師莉莎對黛比的線路、係統和程序進行分析，幾天的分析比對、數據還原終是徒勞——所有數據全被刪除，換言之，這具人造人如今隻是一副鐵皮的軀殼，毫無任何價值。聯邦政府在收到莉莎發來的分析文件後，心裏產生了諸多疑惑，到底是誰刪除了黛比程序的所有數據？亦或是莉莎對分析報告做了手腳？種種猜測令本就撲朔迷離的案件進入僵局。無奈之下聯邦政府決定暫且將黛比、小熊布偶一並放入堆滿報廢機械的倉庫。