“黨錮之禍”是東漢後期統治階級內部宦官、外戚兩派長期鬥爭的產物。
外戚當權，即殺戮和罷免一大批宦官，而提拔重用他們的同黨；反之，宦官掌權，則大殺外戚集團，罷免和壓製外黨。
桓帝時，一批比較正直的士家豪族和“名士”出身的封建官僚，聯合3萬多太學生，一起反對宦官集團。
宦官則近水樓台控製了桓帝，捏造對手罪狀進行反擊，桓帝不得不下令逮捕了李膺、陳實、杜密等200餘人，並對逃亡者懸賞追捕。這就是發生於延熹九年的第一次“黨錮之禍”。
後來，由於外戚集團的支持，桓帝下令開赦李膺等200人。
不久，外戚與黨人聯合起來計議誅殺宦官，泄秘後反被宦官先發製人，陰謀陷害，將李膺、杜密等200餘人一並下獄處死。
之後，宦官為斬草除根，又在全國各地陸續逮捕“黨人”。
靈帝建寧元年，下詔各州郡查究“黨人”，凡“黨人”及其門生、故吏、父子、兄弟現居官位者，一概免職禁錮，這就是所謂第二次“黨錮之禍”。
所謂“黨錮”，也就是視為“黨人”而予以禁錮，絕其仕進之路，永遠不許為官。
鄭玄曾為杜密故吏，又曾受杜密的賞識與提攜，所以也被視為“黨人”，於建寧四年和同郡孫嵩等40餘人俱被禁錮。這一年，鄭玄才45歲。
鄭玄被禁錮後，絕了仕進之路，便杜門不出，隱修經業，集中全部精力來進行遍注群經的工作。鄭學的主要成就，都是在這一時期完成的。
漢代經學有今、古文之分。
秦始皇焚書後，漢代有一些老儒生憑記憶背誦出來一些經文，用當時通行的文字記錄並整理出來，叫做“今文經”。西漢成、哀之時，劉向、劉歆父子校理秘書，發現了一部用古籀文字書寫的《春秋左氏傳》，再加上由孔壁所得的《逸禮》、《古文尚書》，和當時尚未立於學官的《毛詩》，便成了古文經的主要經典。
研習今文經的，叫“今文學派”，修讀古文經的，叫“古文學派”。
今、古文經不僅經文有所不同，更重要的是其解說和觀點差異甚大。
兩派各按自己的觀點注經立說並收徒講學，漸成水火不容之勢，以至於發展到相互指責、論辯，相攻如仇的地步。
後來，古文經也被立於學官，取得了合法的地位，兩派的鬥爭更加經常並激烈了。
到東漢時，今、古文經並行，古文學派的影響迅速擴大。
鄭玄進入經學界，正是處於今、古文學派激烈鬥爭之時。
今、古文經學派的相互攻擊，在本質上並沒有什麼進步意義，雖然兩派都各有一些長處。
經學講究“師法”和“家法”：嚴守經師之說毫不走樣，叫做師法；同一經師的不同學生又各自為家，故師法之下又講家法，在遵從師法的前提下才能成一家之言。所以，師法是追溯淵源的，家法是對師說的引伸與發展。
如此“疏不破注”，疊床架屋，致使一經就有數家，一家又有若幹說，各講各的一套，謬誤百出，使後學者不知所從。繁瑣、支離、教條，成了經學的突出弊病。
鄭玄起初從第五元先學習《京氏易》、《公羊春秋》，是屬於今文經學派的。
後來他又跟張恭祖學習《周官》、《左氏春秋》、《古文尚書》，這是屬於古文經學派的。可見他並不專守一師之說，尊一家之言，而是博學多師，兼收並蓄。
他在馬融門下受業多年，而馬融乃是古文經學大師，總的來看，他是傾向於古文經學一邊的。但是，鄭玄並不遵守當時經學中師法、家法那一套，他以自己淵博的學識遍注古文經，注中並不專用古文經學家的釋義，同時也采用了許多今文經學家的解釋。即以古文為主，兼采今文，擇善而從。
在受禁錮的14年中，鄭玄遍注群經。
“鄭注”出現以後，原來各守門戶的今文經學與古文經學，便逐漸不再為人們所信了。
他在當時不僅集古文經學之大成，而且使古文今文融為一爐，獨創了一個新的學派——“鄭學”。
人們轉而崇尚“鄭學”，使之逐漸成為“天下所宗”的儒學。
例如，鄭玄所注的古文經學費氏《易》流行，而今文經的施、孟、梁邱三家《易》便廢止了；鄭注《古文尚書》流傳，而今文經的歐陽、大小夏侯三家《尚書》便散失了；鄭玄箋注了古文經的《毛詩》，而今文經的齊、魯、韓三家的《詩》也就不顯了。
鄭學的出現，使經學的發展產生了重要的變化，它使經學進入了一個“統一時代”。
期間，還有一件事值得一提。
當時有位著名的今文經學大師名叫何休，他用17年的時間寫成了《公羊春秋解詁》一書，對《公羊》一書的內容多所發明。從他的《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《穀梁廢疾》三文中可見，他認為《春秋》三傳中隻有《公羊》義理深遠，象墨子的城防一樣無懈可擊。而《左氏》與《穀梁》二傳則存在嚴重的缺點，根本不值得研究。
鄭玄乃針對他的觀點，著《發墨守》、《針膏肓》、《起廢疾》以駁斥之。他認為三傳各有其優缺點，《公羊》並非十全十美。
何休讀了鄭玄的文章，也帶著歎服的口氣說：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”意思是說鄭玄能從他的文章中找出矛盾，用他自相矛盾的說法來駁倒他的立論。
由於鄭玄對何休的批駁十分有力，使經師和學者們十分驚服。
據說當時京師之人稱何休為“學海”，而稱鄭玄為“經神”，鄭的聲望遠超過何。
當時求學者不遠千裏投到鄭玄門下者甚眾，他的徒黨通於天下。
總之，鄭玄從45歲被禁錮，到了靈帝中平元年58歲才蒙赦令，前後長達14年。在此期間，他打破了經學的家法，注釋與著書“幾百餘萬言”，創立了“鄭學”，在中國經學發展史上做出了無與倫比的突出貢獻。
黃巾農民大起義爆發後，東漢王朝為了平息地主階級內部的紛爭，一期共同鎮壓農民起義，乃大赦“黨人”，這時年已58歲的鄭玄始獲自由。
鄭玄曾先後遊學十幾年，走遍了各地，連大經師馬融都自歎不如，成了全國著名的經學大師。
他著述豐贍，又弟子眾多，在當時是有相當大聲望的。
解除黨禁後，朝廷當政者對鄭玄的大名已早有所聞，於是爭相聘請他入朝擔任要職。
但康成公求名而不求官，羞與外戚閉寺為伍，絕不願涉足仕途，乃屢拒征辟，一心一意從事著書講學的學術工作。
靈帝中平二年，執掌朝廷權柄的外戚大將軍何進為了籠絡人心，首先征辟鄭玄入朝為官。
州郡官吏脅迫起行，鄭玄不得已，隻好入朝去見何進。
何進為表示禮賢下士，對鄭玄禮敬有加，設幾、杖之禮以待之。
鄭玄為保其名士節操，拒不穿朝眼，隻穿普通儒者的便服與何進相見。
見麵後，鄭玄一一回答了何進的問詢，並對其做了建言，最後又鄭重表示了自己堅決不留下做官的強烈意願。
僅隔了一夜，未等靈帝授予官職，他就逃走了。
何進一看“此人實不可奪誌”，也就隻好放任他離去了。
靈帝中平四年，三司府曾先後兩次征辟鄭玄，但他都借故婉言謝絕了。
第二年，鄭玄與荀爽、申屠蟠、襄楷、韓融、陳紀等14人並被征為博士，他以父喪為名未去。
後將軍袁隗表舉鄭玄為侍中，他仍以居喪為理由而拒絕出仕。
中平六年，靈帝死，少帝劉辯繼位，不久董卓廢少帝而立獻帝，遷都於長安。這時，公卿們又舉鄭玄為趙王乾之相，玄借故“戰亂道路不通”，仍舊沒有受召。