他立刻跑到電報房，給張作霖發電，雖然張得到的消息並不比他晚，他還是願意同他一起分享喜悅。
段祺瑞神情亢奮，夜不能寢。他一遍遍設計著政治藍圖，一次次的想著大政方針，好像一統江山成了段家的了……次日，政變消息得到證實。中外報紙都在頭版顯著位置刊登北京政變消息和馮玉祥領銜的主和通電。電文說：
……國家建軍，原為禦侮；自相殘殺，中外同羞。不幸中國自民九以還，無名之師屢起，抗爭愈烈，元氣愈傷。執行者苟稍有天良，宜如何促和平，與民休息；乃者東南釁起，延及東北，動全國之兵，枯萬民之骨，究之因何而戰？為誰而戰？主其事者恐無從作答。本年水旱各災，饑荒遍地，正救死之不暇，競耀武於域中。吾民何辜，罹此荼毒？天災人禍，並作一時。玉祥等午夜彷徨，欲哭無淚，受良心之驅使，作弭戰之主張，爰於10月23日決意回兵，並聯合所屬各軍另組中華民國國民軍，誓將為國為民效用。如有弄兵而禍吾國，好戰而殃吾民者，本軍不恤執戈以相周旋……至一切政治善後問題，應請全國賢達急起直追，會商補救之方，共開更新之局……隨後，馮玉祥又以曹錕名義下停戰令，撤銷討逆軍總司令部，免除吳佩孚直魯豫巡閱使和第3師師長等本兼各職。改參加政變各部隊為“中華民國國民軍”，公推馮玉祥為總司令兼第1軍軍長，胡景翼，孫嶽分任副總司令兼第2、3軍軍長……現在的段祺瑞思想十分脆弱，經常處於患得患失，左顧右盼之中。他知道推翻曹、吳後，他會被擁戴出山的，所以，在天津成立了以秘書、外事、財政、庶務、軍事、聯絡等處的影子政府，負責處理內外事宜。分別由姚震，孫寶琦、曹汝霖、李思浩、魏宗瀚、許世英等人主持。不過，最近從北京傳來消息，使他十分不快。
10月23日，馮玉祥主持召開軍政會議。會上，馮十分推崇孫中山的政治主張，提出隻有實行他的建國方針，才能救中國。因此議電請孫中山北上主政。在先生來之前，先成立以黃郛為首的攝政內閣處理國務。他的提議得到與會者原則確認。這時，孫嶽提出一個權宜之計，他說，中山先生能否北上，願不願北上就職尚不得知，且尤須時日，所以建議暫時請段祺瑞出山……由此看來，他們請他出山，完全是權宜之計，並非真心擁護……不久，各大報發表中山先生賀電：“義旗聿舉，大憝肅清，諸兄功在國家，同深慶幸，建設大計，即欲決定，擬即日北上，與諸兄晤商。”
馮玉祥立即複電：“辛亥革命，未竟全功，歎致先生政策無由施展。今幸偕同友軍戡定首都，以役既平，一切建國方略，尚賴指揮，望速命駕北來，俾親教誨。”
28日，孫中山發表了《時局宣言》，重申反對軍閥，反對帝國主義的政治立場……聽到這些消息，段祺瑞心懷妒忌，心事重重，很不是滋味。
他推開窗戶，遙望南天，陷入沉思。蕭瑟秋風中，枝葉枯黃，花瓣萎縮；預感到嚴冬來臨的雀鳥們，在屋脊上、樹稍上蜷縮著身子，重溫著昔日的溫馨與甜蜜。一股惆悵，失意和壓抑情緒湧上心頭，幾天來的歡樂情緒，消失得無影無蹤。
中山先生的建國方略、三民主義、三大政策，都對他格格不入，甚而深惡痛絕。他與中山的合作，完全出於功利目的。他既不想長期與他合作，更不想尊奉他為領袖。可馮玉祥推崇孫中山，令他酸溜溜不是滋味。再說，奉張能否最後戰勝直軍，馮、張能否真誠合作，中山先生能否北上主政，中國向何處去，他將在新政中扮演什麼角色，能否一展抱負？這些都是未知數，都難以預料。因此，無論如何現在還不是陶醉勝利的時候……段祺瑞一天天關注著北方形勢，更關注吳佩孚的變化。
10月26日，魏宗瀚神色慌張跑來向他報告：“報告芝帥，吳佩孚率兵入津，把指揮部安在新車站。芝帥要不要躲一躲？”“他帶多少人？”“七八千人。”“榆關戰事如何？”“據說吳佩孚把前線戰事交給張福來指揮，自己率第3和第26師各一部回救北京。在途中發出電報說：‘大總統頃派密使前來，聲稱馮玉祥派兵包圍公府，本大總統已失去自由，特命吳總司令星夜率師入衛，會師討賊，所有征討事宜，均著吳總司令便宜行事。’他的軍隊在楊村布防，對馮軍采取守勢，給齊燮元、孫傳芳、李濟臣、蕭耀南等發急電，命他們趕緊派軍北援……”
“哈哈。”聽罷魏宗瀚的話，段祺瑞突然迸發出一陣大笑，笑得魏宗瀚等你瞅我，我看你，都感莫名其妙。因為，放聲大笑是老段極少有的事。許久，他才收住笑，感歎道：“吳小鬼啊，你聰明一世，糊塗一時，你也有失算的時候，你敗定了！”
魏宗瀚說：“卑職生性愚鈍，請老總明示。”
老段自以為是地說，“吳佩孚應保存實力，迅速撤出戰鬥，控製津浦路和京漢路，以便與河南、江蘇、浙江的直係勢力連成一片，把自己立於進可攻，退可守的有利地位；而不是陷自己於兩麵受敵的不利境地。是他自己鑽進死胡同啊！”
姚震說：“對呀，這叫智者千慮必有一失啊。”魏宗瀚說：“智個屁，他其量不過小聰明而已。”
李思浩說：“這倒是，不然也不會落到眾叛親離的下場。”
段祺瑞補充說：“吳佩孚還有一點重大失策，張福來是有名的草包，吳佩孚把10萬軍隊交給他，無異於白白送死。吳佩孚休矣！”
果然，10月28日，榆關戰爭發生急劇變化：由平泉、冷口入關的奉軍李景林部，從斜刺裏殺出，一舉占領灤州，截斷了直軍的歸路和榆關、天津的交通線；加上主帥離位，北京政變，使直軍軍心渙散，頃刻間直軍陣線土崩瓦解，10幾萬直軍相繼繳械投降……同時，馮軍占領了楊村和北倉，吳佩孚的司令部被迫由天津新站移到軍糧城。這時，他才想到由津浦路南下，另謀出路。然而，已經晚了。鄭士琦突然宣布“武裝中立”，拆毀鐵路，派兵進駐滄州、馬廠、阻止吳軍假道山東。與此同時，閻錫山也出兵石家莊，控製了京漢路……吳佩孚成了甕中之鱉。