隨著農村改革的深化，農業和農村經濟的發展取得了巨大成績，農村社會也發生了快速變化。從20世紀80年代後期到90年代初，以下三個方麵的突出變化更加深了村民自治的行政"約束"。①改革解放了生產力，農業獲得了全麵發展，長期困擾國家的農產品短缺問題基本得到解決，農產品的統購、統銷和派購製度也被合同訂購製度取代，農業生產的任務指標逐漸減少，進入市場自由流通的農產品越來越多，農民的生產自主權愈來愈大，鄉（鎮）政府及村委會承擔的計劃生產任務也因此減輕，但村委會負責"要糧"的職能仍沒有消失。②計劃生育的基本國策雖然從20世紀70年代起國家就已開始實行，但直到80年代後期才真正引起政府的高度重視，並很快成為政府的主要任務。由於"多子多福"的傳統觀念根深蒂固，更由於養老保障的實際問題，在農村推行計劃生育相當困難，而對為數眾多的分散的農民，僅僅依靠政府的力量來實施這一"天下第一難"的政策，顯然是不可能的。於是鄉（鎮）政府將上級下達的計劃生育指標再分解到村，要求村民委員會完成這一任務，村民自治麵臨的行政"約束"越來越緊。③村民委員會要完成鄉（鎮）政府下達的日益增多的各項政府任務，其管理成本必然增大，在鄉（鎮）財政包幹的條件下，基層管理成本隻能由農民承擔，與此同時，國家的農業稅有所提高，農民收入增長的速度逐漸減緩，農民負擔因此開始加重。計劃生育基本國策農民還沒有接受，逐漸增加的稅費又帶來了農民新的不滿，農村基層工作的難度越來越大，基層政府不得不進一步采取措施強化村民委員會的行政化傾向，村民自治從一開始就隻能在行政"約束"下運行。
20世紀90年代中後期，村民自治麵臨的行政環境又發生了很大變化。首先社會主義市場經濟體製的確立，意味著市場在社會資源的配置中發揮基礎性作用，農村經濟發展的市場化導向更為明顯，基層政府和基層組織計劃生產的任務進一步減輕。其次，計劃生育工作雖然還麵臨很多困難和阻力，但畢竟已推行了多年，大多數農民已基本接受，這項工作任務也有所減輕。與此同時，農村稅費的收取任務逐漸增大，農民負擔日趨加重，成了社會的熱點問題。導致農民負擔日趨加重的原因主要有：①農民承擔了一些本應由政府承擔的提供公共產品的責任，比如公路修建、發展教育等費用。②受沿海地區快速發展的影響，內陸許多地方政府以行政推動的方式實施"經濟趕超"戰略，結果違背經濟規律，負債累累，而這些負債有相當一部分要轉加到農民身上去消化。③為實現世紀末的戰略目標，各級政府的達標活動、政績工程不勝枚舉，而這些費用絕大部分要由農民負擔。④基層政府部門工作中的形式主義導致農民收入（政府統計數據）含有大量"水分"，按照不突破5％的數字界限，向農民征收的各種稅費每年都在"合理"地膨脹，人為地加重了農民負擔。⑤由於體製原因，基層政府管理機構臃腫，人浮於事，公共管理成本迅速增加。⑥"稅+費"這種對農民征稅采用的獨特的方式留下了加重農民負擔的隱患，各級政府在農業稅外加征的提留、統籌、附加費等具有極大的不規範性和隨意性，結果形成了"國稅輕、二稅重，各種攤派無底洞"的普遍事實。農民負擔的不斷加重，導致農民與政府的關係疏遠或惡化，有些地方甚至出現了尖銳的對立和暴力反抗，基層政府的工作難度進一步加大，村民委員會的行政約束也隨之增強。由此形成一種惡性循環：農民越是反對亂收費、亂攤派，基層政府就越強化行政力量，村民委員會的行政化傾向就越突出；結果又進一步增加農民負擔，農民反抗更強烈，行政壓力進一步增加，村民委員會的行政化傾向越發突出……
二、深化農村稅費改革，促進村民自治"本我"回歸