當張居正在1579年正月下令廢除天下書院時，何心隱七竅生煙，宣稱要不擇手段把張居正搞掉。
張居正這幾年來一直在通緝何心隱，但不知什麼原因，何心隱像是被地球吞沒了一樣，無影無蹤。他以為何心隱死在哪片深山老林裏了，想不到廢除書院的命令一下，何心隱又跳了出來。他大發雷霆，下令各地政府全力緝拿何心隱。
最後，湖廣巡撫王之垣福星高照在他的境內活捉了何心隱。王之垣得意揚揚，不忘拍張居正的馬屁：“張閣老說你這種人總想飛，想要飛得更高，張閣老還說，非讓你飛不起來！”
何心隱冷笑，保持著高貴的心學門徒風度：“沒有張居正的命令，你敢殺我？你這個蠢貨！”
這正是王之垣的軟肋，他被戳得生疼。惱羞成怒下，他搶來一根棍子，死命地毆打何心隱。何心隱一聲不吭，對他譏笑。
王之垣打了半天，突然就改變了主意，他決心先從思想上摧毀何心隱。
他對何心隱說：“張閣老正在進行翻天覆地的大變革，這麼大的帝國已漸漸步入正軌，你們這群愚昧無知的人非要跳出來四處指摘，你說你們是不是腦子進水了？”
何心隱最喜歡的就是辯論，他的傷痛馬上消失，振振有詞地說：“我祖師爺王陽明說，書院的意義是彌補官學的不足，沒有了書院，官學會轟然倒塌！”
王之垣冷笑：“別鬼扯了，千百年來，書院很少，我也沒見官學倒掉。”
何心隱借勢道：“那正是因為有書院的緣故。書院早在孔夫子時代就有，孔夫子就是書院的創始人。你們廢書院，就是數典忘祖……”
王之垣不想扯這些沒用的，打斷何心隱的話：“你口口聲聲要讓普通百姓覺醒，孔子不是說過‘民可使由之，不可使知之’嗎？隻要讓百姓按命令去做，幹嗎要讓他們明白為何這樣做？倘若百姓真明白了統治者為何要這樣做，那就會有議論，有爭執，命令還怎麼被執行？”
何心隱說：“你根本沒讀懂孔子。孔子的意思是，應該讓百姓自由自在地去思想，去發現自己的良知，而不必讓你們這群家夥去教導百姓怎麼發現良知！”
兩人的辯論是驢唇不對馬嘴。王之垣發現何心隱油鹽不進，隻好用最後的招數：“如果你現在是張閣老，為了拯救這個帝國，你該怎麼辦？”
何心隱不語了，王之垣幸災樂禍起來：“你們這種人，就是站著說話不腰疼。你敢說你如果是張閣老，會給百姓解放思想，放任自流嗎？”
何心隱憋得臉紅脖子粗，用可怕的眼神盯著王之垣。王之垣一招得手，絕不給他反擊的機會，繼續說道：“在上者，必要統一思想，在下者，必反對統一思想。你們祖師爺如果在今天張閣老的位置上，也會如張閣老那樣做的。你承認不承認？”
何心隱狂暴起來：“閉嘴，你給我閉嘴！”
王之垣閉了嘴，狂笑著出了牢門。
幾天後，他突然帶著一群人，拎著更大的棍子如一陣颶風般湧進了何心隱的牢房，先是狂笑，接著就是亂棍齊下，把何心隱活活打死了。
據說，何心隱死時，仍堅持十幾年前的那句話：“憑你是殺不了我的，殺我的是張居正。”
何心隱是張居正當政時代心學左派最耀眼的明星，他的被殺，是心學左派銷聲匿跡的信號。
張居正和天下公知作對，其實就是思想獨裁。統一思想在任何出色的政治家眼中都是重中之重，所以禁止講學、廢天下書院，站在張居正角度，沒有錯，站在任何政治家的角度，都沒有錯。