作為工作組組長的萬桐書的任務是相當艱巨的，他要對兩個錄音版本進行對比，也就是說他要對1951年的鋼絲錄音和1954年的磁帶錄音進行對比，進行研究和分析，找出它們的共同點和不同點，然後決定用哪個版本記成樂譜和製作唱片。
這兩個演唱的音響版本都是吐爾地阿訇唱的，聲音是他的，問題是時間相差四年，演唱的水平前後是否一致，有無差別，都必須作出比較來。
這是個複雜而又相當細致的工作，萬桐書不厭其煩地進行深入的研究對比，經過仔細而又認真地聽記檢驗，發現它們都很符合今天所講的非物質文化的口頭文藝，在其流傳過程中的穩定性和非穩定性。
1951年和1954年的兩個演唱音響的音樂結構和音樂題裁及風格等方麵是完全相同的，也就是說從大處來看兩個音響版本是相同的。
也有不相同的方麵，歸納起來不同之處有三點：第一點是，1954年吐爾地阿訇演唱的錄音版本中有些散板序唱比1951年的錄音版本中的散本序唱的結構長；第二點是1951年的版本中最後有一部終結性的阿赫倩西曼，而在1954年的錄音版本中沒有阿赫倩西曼這一部分。
第三點是兩個演唱的錄音版本中都有不同的遺漏了的歌段或者樂段。
兩個版本最重要的不同處是在演唱聲音和感情方麵，由於年齡的四年之差和其他因素的影響，1951年演唱的明顯要比1954年演唱的好。
彙報上級領導經過研究決定把1951年演唱的錄音版本用製作十二木卡姆的研究唱片和記成樂譜。
把1951年錄音中遺漏的個別曲目，從1954年錄音中有的曲目，作近距離補遺曲目補記插入1951年的樂譜集中。
從1956年8月到8月24日，在北京舉行了首屆全國音樂周的活動，以萬桐書為領導的工作組織參加了音樂周的大型活動，並向中央有關部門彙報了十二木卡姆的整理工作的成果。
得到指示將全部十二木卡姆的曲譜附上歌詞的原文、漢譯文和全部1951年的鋼絲錄音以及1954年的磁帶錄音報送全國音樂家協會和中央音樂學院民族音樂研究所進行審查。
整理的原詞和翻譯的漢文已送賽福鼎主席和新疆文化廳審查。
作為全國音樂家協會主席和中央音樂學院院長的呂驥非常重視和支持十二木卡姆的錄音記譜工作，李元慶主任也大力支持。他們讓少數民族音樂研究室的全體專家投入聽音響，看樂譜的檢聽工作中。
呂驥也親自抽審和檢聽。
李元慶也全力以赴的審看樂譜的檢聽和音響的檢聽。
經過審查他們認為整理的很出色，達到了要求的目標，給予了很高的評價。
呂驥指示民族音樂研究所報送文化部藝術事業管理局審批。
文化部藝術事業管理局局長周巍峙看到報告後很滿意，認為這是中國音樂史上的大事，意義重大，當即批撥了三萬元專款支援十二木卡姆的整理工作。
並經過研究，決定出版十二木卡姆的樂譜和研究唱片。
萬桐書夫婦在北京得到了這樣的消息，非常興奮，為自己所作出的成果而感到自豪，為能得到全國音樂工作的領導們的肯定與支持而感到欣慰。
他們夫婦在北京受到呂驥和李元慶等有關領導的熱情款待，他們暢談了分別後工作的得失和對未來的憧憬，談得很投機很有趣也很快樂。
呂驥和李元慶又對他們夫婦提出了更大的期望，希望他們繼續為十二木卡姆的整理，保護與發展傳承作出更大的貢獻。
萬桐書夫婦把他們的指示牢牢記在心中，決心回到烏魯木齊市以更大的精力和更加飽滿的熱情投入新的更加艱巨的工作中去，繼續為十二木卡姆的傳承與發展作出更大的成績。
萬桐書夫婦肩負領導們的重托和希望於11月11日離開北京回到烏魯木齊市，正準備投入緊張的工作，卻突然聽到了一個不幸的消息，使他們立即陷入悲痛之中。
不幸的消息是吐爾地阿訇在1956年8月9日不幸與世長辭了。
這個不幸的消息像炸雷似的把他們轟到了，他們倒在家中的床上不停地哭泣，不停地念吐爾地阿訇的名字，感到心中像壓了一塊大石喘不過氣來。
他們倒在床上整整一天一夜起不來，也不吃不喝，感覺不到饑餓，腦海裏隻有吐爾地阿訇樸實的形象不斷閃現，隻有吐爾地阿訇的聲音不斷出現，隻有吐爾地阿訇和他兒子奧修阿訇的音容笑貌，不斷出現，隻有吐爾地阿訇和他的白馬相親相愛的場景出現，隻有他們與吐爾地阿訇父子離別時流淚的情境出現，隻有……
總之，他們被不幸的噩耗擊暈了擊垮了，經受不住突然傳來的精神打擊和情感的猛然刺激，無力支持地倒在床上沉迷於對吐爾地阿訇往事的回憶。